一、人类Y染色体STR基因座多态性及其法医学应用（论文文献综述）
高红艳[1]（2020）在《贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析》文中认为目的:（1）调查贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体19个X-STR基因座的遗传多态性,为相应群体法医学和群体遗传学的研究和应用提供基础数据。（2）评估19个X-STR组成的复合检测体系在贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体中的法医学应用价值。（3）从19个X-STR遗传标记的角度,探索贵州北部四个民族群体与中国不同地区、民族、语系群体间的遗传关系,为中国人群起源、迁徙过程中基因交流、融合等研究提供参考依据。方法:（1）采集贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体健康无关个体血液样本,共计1494份。（2）采用盐析法提取基因组DNA;使用AGCU X19复合扩增试剂盒扩增19个X-STR基因座（DXS8378,DXS7423,DXS10148,DXS10159,DXS10134,DXS7424,DXS10164,DXS10162,DXS7132,DXS10079,DXS6789,DXS101,DXS10103,DXS10101,HPRTB,DXS6809,DXS10075,DXS10074,DXS10135）;采用自动化遗传分析仪对扩增产物进行分型。（3）计算各基因座等位基因频率、Hardy-Weinberg平衡、连锁不平衡、杂合度、多态性信息含量、个人识别率和平均父权排除概率等法医学参数;将19个X-STR基因座按照7个连锁群计算单倍型频率、单倍型法医学参数,以及累计的个人识别率和累计的平均父权排除概率。（4）基于19个X-STR等位基因频率,采用综合的群体遗传分析方法,对贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族及25个其他地区民族群体进行遗传关系分析;结合历史学、民族学、语言学等特征,探讨群体起源、迁徙、融合的演化历史。结果:（1）贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体19个X-STR基因座均符合Hardy-Weinberg平衡;男性个人识别率分布在0.54340.9166、0.52060.9183、0.48320.9171、0.52130.9206之间;女性个人识别率分布在0.70300.9871、0.68970.9875、0.65720.9872、0.67780.9882之间。二联体平均父权排除概率分别为0.86750.9860、0.87830.9863、0.82900.9756、0.85950.9810;三联体平均父权排除概率（Desmarais版）分别为0.92640.9964、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904。（2）19个X-STR基因座作为7个连锁群进行计算,四个民族群体的单倍型频率分布在0.00400.1331、0.00400.1338、0.00400.1765、0.00400.1391之间;单倍型多样性在0.92640.9929、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904之间;男性个人识别率分布在0.93060.9930、0.93620.9931、0.90870.9877、0.92620.9904之间;女性个人识别率分布在0.99100.9999、0.99250.9999、0.98500.9997、0.98990.9998。7个连锁群联合应用时,四个民族群体男性累计的个人识别率分别为1-2.9051×10-12、1-3.2856×10-12、1-1.8676×10-11、1-6.8879×10-12,女性累计的个人识别率分别为1-8.2079×10-22、1-9.8315×10-22、1-3.2112×10-20、1-4.6216×10-21;累计的二联体平均父权排除概率分别为1-3.1736×10-10、1-3.5442×10-10、1-2.3368×10-9、1-7.4986×10-10;累计三联体平均父权排除概率均大于1-2.5766×10-9。（3）群体分析综合结果显示,本研究的四个民族群体紧密聚集在一起,群体遗传距离最近,与汉语族以及壮-侗语族的不同聚类群体重叠分布,与藏族群体显着分离,遗传距离最远。结论:（1）19个X-STR基因座在贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体中多数为高度多态性遗传标记,获得的群体遗传学数据在法医学及人类群体遗传学的研究和应用中具有较高应用价值。（2）19个X-STR基因座所在的7个连锁群均为高度多态性的遗传标记,联合应用时具有高度的多态性和法医学系统效能,可满足X染色体遗传标记相关的一些特殊案件和复杂亲缘关系鉴定的需求。（3）29个中国群体遗传关系分析显示出较为明显的民族-语系以及地理聚类的特征。本研究四个民族群体均表现为典型的地理聚集特征,可能与其历史上长时期混居所致的基因融合有关。除藏族外,其他不同群体聚类关系既具有在语系-民族起源上内在联系的独特性,又呈现出随地域分布和人口迁移产生的多群体间相互影响广泛关联的特征。
张耀月[2]（2020）在《21-三体与克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究》文中研究说明目的:明确21-三体综合征（唐氏综合征,DS）患者常染色体座短串联重复序列（STR）分型中D21S11和Penta D基因座的不同三等位基因图谱特征,探讨应用GoldenEyeTM 20A试剂盒快速检测DS的可行性。方法:以外周血染色体核型分析确诊的DS患者及亲子鉴定案例中正常个体为研究对象,采用Qiagen blood mini试剂盒提取外周血有核细胞DNA,Golden-EyeTM 20A试剂盒多重荧光复合聚合酶链反应（PCR）,3500-DX遗传分析仪进行毛细管电泳,GeneMapper ID-X 1.4软件分析数据确定19个常染色体基因的STR分型,并经峰面积、峰高及其比值,分析STR分型图谱特征。结果:G显带染色体核型分析,确定94例DS患者21号常染色体为三条染色单体。与100例正常人STR分型结果中未见三等位基因不同,94例DS患者中,D21S11基因座分别出现三峰型三等位基因45例、双峰型三等位基因38例和单峰型三等位基因11例,仅通过D21S11基因座三等位基因判断DS检出率为47.87%。Penta D基因座分别出现三峰型三等位基因34例、双峰型三等位基因49例和单峰型三等位基因11例,仅通过Penta D基因座三等位基因判断DS检出率为36.17%。联合两个基因座分析,D21S11和Penta D基因座均为三峰型、双峰型和单峰型三等位基因者为33例,D21S11或Penta D其中之一为三峰型或双峰型三等位基因,且另一基因座为双峰型或单峰型三等位基因59例;不符合双基因座双峰型三等位基因者2例,联合两个基因座的DS检出率可达97.87%。结论:联合应用GoldenEyeTM 20A试剂盒中的D21S11和Penta D基因座,DS患者存在6种不同三等位基因表现形式,大大提高阳性检出率,对DS快速检测具有良好的应用前景。目的:应用Golden Eye TM 20A试剂盒与短串联重复序列（STR）分型,探讨AMEL基因座STR图谱特征在KS特殊疾病人群法医学鉴定和临床快速检测中的潜在应用价值。方法:检材来源以染色体核型分析确诊为KS患者为研究对象,使用Qiagen blood mini试剂盒提取患者外周静脉血DNA,使用Golden Eye TM 20A试剂盒进行复合聚合酶链反应（PCR）,使用3500-DX遗传分析仪进行毛细管电泳,Gene Mapper ID-X 1.4软件分析KS患者STR分型图谱,确定AMEL基因座图谱特征。结果:染色体核型分析显示,正常男性为46,XY,而32例KS患者中,31例为纯合型47,XXY,1例突变型47,XXY,15cenh+。19个常染色体STR分型图谱未见明显异常,28例KS患者性染色体上的AMEL基因座X/Y的峰高、峰面积比值>1.65,判断为性染色体AMEL的X等位基因比例增高,即X染色体数目的增加;4例KS患者AMEL基因座X/Y的峰高比值介于0.82至1.64之间,其中1例X/Y的峰面积>1.65。依据X/Y峰面积比值或联合X/Y峰高比值判断,使用Golden Eye TM 20A试剂盒检测KS的检出率分别为93.55%和90.32%,KS患者的X/Y峰面积比值和峰高比值明显高于正常男性。结论:通过分析Golden Eye TM 20A试剂盒中性染色体AMEL基因座X、Y峰高、峰面积的图谱特征可较好的发现KS患者特殊人群的DNA遗传特征,KS检出率可达90%以上,STR分型技术在KS临床快速检测中具有一定应用价值。
周咏松[3]（2020）在《基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究》文中研究指明研究背景及目的Y染色体短串联重复（short tandem repeat,STR）标记作为法医DNA检验中广泛使用的常染色体STR的有效补充方法之一,经过近三十年的发展,Y-STR检验已经发展成为一种非常成熟的,刑事案件侦查中不可或缺的辅助技术手段。近年来,联合应用Y-STR标记和毛细管电泳检测平台,在一系列恶性案件和陈年积案的侦破中取得了十分显着的成效。因此,Y-STR标记越来越受到法医科研人员和一线办案民警的关注和重视。2017年,Y-STR单倍型数据库（Y库）建设在全国各地纷纷启动。目前,我国已拥有全世界规模最大的Y库。我国的Y库建设和应用工作可谓如火如荼,Y-STR在辅助刑事案件侦查等方面也有着极为广泛的应用和独特的应用价值。然而,我们对Y-STR标记进行基础研究的速度和深度却远不及我国Y库建设的速度和应用的广度。因此,无论是在Y库建设还是在实际应用过程中一系列问题也接踵而至。一方面,在决定选择用什么样的Y-STR基因座和多少个基因座进行案件检验和Y库建设时,可能存在一定的依袭性和盲目性。几乎从来没有以科学的基础研究数据为依据,也没有考虑基因座间等位基因的关联关系以及不同群体间遗传背景的差异等问题。通常只是以Y-STR基因座的遗传差异度（genetic diversity,GD）、等位基因的数量或突变率等单个因素为依据,对基因座进行筛选和组合。即便如此,或许我们对这些因素的认知也存在一些误区。第一,我们在挑选基因座时普遍认为GD值越大的基因座越好,通常会把GD值大的基因座优先纳入Y-STR检测系统。第二,认为基因座越多越好,在检测系统能够容纳的前提下,我们总是希望尽可能地把更多的基因座塞进一个Y-STR检测系统。然而,是不是GD值越大的基因座越好,基因座越多越好,随意将GD值大的基因座组合在一起,所得系统的整体识别能力（discrimination capacity,DC）就一定最大等一系列问题尚缺乏系统性的研究。另一方面,虽然我们已经增加了单个个体样本的基因座检测数量,但是随着Y库中Y-STR单倍型的数量越来越多,将现场生物样本的Y-STR单倍型输入Y库进行搜索时,与人员样本单倍型匹配的概率也越来越大。其中,很多人员样本的单倍型可能还分散在全国各地、不同公安部门的Y库中。这不仅加大了案件排查的工作量,同时也增加了案件侦查的工作难度和复杂程度。面对这种窘境,最常用的方法就是通过追加更多的Y-STR检验,进一步排除已经“比中”的人员样本,尽可能地缩小排查范围。然而,由于我们没有对这些基因座间的关联关系进行过充分的研究,通常追加的Y-STR基因座,并没有达到高效排除已经“比中”的人员样本、缩小排查范围的目的;或者说追加的Y-STR基因座与Y库中已检测的Y-STR基因座联合后,其单倍型的个体DC并没有明显增加。影响Y-STR检测系统DC的除了基因座的数量以外,还有基因座的遗传多态性特征、被检人群的遗传背景以及基因座间的关联关系等诸多因素。我们急需引入一种新的Y-STR基因座组合筛选方法。这种方法必须要考虑到基因座间的关联关系,要尽可能地减少组合中基因座间的冗余信息。信息论中的香农熵原理似乎具备这种潜能,可以尝试用于Y-STR基因座组合的筛选。香农熵是指信息中去除了冗余后的平均信息量,它是信息论中用来评估随机变量的平均不可预测性的方法。如果把一个基因座或基因组中的某一段特定区域当作随机变量,把基因座中的不同等位基因或该区域中的不同单倍型看作变量对应的状态,那么我们就可以用香农熵来描述基因座或特定基因组区域中的信息量。因此,在本研究中,我们决定从Y-STR基因座的多态性、基因座间等位基因的关联关系、不同人群的遗传背景差异对Y-STR基因座的影响等方面进行初步探索性研究,并尝试利用信息论中的香农熵原理为不同的目标人群筛选合适的Y-STR基因座组合,以期为Y-STR检验在法医学中的应用和遇到的一些现实问题提供可信的科学依据和有效的解决办法。方法1.从已发表的文献中选择Y-STR基因座,以GenBank（?）数据库中的参考序列为模板设计PCR扩增引物,基于六色荧光标记和毛细管电泳平台构建多重PCR复合扩增系统Y-STR 34plex。2.对Y-STR 34plex的种属特异性、精确性、抑制剂耐受性、灵敏度及组分变化的容忍性等性能进行系统评估和验证。3.同时用Y-STR 34plex和AGCU Y SUPP两个Y-STR复合扩增系统（共46个Y-STR基因座）,分别对玉林汉族（n=229）、湖南汉族（n=400）、湖南苗族（n=666）、湖南瑶族（n=611）、湖南侗族（n=643）和湖南土家族（n=633）等六个人群,共计3182份健康男性无关个体血液样本进行分型检测。4.计算46个Y-STR基因座的GD值、单体熵（single-locus entropy,Hsingle）等法医学评估参数,分析基因座两两间的关联程度并计算归一化熵差（normalized entropy difference,NED）。5.同时用基于香农熵原理筛选基因座组合法、依据基因座GD值和Hsingle值大小顺序依次组合法三种方法,分别在六个群体中筛选基因座组合。6.比较NED和基因座组合在六个群体间的差异,比较三种不同基因座筛选方法筛选出的基因座组合的DC、单倍型多样性（haplotype diversity,HD）、匹配概率（match probability,MP）、唯一单倍型比例（fraction of unique haplotypes,FUH）等法医学应用参数。结论1.在本研究中,我们通过系统设计实验方案、反复调整引物以及不断优化多重PCR体系中的各个组分,最终构建了一个新的Y-STR PCR复合扩增系统,命名为 Y-STR 34plex。Y-STR 34plex 可一次扩增和检测包括 DYS533、DYS596、DYS518、DYS393、DYS448、YGATAH4、DYS444、DYS481、DYS439、DYS389 I、DYS438、DYS570、DYS456、DYS458、DYS392、DYS645、DYS390、DYS447、DYS460、DYS627、DYS576、DYS449、DYS593、DYS635、DYS389Ⅱ、DYS557、DYS549、DYS19、DYS643、DYS437 和 DYS391 等 31个单拷贝基因座和DYF387S1 a/b、DYS527 a/b和DYS385 a/b等3个多拷贝基因座。性能验证结果表明,Y-STR 34plex具有良好的抗抑制能力、混合DNA检验能力、男性特异性和精确性,同时具有灵敏度高、PCR反应体系组分变化容忍性较高等特点。2.46个Y-STR基因座的GD值、Hsingle等法医学评估参数以及NED在不同的人群间存在极显着的差异。3.我们引入了一种基于香农熵原理为法医学应用筛选Y-STR基因座组合的新方法。基于香农熵筛选出的基因座组合具有人群特异性,在不同的人群中,基因座组合中基因座的入选顺序和构成均具有明显的差异。4.在基因座数量相等时,基于香农熵原理筛选出的基因座组合比以往的仅依据单个基因座遗传多态性指标筛选出的组合,在组合的Hjoint和DC等法医学应用参数方面表现得更优秀。5.在法医DNA应用中,Y-STR的主要用途是缩小排查范围和提供侦查线索。如果我们一味地追求Y-STR组合的个体DC,显然不是一种十分明智的选择。仅凭单基因座遗传多态性指标或无节制地增加基因座,也不是获得经济的Y-STR组合的理想方法。6.在条件允许的情况下,应尽可能地扩大备选Y-STR基因座的选择范围,为目标人群筛选出最优的Y-STR组合。7.在选择Y-STR基因座组合时,应该全面考虑人群的遗传特征、群体大小、备选基因座在目标人群中的遗传多态性以及基因座间的关联关系等因素,才能筛选出适用于目标人群的Y-STR基因座组合。
杨凯润[4]（2020）在《基于二代测序的Y-STR分型体系构建及遗传多态性研究》文中提出[目的]基于MiSeq二代测序平台构建一个高通量Y-STR遗传标记复合检测体系,进行江苏汉族人群的Y-STR遗传多态性研究,获得各Y-STR基因座的序列多态性、相关群体遗传和法医学参数,为法医学应用提供理论依据和基础数据。[方法]1.通过商业化试剂盒及文献调研筛选75个法医常用Y-STR基因座和1个性别判定Amelogenin基因座作为候选。使用Primer 5.0软件设计76个基因座的特异性引物,以2800M标准品（Promega公司）作为DNA样本,引物合成后通过PCR、琼脂糖凝胶电泳实验验证引物有效性。2.通过MiSeq FGx平台,使用PCR-Free法进行文库构建,构建完成的文库进行定量和质检。经引物序列及引物浓度调整优化复合扩增体系,构建复合扩增体系。3.收集149例江苏汉族无关个体FTA 口腔试纸样本,2800M作为阳性对照,超纯水作为阴性对照。使用PrepFiler Automated Forensic DNA Extraction试剂盒提取样本DNA,使用QubitTM dsDNA HS Assay Kit对样本DNA进行定量。利用建立的复合分型体系进行分型。4.通过Notepad软件中录入基因座的配置文件并利用STRait Razor 3.0软件对MiSeq FGx平台生成的fastq文件进行分析,获取各基因座的等位基因分型及序列信息。5.使用Arlequin Version 3.5软件计算各基因座的法医学应用参数。采用直接计算法计算人群样本的基因多样性（Gene Diversity,GD）和单倍型多样性（Haplotype Diversity,HD）。在分析样本数据各基因座的序列时,使用Cluster X软件进行多序列的比对。并使用Origin Pro 9.0作图软件对数据进行作图分析。[结果]1.本研究成功构建由67个Y-STR基因座和1个性别判定Amelogenin基因座组成的复合扩增体系,该体系扩增片段长度范围在350bp以下,1.0ng模板DNA可获得满意的分型结果。在江苏汉族群体中,149例无关男性个体全部成功分型,共检出149种单倍型,总体单倍型多样性（HD）和Y-STR分型系统的分辨能力（DC）分别为0.999999......和0.999999......。基因多样性（gene diversity,GD）值为 0.1275-0.9969,53 个 Y-STR基因座的 GD 值大于 0.6。67个Y-STR基因座共检出814个等位基因,包含了重复区的序列多态性及侧翼区的序列多态性。相比基于长度多态性分型,等位基因增加349个。2.在江苏汉族149例男性无关个体中,3个Y-STR基因座出现等位基因异常分型的情况,其中有5例样本在DYF387a/b表现为三等位基因模式。1例样本在DYS404Sla/b基因座表现为三等位基因模式;6例样本在DYF399Sla/b/c基因座表现为四等位基因模式,1例样本在DYF399Sla/b/c基因座表现为五等位基因模式。3.本研究对67个Y-STR基因座的序列多态性进行了研究,有45个Y-STR基因座存在长度相同但序列不同的情况,其中DYS385a/b、DYS388、DYS389 Ⅰ、DYS390、DYS439、DYS459a/b、DYS481、DYS522、DYS531、DYS576、DYS626 基因座在侧翼序列存在差异碱基。与以往研究进行比对,在 50 个 Y-STR（DYS19、DYS385a/b、DYF387Sla/b、DYS389 Ⅱ、DYS391、DYF399SIa/b/c、DYS404Sla/b、DYS439、DYS443、DYS444、DYS446、DYS447、DYS448、DYS449、DYS458、DYS459a/b、DYS460、DYS485、DYS505、DYS508、DYS510、DYS518、DYS520、DYS527a/b、DYS531、DYS552、DYS557、DYS587、DYS593、DYS596、DYS612、DYS617、DYS622、DYS626、DYS627、DYS630、DYS641、DYS644、DYS645、DYS710、DYS720、Y-GATA-A10、Y-GATA-H4）基因座上发现369个新重复区变异;在11个 Y-STR（DYS385、DYF387S1、DYS388、DYS389 Ⅰ、DYS390、DYS439、DYS459、DYS481、DYS522、DYS531、DYS626）基因座发现13个新侧翼变异。4.本研究对核心重复结构为复合重复结构的27个Y-STR基因座进行了 stutter序列分析,有 10 个 Y-STR（DYS390、DYS437、DYS447、DYS448、DYS520、DYS552、DYS587、DYS593、DYS596、DYS622）基因座的stutter序列的测序深度占靶基因的比例小于10%;有15个Y-STR（DYS19、DYF387a/b、DYS389Ⅱ、DYS449、DYS510、DYS518、DYS527a/b、DYS557、DYS626、DYS627、DYS630、DYS635、DYS710、DYS720）基因座的 stutter序列的测序深度占靶基因的比例大于10%,而小于20%;DYS612基因座的stutter序列测序深度偏高,测序深度占靶基因的0.4188±0.0688。DYS710基因座在样本中出现了 2bp复制滑脱的非特异性扩增,测序深度占靶基因的0.3372±0.087。DYS19基因座在样本中出现了 2bp复制滑脱的非特异性扩增,测序深度占靶基因比例小于10%。[结论]1.本研究使用NGS技术,构建了 67个Y-STR基因座和1个性别判定Amelogenin基因座的复合扩增体系,检出通量大,分型稳定、准确,可应用于法医学实践。2.该体系在江苏汉族群体中具有高度遗传多态性,获得的法医学参数和群体遗传学数据可以为法医学实践和人类遗传学研究提供基础数据。3.45个Y-STR基因座存在长度相同但序列不同的情况,其中有13个Y-STR基因在侧翼序列上存在差异碱基。在50个Y-STR基因座发现369个新等位基因,在11个Y-STR基因座发现13个新侧翼序列变异。侧翼序列的差异碱基可以提高个体识别力和法医学鉴定效能,对Y-STR基因座的个体识别起到辅助作用。新等位基因为Y-STR基因座提供了更丰富的遗传多态性,同时也为群体遗传学研究提供基础数据。4.发现DYF387a/b、DYS404S1a/b、DYF399S1a/b/c基因座在江苏汉族群体中出现基因异常分型的情况。Y-STR基因座的异常分型可提高个体识别力,但在混合斑鉴定中需特别注意这种异常分型情况的发生。
陈璐[5]（2020）在《Y染色体高变区及线粒体基因组在甄别同卵双生子中的研究》文中提出目的:同卵双生子（Monozygotic twins,MZT）鉴识一直是法医遗传学领域的疑难问题。因为MZT由同一个受精卵发育而来,拥有几乎完全相同的遗传信息,一般情况下,应用短串联重复序列（short tandem repeat,STR）,单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和插入缺失（Insertion and deletion,Indel）很难将二者区分。基因组中突变率较高的区域有可能记录MZT个体间的微小变异,如高度串联重复序列DYZ1,其序列结构复杂,且多拷贝分布;快速突变（rapidly mutating,RM）Y-STR突变率高于1×10-2;人类线粒体基因组（mitochondrial genome,mt Genome）突变率是核基因组突变率的10倍,且含量丰富。因此,本研究以DYZ1、RM Y-STR和mt Genome为靶点,研究其在鉴别MZT中的潜在价值,并建立相应的技术方案,为解决法医学鉴识MZT的难题提供科学依据。方法:1. 采用Q5超保真酶扩增3.5kb DYZ1阵列全长,构建文库后,通过SMRT测序3对MZT DYZ1阵列。参考Y染色体（NC＿000024.10）和DYZ1阵列（X06228.1）比对测序结果,使用多重序列比对工具进行序列间分析。2. 采用Illumina Ampliseq技术,构建19 RM Y-STR NGS分型体系,包括DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a、DYF403S1b1、DYF403S1b12、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526I、DYS526II、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS627、DYS464、DYS527、DYS630和DYS713。应用该体系测序38对男性MZT和2800M DNA。经Wintermute软件和STRait Razor软件基因座分型后,比较该系统结果和毛细管电泳（capillary electrophoresis,CE）分型结果,比较MZT间分型差异。3.采用REPLI-g Mitochondrial DNA Kit（Qiagen）扩增16对MZT全血mt Genome,在Pac Bio Sequel平台上进行单分子（single molecular real-time,SMRT）测序。在2%异质性阈值水平,获得SMRT单倍型,并与Ion Torrent PGM测序mt Genome结果进行比较。分别以2%和5%作为阈值,筛选MZT个体间SMRT结果中的低水平变异差异,并进行位点分析。结果:1.SMRT测序DYZ1结果准确,覆盖度深,高度覆盖Y染色体7个区域。六个样本两次重复测序结果一致。与Gene Bank中DYZ1序列比对分析,SMRT测序结果一致性程度明显高于Sanger测序结果。在7个测序深度大于20的区域内比较3对MZT的测序结果,或以X06228.1和56673248-3510bp作为参考基因组时,3对MZT间均未发现DYZ1阵列差异。2. RM Y-STR NGS体系实验参数良好,提示体系构建成功。对2800M DNA分析后设定分析阈值10%。在该阈值下,阴性对照9947A DNA在DYS526I出现非特异性扩增产物;阳性对照2800M DNA在DYS713、DYS547、DYS526 II和DYS526 I基因座表现reads数较低或有非特异性产物,其余13个基因座和CE结果分型一致且3次重复实验结果一致。比较38对MZT的NGS与CE结果,发现NGS结果多检出309个同等位基因和156个基于长度多态性的等位基因。从等位基因种类上分析,NGS结果比CE结果共增加106个等位基因。比较38对MZT间NGS分型结果,在5对MZT之间检出5个等位基因差异。3. SMRT测序mt Genome结果准确,高覆盖,一致性佳,重复性好。在20个质量达到Q30的环化纠正一致性序列（circular consensus sequence,CCS）分子覆盖和2%异质性水平下,SMRT结果纠错少,比PGM结果覆盖更均衡,不受核线粒体假基因（nuclear mitochondrial pseudogenes,NUMTs）干扰,无SNP遗漏,共发现917个点异质性（point heteroplasmies,PHPs）。在2%异质性阈值且正向反向均有效匹配reads的条件下,所有16对MZT间均存在变异,共检出785个低水平变异差异,覆盖648个位点。将阈值提高到5%时,6对MZT表现出差异,占比37.5%。结论:本研究针对MZT鉴识难题,首次建立了SMRT测序DYZ1阵列技术,准确性高,重复性好,检测3对MZT的DYZ1阵列,未发现MZT间差异,提示DYZ1可能不是鉴别MZT的理想遗传标记;首次构建了19个RM Y-STR NGS分型体系,其一致性、准确性和重复性均较好,在38对MZT样本中,5对MZT个体间检出差异,表明RM Y-STR NGS分型体系具有一定的鉴别男性MZT的能力;建立了长片段SMRT测序mt Genome技术,准确性和重复性均较高。在2%阈值和20个质量高于Q30的CCS reads条件下,16对MZT间均表现出微小差异,区分MZT能力达到100%,表明SMRT测序mt Genome技术可有效区分MZT。综上,本研究为解决法医学鉴别MZT难题提供了新的遗传标记和技术方案。
张家硕[6]（2019）在《STR基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究》文中进行了进一步梳理目的:筛选更多的人类常染色体补充STR基因座,并针对筛选的STR基因座,构建补充STR基因座检测试剂盒,完成法医学验证和群体遗传学调查,为复杂亲缘关系鉴定、突变事件、个体识别等提供新的检测标记和检测手段。方法:1.以人类基因组遗传图谱和人类研究中所使用的位点为基础,采用Ensembl基因组数据库和UCSC所建立的Galaxy系统人类基因组浏览器,运用生物信息学技术,对人22条常染色体进行扫描,筛选符合法医学应用的常染色体STR基因座。2.选择18个新发现的常染色体STR基因座,另加入1个CODIS STR（D2S1338）、1个性别基因座Amelogenin和1个Y-STR（DYS391）,通过优化复合扩增反应体系和PCR反应条件,构建五色荧光标记的多重复合扩增荧光检测体系（称SiFaSTR 21plex NC）。3.对构建的SiFaSTR 21plex NC多重复合扩增体系进行灵敏度、种属特异性、稳定性、精确性等法医学评估,并调查纳入STR基因座的群体遗传学参数。结果:1.本研究在人类全基因组范围内筛选到35个相互独立的、符合法医学应用的常染色体STR基因座,并选取其中18个STR基因座成功构建了多重复合扩增体系。2.构建的SiFaSTR 21plex NC复合扩增体系的法医学验证结果:在DNA模板量低至0.125ng时可以获得完整分型,非人源基因组DNA污染的检材不会对人源基因组DNA分型造成干扰,在有抑制剂存在的情况下仍能获得较好的分型结果。因此,该体系具有种属特异性好,灵敏度高,特异性强,适用性广,重复性高等特点。3.构建的SiFaSTR 21plex NC复合扩增体系的群体遗传学结果:18个新发现的常染色体STR基因座在532个无关个体中共观察到182个等位基因;经Bonferroni校正后（p>0.05/18）,STR基因座在检测的人群中均遵循Hardy-Weinberg遗传平衡;平均杂合度达到0.7254;多态性信息含量（除D1S1616、D3S2457、D8S1039外）均大于0.60;平均个体识别概率达到0.8862。二联体累积非父排除率（CPEduo）和三联体累积非父排除率（CPEtrio）分别为1-2.9×10-7和1-1.9×10-8。DYS391基因座在所有男性样本中检测为单一峰,在所有女性样本中均未检测到分型结果,GD值为0.4113。结论:本研究筛选到了 35个适用于法医学应用的补充STR基因座;构建了包含20个STR及1个牙釉质蛋白基因座Amelogenin在内的荧光标记复合扩增体系SiFaSTR 21plex NC,其中18个常染色体STR基因座是新发现的具有高度多态性的遗传标记。筛选的补充STR基因座及构建的检测体系为法医学研究提供了新的检测遗传标记和检测手段,为司法鉴定领域提供了新的技术储备,可以更好地完成亲权鉴定和个体识别。
宣金锋[7]（2019）在《Y染色体遗传标记在法医学中的应用研究》文中研究指明目的:在人类的23对染色体中,有22对为常染色体,另1对为性染色体。在不同性别中,男性性染色体组成为XY,女性为XX。Y染色体仅存在于男性细胞中,属于近端着丝粒染色体。在人类Y染色体上有五类多态性遗传标记,包括卫星DNA、小卫星DNA、微卫星DNA、InDel及SNP。而对Y染色体进行分析的意义在于Y染色体仅存在于男性个体中,且Y染色体STR稳定的由父代男性遗传给子代男性。Y染色体STR基因座呈单倍体父系伴性遗传的特性,与常染色体STR基因座相比较而言在法医学鉴定中具有其独特性。随着科技的发展进步,测序技术的进步也是日新月异。目前使用的测序技术主要有Sanger测序、焦磷酸测序以及正在迅速发展的新一代测序技术。新一代测序技术一次可对多个样本的几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,测序准确度可达99%以上,其单次测序所产生的高质量数据在平均水平下已经足以覆盖人类基因组30倍以上,为DNA分析提供了一种全新的技术手段。DYF155S1基因座是被报道的第一个Y染色体上的小卫星多态性位点,同时具有长度多态性和序列多态性,而且不同民族间存在重复序列排列差异。因此本研究拟在以下三方面做探索:1、使用新一代测序技术分析Y染色体STR及其侧翼SNP,探索新一代测序技术在Y染色体STR核心序列测定的准确程度并探讨新一代测序技术在解决混合斑检验中的作用。2、利用二次PCR及Sanger测序技术对包括中国汉族群体在内的4个群体的样品进行了研究,探讨DYF155S1位点的遗传多态性及群体间差别。3、进行群体遗传学研究,探索中国吉林省延边地区朝鲜族人群的Y-STR数据特征,为Y染色体STR位点在法庭科学中的应用提供基础数据。研究方法:本研究选取了20例无父缘关系个体样品,选取其中两例无关个体样品混合形成各组份DNA含量不同的混合斑样品,两组确定父子关系的4个样品。使用ABI Y Filer Plus试剂盒对所有样品进行Y染色体STR分型。针对Y染色体各STR位点上下游各1.5Kb范围设计序列特异性引物,扩增出包含各Y染色体STR核心序列在内的DNA片段。在携有两端接头的转座酶作用下,对扩增出的DNA片段随机片段化,同时于片段末端连接接头。修复转座连接处,然后进行PCR反应,对文库进行富集,并加上测序所需全长接头。用AMPure XP Beads对片段长度进行筛选,使目的片段长度范围在300-400bp。将文库混合、变性后,加入到Illumina HiSeq测序平台进行高通量并行测序,对文库两端分别进行测序（即paired-end,PE）,因此每个样本会生成reads1（R1）和reads2（R2）两个数据文件。对测序原始数据进行质量控制与质量检测,确认测序原始数据可靠性后将原始数据与参考序列进行比对获取各样品的STR及SNP数据。观察各样品的Y染色体STR位点核心序列能否准确读出,观察混合样品的STR位点能否通过数据比对获得准确的分型,能否组装出不同样本的单倍型。利用二次PCR及Sanger测序技术对中国境内的4个群体:汉族、朝鲜族、藏族、维吾尔族的共200例样品的DYF155S1位点进行调查研究,统计分析这四个民族间DYF155S1位点的遗传多态性及群体间差别。对257个中国吉林省延边地区朝鲜族男性样品的Y染色体STR数据进行统计分析。按不同区域统计相应的法医学参数包括单倍型数目、单倍型多样性,随机匹配概率、单倍群数目等。用R语言基于10个群体的单倍群频率进行主成分分析,判断不同群体间的遗传距离。结果:1、本研究建立了区域捕获技术与新一代测序技术相结合对Y染色体STR基因座测序分析的方法。探讨了新一代测序技术对STR位点重复序列及其重复次数进行研究的可行性,证明在单一重复序列STR位点新一代测序技术可以较好地对其进行测序分析,而对于重复次数较多或重复单元较多STR位点则测序结果表现不佳。研究结果表明,使用新一代测序技术对结构较复杂的STR位点如DYS385、DYS387S1位点重复序列及其重复次数进行研究存在一定局限。2、本研究结果表明,使用新一代测序技术可以对混合样品STR位点重复序列及其重复次数进行研究分析。3、本研究共发现DYF155S1位点重复序列5种,分别为1型、3型、4型、6型和7型。包括本研究在内,DYF155S1位点的重复序列已发现有9种类型。研究发现,DYF155S1位点的结构有较明显的民族差别。本研究中发现的6型重复序列仅在维吾尔族个体和藏族个体中检出,7型重复序列仅在藏族个体和朝鲜族个体中检出。4、在本研究中,50名汉族个体样本检出48种结构组合,50名维吾尔族个体样本检出48种结构组合,50名朝鲜族个体检出了49种结构组合,50名藏族个体检出了42种结构组合。合计200名个体在DYF155S1位点共检出187种结构组成,可以提示该位点的多态性非常高,是法医学亲权鉴定、个人识别的重要遗传标记。5、经过对延边地区朝鲜族257例男性个体Y染色体STR检测分析,19个STR位点中DYS385基因座的GD值最高,为0.9666,DYS391基因座的GD值最低,为0.2260。除DYS385之外的18个STR基因座中,DYS391等位基因数最少,为3个,DYS456、DYS447基因座等位基因最多,均为8个。4、将延边地区男性和YHRD数据库中北京汉族、江苏汉族、吉林汉族、云南汉族、辽宁回族、辽宁朝鲜族、辽宁满族、广西苗族、日本人群、韩国人群等共10个群体进行遗传距离分析。分析结果表明,延边地区朝鲜族与辽宁朝鲜族和韩国人群遗传距离相近,而与其他民族遗传距离较远,尤其与广西苗族遗传距离最远。结论:1、本研究使用区域捕获加序列分析的方法分析了Y染色体STR位点,确认该方法能够更高效、更准确的对Y染色体STR及其侧翼序列进行分析。2、对DYF155S1位点在中国四个民族内的多态性分布进行了调查研究,证实该位点在核心序列及排列方式分布上具有一定的民族差异,可以为个体的民族区分提供帮助。3、对中国延边地区朝鲜族群体的19个Y染色体STR位点进行了频率调查并获取了相应数据。延边地区朝鲜族与辽宁朝鲜族和韩国人群遗传距离相近,而与其他民族遗传距离较远。
刘长晖[8]（2017）在《24个Y-STR检测体系的法医学验证及多态性调查》文中提出Y-STR位于Y染色体的非重组区,是Y染色体上的高多态性遗传标记,在有丝分裂中以单倍型的形式由父亲遗传给儿子,是父系亲权鉴定和男女混合样本检验的重要遗传标记,也是群体遗传学和家族谱系研究的重要工具。国内研发的Y-STR检测体系所包含的基因座多,在中国人群中多态性更好,但很多体系缺乏法医学验证和人群遗传调查。本研究按照法医荧光标记STR复合扩增检测体系的验证流程,对AGCU Y24荧光检测体系进行了法医学验证,发现AGCU Y24能检出0.125ng男性DNA样本的完整分型,对0.065ng的男性DNA样本能检出大部分等位基因;体系对PCR抑制剂的耐受性很高,能够耐受25 ng/μl的鞣酸、或50 ng/μl的腐植酸、或160μmol/L血红素;体系PCR反应组分浓度变化的冗余度比较大,除在引物和反应液浓度降低50%的情况下出现等位基因丢失外,组分变化的其它情况下均能对样本进行完整分型;在对0.5ng男性DNA样本扩增28至32个循环时,发现28个循环下也能获得峰较低的完整分型,循环次数的增加能明显提高等位基因峰高,扩增平衡性受影响不大,说明体系能通过适当增加PCR循环数,提高对微量检材的检验能力。在男男混合物测试中,当弱势供体与优势供体的DNA量比例大于1:4时,AGCU Y24能够很好地将混合物中弱势供体的基因型检验出。在男女混合样本测试中,本研究发现,在第一阶段退火温度为60℃的条件下,AGCU Y24体系比较容易受女性成分干扰,会产生固定的非特异性峰;本研究在将第一阶段退火温度优化为63 ℃,发现AGCU Y24能对500ng女性DNA与0.5ng男性DNA的混合样本进行准确分型,而体系灵敏度变化不大。总之,本文通过对AGCU Y24荧光检测体系进行了法医学验证,认为AGCU Y24体系能满足法医应用的要求。本研究应用AGCUY24和GFS24Y试剂盒,检测了汉族、广西瑶族、广西壮族、广西仡佬族、广西苗族、广西毛南族、广西京族等7个民族群体共2019名无关男性个体的40个Y-STR,共检测出337个等位基因和三个多拷贝基因座的142个单体型,观察到1938个特有单倍型、1863个唯一单倍型,总群体的PD值达0.9994。在总人群中GD值最大的是DYS385ab,为0.9643;最小的是DYS438（0.4102）。AGCUY24比YfilerTM体系多的6个基因座多态性高,更能满足法医DNA检验的需求。40个Y-STR在汉族的多态性最高,而在广西瑶族的多态性最低。本研究认为在应用Y-STR进行法医DNA鉴定时,要重视样本所属个体的民族背景信息,科学出具鉴定意见。在人群遗传分析中,广西瑶族与其它人群的遗传距离最远,可能和采样人群居住在山区有关。除瑶族以外的七个南方民群体（汉族、广东汉族、仡佬族、苗族、京族、壮族、毛南族）之间遗传距离明显比北方群体之间更近。在系统进化树上,汉族、广东汉族、仡佬族、苗族、京族、壮族、毛南族等7个南方群体可以视为一支,而藏族、蒙古族、回族、维吾尔族可以视为另一支,而广西瑶族和朝鲜族各单独形成分支。
赵琪[9]（2017）在《Y染色体STR基因座在回族群体间的遗传学研究及法医学应用初探》文中研究说明目的:通过比较26个Y染色体STR基因座（简称Y-STR）的遗传信息,探讨回族人群在宁夏回族自治区、青海省、甘肃省间的遗传关系,并对其在法医学方面的应用进行初步探索。方法:（1）分别在宁夏回族自治区、青海省、甘肃省随机选取100、90、100名回族男性无关个体作为研究对象,采用Goldeneye（?）DNA身份鉴定系统26Y试剂盒,通过PCR复合扩增技术、毛细管电泳技术检测26个Y-STR基因座的基因型。（2）分别计算宁夏、青海以及甘肃地区的26个Y-STR基因座的等位基因频率、等位基因多态性、单倍型多态性、单倍型识别率、匹配概率、以及唯一单倍型频率,比较三个不同地区回族的等位基因频率分布差异,并通过Y-STR单倍型参考数据库（Y-STRHaplotype Reference Database,YHRD）与国内、外其他人群进行遗传关系的比较。结果:（1）本次研究共在5个基因座上发现了稀有等位基因,分别是:DYS385:12.2,18.2;DYS458:18.2,19.2;DYS448:17.2;DYS449:30.3,29.2;DYS38911:28.2。在DYS448这个位点上,观察到两例等位基因缺失的情况。（2）本研究中,在26个Y-STR的基因座中,共发现了 240个等位基因。在宁夏回族人群中,单拷贝STR基因座的等位基因频率范围为:0.0100到0.7500,多拷贝STR基因座（即DYS385）的等位基因频率范围为:0.0100到0.0800。在青海回族人群中,单拷贝STR基因座的等位基因频率范围为:0.0111到0.7444,多拷贝STR基因座（即DYS385）的等位基因频率范围为:0.0111到0.0778。在甘肃回族人群中,单拷STR基因座的等位基因频率范围为:0.0100到0.7200,多拷贝STR基因座（即DYS385）的等位基因频率范围为:0.0100到0.1600。（3）在宁夏回族和青海回族人群之间,在DYS456以及DYS439这两个基因座上的等位基因频率分布,存在显着性差异;在宁夏回族和甘肃回族之间,在DYS456、DYS393、DYS38911、DYS549、DYS439、DYS392、DYS3891、DYS390、DYS576、DYS481以及DYS385这些基因座上的等位基因频率分布存在显着性差异;在青海回族和甘肃回族之间,在 DYS456、DYS393、DYS549、DYS392、DYS570、DYS533、DYS3891、DYS390、DYS576、DYS458、DYS481以及DYS385这些基因座上的等位基因频率分布存在显着性差异。（4）DYS385基因座的基因多态性（GD-Value）在三个人群中均为最高,DYS449基因座的多态性在三个人群中也很高,均仅次于基因座DYS385。在宁夏回族人群中,DYS391、DYS437、DYS438以及DYS549基因座的多态性较差;在青海回族人群中,除了在宁夏回族群体中多态性较差的基因座DYS391、DYS437、DYS438以及DYS549外,还有DYS388、DYS456这两个基因座;在甘肃回族人群中,共有7个基因座的多态性较差,分别是:基因座DYS391、DYS388、DYS437、DYS393、DYS389I、DYS438以及DYS533。（5）本研究中,共收集回族样本290例,通过26个Y-STR基因座,共检测到267例单倍型,对于总的回族群体来说,单倍型多态性达到了0.999045,唯一单倍型比率为0.865517,匹配概率为0.004400;对于宁夏回族人群,单倍型多态性为0.999394,唯一单倍型比率为0.940000,匹配概率为0.010600;对于青海回族人群,单倍型多态性为0.999251,唯一单倍型比率为0.933333,匹配概率为0.011852;对于甘肃地区回族人群,单倍型多态性为0.993131,唯一单倍型比率为0.730000,匹配概率为0.016800。（6）通过将三个地区的回族人群和其他14个人群共计4879个单倍型做了比对,观察到三个地区的回族人群和非中国人群在遗传距离上具有显着性的差异;在国内群体中,青海回族显示和宁夏回族、新疆维吾尔族以及内蒙古自治区蒙古族人群在遗传距离上不具有显着性差异;宁夏回族显示出了和青海回族以外,还和沧州回族在遗传距离上不具有显着性差异;甘肃回族显示和所有参与分析的人群遗传距离上均具有显着性差异。从MDS图中可以看出,来自宁夏、青海以及甘肃这三个地区的回族群体以及除了西藏藏族以外的其他国内人群在MDS图上的位置都很接近,表明我国的人群,拥有较近的遗传关系。结论:（1）26个Y-STR基因座在宁夏回族自治区、青海省以及甘肃省的回族群体分布具有较高的遗传多态性,各基因座之间等位基因频率分布、基因多态性存在一定差异,可应用于回族群体的法医遗传学研究。（2）26个Y-STR单倍型多态性在三个回族地区由高到低依次为:宁夏回族,青海回族,甘肃回族。（3）不同地区的回族在遗传背景上既具有独立性,又与其他民族相互融合。
杜蔚安[10]（2017）在《33个基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究》文中研究指明研究背景:当一个刑事案件或治安案件发生时,在法医物证检验中常染色体STR和Y染色体STR通常是分开两次检验的。然而,现有的STR分型技术因受到物证检材的状态、STR基因座复合扩增的个数、扩增体系耐受能力的大小等因素的影响,常染色体和Y染色体分开检验的常规方式因为对检测时间、模板状态等因素的硬性要求导致不能快速高效全面的提供DNA线索,从而可能导致失去有效侦查的最佳机会。此外,复杂的犯罪现场环境如高温、潮湿、微生物等因素可导致收集的现场物证常出现DNA降解、多个个体DNA混合、DNA极其微量等情况,使得常规检验不能获得良好的分型结果。现有的检测体系已无法满足日益增加的刑事案件对于法医DNA快速现场检验的要求,因此研发同时检测常染色体STR和Y染色体STR的复合扩增体系,是目前法医DNA检案的一种迫切需求。目的:构建18个常染色体STR、14个Y-STR和性别鉴定Amelogenin等33个基因座的荧光复合扩增体系,并对该体系进行系统效能验证和法医学参数评估,以期为法医物证检验提供一种更高通量、更稳定可靠的STR复合扩增和检测系统,从而满足公安系统实际检案中对于微量DNA、降解DNA、混合DNA等疑难检材的检测需求。方法:本研究利用高效的热启动Taq DNA聚合酶、多重复合扩增及六色荧光检测技术,在18个常染色体STR和1个性别鉴定基因座Amelogenin的基础上,加入14个Y-STR基因座,引入mini-STR引物设计,优化复合扩增反应体系和PCR反应程序,构建了 33个基因座的荧光复合扩增体系,并对该体系进行系统效能验证和法医学应用价值评估。结果与结论:本研究成功构建了 33个基因座的荧光复合扩增体系。该体系包含有13个mini-STR,灵敏度高,特异性好,重复性高,分型准确。该体系在广东汉族、广西壮族、广西瑶族和广西仡佬族四个群体中的累计匹配概率（CMP）分别为2.39×10-29、1.16×10-28、5.05×10-26 和 2.09×10-28,可为法医学应用提供可靠、稳定和高信息量的技术保障,特别是为公安系统微量、降解、混合等疑难现场检材DNA检验提供了一种新的高效的技术手段。意义:1、在一个反应体系中将常染色体STR和Y染色体STR两种遗传标记同时检测,可提高检验通量、减少检验时间和降低检验成本;2、在一个反应体系中同时检测常染色体STR基因座及更多高多态性的Y染色体STR基因座,既能根据Y染色体基因座信息进行嫌疑人的快速排查,又能根据常染色体基因座信息锁定嫌疑人;3、通过在常染色体STR基因座复合扩增体系加入14个Y-STR基因座,可更好的解决现场案件检材中混合样本的男性成分来源个体数量及分型问题;4、在反应体系中加入的Y-STR基因座可以很好的解决Amelogenin-Y等位基因缺失而造成的性别错判问题;5、通过引入mini-STR引物设计,并对PCR反应体系进行优化,可以提高荧光复合扩增体系的灵敏度以及对降解检材的检出成功率;6、该体系系统效能高,具有很好的兼容性和可靠性,可以为公安系统实际案件中DNA检验和数据库建设提供一种新的技术手段。
二、人类Y染色体STR基因座多态性及其法医学应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、人类Y染色体STR基因座多态性及其法医学应用（论文提纲范文）
（1）贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析（论文提纲范文）
| 中英缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附表 |
（2）21-三体与克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词表 |
| 第一部分 21-三体综合征患者STR分型图谱特征的研究 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分 克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（3）基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 Y-STR 34plex荧光标记PCR复合扩增系统的开发及性能验证 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1. 实验试剂 |
| 1.2. 仪器设备及耗材 |
| 1.3. DNA样本 |
| 1.4. 辅助软件及在线资源 |
| 1.5. 实验方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1. Y-STR 34plex primers优化 |
| 2.2. Y-STR 34plex Allelic Ladder制备 |
| 2.3. Y-STR 34plex分型系统性能验证 |
| 3. 讨论 |
| 3.1. 引物设计和基因座排布 |
| 3.2. 反应组分变化 |
| 3.3. 灵敏度和混合样本检验能力 |
| 3.4. 抗抑制能力 |
| 4. 结论 |
| 第二部分 基于香农熵原理筛选适用于目标人群的Y-STR基因座组合 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1.实验试剂 |
| 1.2. 仪器设备及耗材 |
| 1.3. DNA样本 |
| 1.4. 实验方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1. 基因座间的关联结构分析 |
| 2.2. 单个基因座的多样性指标及其相关性分析 |
| 2.3. 评估不同人群中的总信息熵 |
| 2.4. 基于香农熵原理筛选Y-STR基因座组合 |
| 3. 讨论 |
| 3.1. Y-STR基因座间等位基因的关联特点 |
| 3.2. 基因座组合在不同人群间的差异 |
| 3.3.基因座数量与基因座组合DC的关系 |
| 3.4. 不同基因座筛选方法的比较 |
| 3.5. 基于香农熵原理筛选基因座组合的局限性 |
| 3.6. 本研究的科学意义和应用价值 |
| 4. 结论 |
| 综述 Y-STR标记在法医学中的应用 |
| 1. Y-STR标记和复合扩增系统 |
| 2. Y-STR单倍型数据库 |
| 2.1. Y染色体遗传特性及国外Y-STR数据库简介 |
| 2.2. 我国的Y库建设及特点 |
| 3. Y-STR及Y库的实际应用 |
| 3.1. 混合样本检测 |
| 3.2. 父系血缘关系排查 |
| 3.3. 亲缘搜索 |
| 3.4. 男性个体识别 |
| 3.5. 亲权鉴定 |
| 4. 问题及展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
（4）基于二代测序的Y-STR分型体系构建及遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 前言 |
| 1 Y-STR概述 |
| 2 Y-STR检测技术 |
| 3 Y-STR基因座的选择 |
| 4 Y-STR数据库及查询方法 |
| 5 75个Y-STR基因座的序列特点 |
| 6 Y-STR基因座基因分型数据分析 |
| 第二章 Y-STR基因座和Amelogenin基因座复合检测体系的构建 |
| 1 实验材料 |
| 2 研究方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三章 67个Y-STR基因座在江苏汉族人群中的序列多态性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 5 展望 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 综述 Y染色体短串联重复序列及法医学应用研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士研究生期间获得的学术成果与奖励 |
| 致谢 |
（5）Y染色体高变区及线粒体基因组在甄别同卵双生子中的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 第一部分 SMRT测序DYZ1 阵列在同卵双生子间的差异研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 快速突变Y-STR在同卵双生子间的差异研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 SMRT技术测序mt Genome区分同卵双生子的研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 Y染色体STR的法医学应用 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（6）STR基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一部分 常染色体补充STR基因座的筛选 |
| 1 材料 |
| 1.1 DNA样本 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 基于数据库筛选补充STR的原则及流程 |
| 2.2 基于QIAxcel分析仪筛选补充STR |
| 3 结果 |
| 3.1 补充STR基因座筛选流程 |
| 3.2 单个基因座引物设计的结果 |
| 3.3 候选基因座多态性筛选的结果 |
| 4 结论 |
| 第二部分 补充STR基因座复合荧光扩增体系的构建 |
| 1. 材料 |
| 1.1 实验样本 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 CODIS基因座及其他位点选择 |
| 2.2 引物设计和优化 |
| 2.3 复合扩增体系的构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 引物设计和优化结果 |
| 3.2 单个基因座扩增结果与分析 |
| 3.3 单色复合扩增结果与分析 |
| 3.4 SiFaSTR 21-plex NC复合扩增结果分析 |
| 3.5 5Dye光谱校正文件建立和分子量内标的检测 |
| 3.6 等位基因分型标准品的制备和等位基因的命名 |
| 4. 结论 |
| 第三部分 补充STR基因座复合扩增体系的验证及其法医学应用研究 |
| 1 样本 |
| 2 方法 |
| 2.1 DNA提取 |
| 2.2 复合扩增和毛细管电泳检测 |
| 2.3 种属特异性研究 |
| 2.4 灵敏度研究 |
| 2.5 抗抑制性研究 |
| 2.6 混合样本研究 |
| 2.7 精确性研究 |
| 2.8 Stutter研究 |
| 2.9 数据统计和分析 |
| 2.10 质量控制 |
| 3. 结果和讨论 |
| 3.1 种属特异性研究 |
| 3.2 灵敏度研究 |
| 3.3 抗抑制剂研究 |
| 3.4 混合样本研究 |
| 3.5 精确性和重复性研究 |
| 3.6 案件类型样本检测 |
| 3.7 Stutter分析 |
| 3.8 均衡性分析 |
| 3.9 PCR条件研究 |
| 3.10 群体遗传学参数调查 |
| 3.11 系统效能的比较 |
| 4 结论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 STR遗传标记在法医学的研究进展与展望 |
| 参考文献 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 攻读硕士学位期间公开发表的论文 |
| 攻读硕士学位期间参与的科研项目 |
| 致谢 |
（7）Y染色体遗传标记在法医学中的应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 第一部分 :运用NGS检测Y-STR位点的法医学意义 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 主要试剂与耗材 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 主要软件、计算机语言及网络工具 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA提取及质量检测 |
| 2.2.2 目的片段扩增及质量检测 |
| 2.2.3 文库构建及质量检测 |
| 2.2.4 序列测定及数据处理 |
| 3 结果 |
| 3.1 琼脂糖检测结果 |
| 3.1.1 目的片段扩增及质量检测结果 |
| 3.1.2 文库质量检测结果 |
| 3.2 捕获区域序列 |
| 3.3 测序结果质量分析 |
| 3.3.1 测序数据统计 |
| 3.3.2 参考基因组比对结果 |
| 3.4 STR位点测序及试剂盒分型结果 |
| 3.4.1 全基因组测序结果 |
| 3.4.2 区域捕获测序结果 |
| 3.4.3 区域捕获测序对无关个体测序结果及试剂盒分型结果 |
| 3.4.4 区域捕获测序对父子样品测序结果 |
| 3.4.5 混合样品测序结果及试剂盒分型结果 |
| 3.5 SNP位点测序结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 文库构建 |
| 4.2 STR位点测序结果分析 |
| 4.2.1 无关样品测序结果分析 |
| 4.2.2 父子样品测序结果分析 |
| 4.2.3 混合样品测序结果分析 |
| 4.3 SNP分析 |
| 5 结论 |
| 第二部分 :DYF155S1位点重复序列排列的种族与个体差异 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 主要试剂与耗材 |
| 2.1.3 主要仪器设备及分析软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 PCR扩增 |
| 2.2.3 PCR产物序列测定 |
| 3 结果 |
| 3.1 样品的PCR分型 |
| 3.2 重复序列测序结果 |
| 3.3 数据统计结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三部分 :延边朝鲜族19个Y-STR的多态性分布 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 主要试剂及材料 |
| 2.1.3 主要仪器及分析软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA的提取 |
| 2.2.2 模板DNA的质量控制 |
| 2.2.3 PCR扩增 |
| 2.2.4 PCR反应循环参数 |
| 2.2.5 扩增产物的检测 |
| 2.2.6 扩增产物分型 |
| 2.2.7 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 Y染色体STR分型结果 |
| 3.2 Y染色体STR基因座的等位基因频率分布 |
| 3.2.1 19个Y染色体STR基因座的GD值 |
| 3.2.2 辽宁汉族群体与YHRD数据库中其他群体间的遗传距离 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 本研究创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）24个Y-STR检测体系的法医学验证及多态性调查（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 法医遗传学多态性遗传标记的发展 |
| 1.2 Y染色体STR的研究现状 |
| 1.3 本研究思路 |
| 参考文献 |
| 第二章 AGCU Y24荧光检测试剂盒的法医学应用评估 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 华南地区七个民族40个Y-STR基因座的遗传多态性分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 全文小结 |
| 英文缩略语对照表 |
| 攻读学位期间成果 |
| 致谢 |
（9）Y染色体STR基因座在回族群体间的遗传学研究及法医学应用初探（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 论文创新点 |
| 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 |
| 致谢 |
（10）33个基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1. STR多态性及其分型原理 |
| 1.1 STR概述 |
| 1.2 STR多态性原理 |
| 1.3 STR分类和命名 |
| 1.4 STR自动分型原理 |
| 2. Y-STR遗传标记研究进展 |
| 2.1 Y-STR概述 |
| 2.2 Y-STR法医学应用特点 |
| 3. NGS在法医物证中的应用 |
| 3.1 NGS概述 |
| 3.2 NGS测序原理 |
| 3.3 NGS的法医学应用 |
| 4. mini-STR的研究进展 |
| 4.1 mini-STR概述 |
| 4.2 mini-STR研究进展 |
| 4.3 mini-STR应用特点 |
| 5. 混合样本检测进展 |
| 5.1 混合斑概述 |
| 5.2 混合斑检测方法 |
| 5.3 混合斑检测遗传标记 |
| 6. 多态性STR基因座的选择 |
| 6.1 常染色体STR基因座的选择 |
| 6.2 Y-STR基因座的选择 |
| 7. 本研究技术路线和意义 |
| 8. 参考文献 |
| 第二章 33个基因座荧光复合扩增体系的构建 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 主要仪器和设备 |
| 1.2 主要试剂 |
| 2. 引物的设计和选择 |
| 3. 复扩体系的构建 |
| 3.1. PCR体系的建立与完善 |
| 3.2. 引物体系的调整 |
| 3.3. HG19+14Y复合扩增体系构建过程中遇到的问题 |
| 4. 荧光分子量内标研制 |
| 4.1 荧光分子量内标引物设计 |
| 4.2 荧光分子量内标片段组配 |
| 4.3 荧光分子量内标准确度评价 |
| 4.4 荧光分子量内标迁移调整 |
| 5. 6Dye Matrix荧光标准品研制 |
| 5.1 6Dye Matrix标准品引物设计 |
| 5.2 6Dye Matrix标准品片段组配 |
| 5.3 建立6Dye Matrix文件 |
| 6. 等位基因分型标准品的研制 |
| 6.1 各基因座人群常见等位基因片段的扩增与纯化 |
| 6.2 目的等位基因的单克隆 |
| 6.3 等位基因的制备 |
| 6.4 HG19+14Y Allelic Ladder电泳评价 |
| 7. 分型软件编辑和导入 |
| 7.1 HG19+14Y的Panel和Bins文件编辑 |
| 7.2 HG19+14Y荧光检测试剂盒的Panel和Bins导入 |
| 8. 讨论 |
| 9. 参考文献 |
| 第三章 33个基因座荧光复合扩增体系的验证 |
| 1. 材料 |
| 1.1 主要实验仪器 |
| 1.2 主要实验试剂 |
| 1.3 实验样本 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 DNA提取 |
| 2.2 扩增 |
| 2.3 电泳 |
| 2.4 数据分析和统计 |
| 3. 结果与讨论 |
| 3.1 灵敏度实验 |
| 3.2 种属特异性实验 |
| 3.3 混合样本实验 |
| 3.4 抗抑制剂实验 |
| 3.5 案件样本平行实验 |
| 3.6 精确性实验 |
| 3.7 Stutter研究 |
| 3.8 重复性实验 |
| 3.9 PCR条件研究 |
| 4. 结论 |
| 5. 参考文献 |
| 第四章 33个基因座荧光复合扩增体系的法医学应用 |
| 1. 材料 |
| 1.1 主要实验仪器 |
| 1.2 主要实验试剂 |
| 1.3 实验样本 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 样本制备 |
| 2.2 PCR复合扩增 |
| 2.3 电泳 |
| 2.4 数据分析和统计 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 四个民族人群常染色体STR基因座等位基因频率分布研究 |
| 3.2 四个民族人群Y-STR基因座等位基因频率分布研究 |
| 3.3 法医统计学参数研究 |
| 4. 讨论 |
| 5. 参考文献 |
| 全文小结 |
| 附件 |
| 附件1、四个民族的等位基因频率 |
| 附件2、四个民族的Y-STR等位基因频率 |
| 英文缩略词注释 |
| 攻读博士学位期间科研成果 |
| 致谢 |
四、人类Y染色体STR基因座多态性及其法医学应用（论文参考文献）
- [1]贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析[D]. 高红艳. 遵义医科大学, 2020
- [2]21-三体与克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究[D]. 张耀月. 遵义医科大学, 2020
- [3]基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究[D]. 周咏松. 南方医科大学, 2020(01)
- [4]基于二代测序的Y-STR分型体系构建及遗传多态性研究[D]. 杨凯润. 昆明医科大学, 2020
- [5]Y染色体高变区及线粒体基因组在甄别同卵双生子中的研究[D]. 陈璐. 河北医科大学, 2020(01)
- [6]STR基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究[D]. 张家硕. 苏州大学, 2019(02)
- [7]Y染色体遗传标记在法医学中的应用研究[D]. 宣金锋. 中国医科大学, 2019(01)
- [8]24个Y-STR检测体系的法医学验证及多态性调查[D]. 刘长晖. 南方医科大学, 2017(10)
- [9]Y染色体STR基因座在回族群体间的遗传学研究及法医学应用初探[D]. 赵琪. 苏州大学, 2017(07)
- [10]33个基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究[D]. 杜蔚安. 南方医科大学, 2017(10)