一、SSR标记及其在水稻分子生物学研究中的应用（论文文献综述）
崔傲[1]（2021）在《江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用》文中研究说明水稻是江苏最重要的粮食作物,其中粳稻约占总面积的90%。选育和推广优良的粳稻品种对江苏水稻生产具有重要意义。据不完全统计,目前在江苏可推广种植的粳稻品种至少有200个,品种间的同质化问题严重。另外,众多的品种也给市场监管带来了巨大挑战,导致种子市场上经常出现套牌侵权、假冒伪劣等违规违法事件,影响优良品种的推广应用和种业的健康发展。近年来,SSR指纹检测技术在品种鉴定中的有效应用,极大约束了种子市场上的各种违规违法事件。然而,由于SSR标记本身的局限性,使得这一技术已不能满足当前的种业发展需求。竞争性等位基因特异性PCR（kompetitive allele specific PCR,KASP）技术具有检测结果准确、二等位、检测位点数灵活,且可在不同通量化程度的检测平台上使用,使得其已成为未来作物品种鉴定和分子标记辅助育种的最重要标记之一。为加速该标记技术在江苏水稻尤其是粳稻品种鉴定和分子育种中的应用,本研究开发了一批在江苏粳稻品种间多态性丰富的KASP标记并进行了初步应用分析。主要结果如下:1、对武陵粳1号、淮稻5号、武运粳7号等11个江苏代表性粳稻品种进行了 10X测序,筛选到品种间的SNP位点681个;利用水稻3000份品种重测序信息,筛选江苏粳稻品种间的SNP位点7179个。最终获得在江苏粳稻品种间具备潜在多态性的SNP位点7860个,其在水稻基因组中的平均分布密度为17.5个/Mb。2、从LGC公司开发的2053个水稻商业化KASP标记库中,选择了 583个对24个江苏代表性粳稻品种进行多态性分析,获得了 156个多态性标记,多态率为26.7%。从上述构建的7860个SNP位点库中,随机选择300个位点开发了300个KASP标记,在24个代表性粳稻品种群体中有190个具有多态性,多态率为63.3%,表明本研究筛选的多态性SNP位点库具有较高可靠性。最终获得在江苏代表性粳稻品种间的多态性KASP标记346个,相对均匀分布在水稻不同染色体上。3、选择93个多态性KASP标记,对7个不同省区的252个粳稻品种和16个籼稻品种进行基因分型,发现有5个标记在群体中检测到超过20%的杂合基因型,有76个检测到杂合基因型比例低于5%,其余均介于5-20%之间。进一步比较了 76个标记在不同区域品种及籼稻品种中的分型效果,发现绝大大多数标记在不同区域的粳稻品种群体内均具有较好多态性,标记PIC（多态性信息含量）值在0.24-0.59之间;但是在籼稻品种群体中只有9个标记具备多态性,其余67个均无多态性,表明这些SNP位点存在明显的籼、粳特异性差异。4、构建了 141个江苏粳稻品种在76个KASP标记位点上的DNA指纹,发现有7对品种的彼此间差异位点数在1-4个,其余均大于5个;进一步利用之前建立的60个SSR标记对这7对品种进行SSR指纹比较,发现仅有1对品种间的差异位点数超过2个,其余均小于或等于1个差异位点。随后对本实验室在60个SSR指纹比对中发现的小于等于4个差异位点的7对品种,采用76个KASP标记进行指纹分析,发现各对品种间的差异位点数最少为15个,最高达56个。综合比较显示,76个KASP标记对江苏粳稻品种的鉴别力更强,可以初步用于江苏粳稻品种DNA指纹库的构建。5、收集并初步测定了来自国内外不同区域以粳稻为主的530份种质资源在穗长、一次枝梗数等10个性状上的变异特征,发现品种间在多数性状上的变异还是比较丰富的,籼、粳群体间明显差异。随机选择了 100个KASP标记对所有530个品种进行了基因分型分析,发现有7个没有多态性,另外分别有38个和39个在该品种群体中检测到杂合位点率的比例超过20%和低于10%。利用杂合位点率较低的39个标记基因型数据对所有品种进行遗传相似性聚类分析,发现不同区域或类型品种间存在明显的遗传差异。6、开发了抗稻瘟病基因Pid3和金粳818中抗除草剂基因ALS627N的功能性KASP标记“KASP-Pid3”和“K-ALS-627”。验证结果显示,各标记不仅可广泛用于相应基因的选择、提高育种效率,而且可用于相应的实质性派生品种鉴定。
吕士凯[2]（2021）在《真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究》文中研究指明小麦（Triticum aestivum L.）是世界上最主要的粮食作物之一,条锈病和白粉病均是严重威胁小麦生产安全的病害。小麦杂种衰亡是一种并不少见的过早衰老或过早死亡表型,是优良基因转移及品种改良的障碍。杂种衰亡可能是由植物响应病原菌胁迫相关基因进化出多效性的叠加导致的。NAC转录因子基因家族在植物衰老和生物胁迫响应中均发挥重要的调节作用。开展小麦抗病研究,挖掘抗病TaNAC基因并探究其抗病机制,对保证小麦生产安全具有重要意义,且有助于丰富对小麦抗病机制的理解。开展小麦杂种衰亡的遗传规律分析验证、调控基因的精细定位及调控机制的多组学研究,有助于克隆杂种衰亡调控基因并解析其分子基础和调控机理,有助于消除杂种衰亡基因对育种选择造成的障碍,促进小麦育种事业的发展。同时开展小麦真菌胁迫响应、杂种衰亡及相关NAC转录因子调控的研究,明确三者的关系,有助于丰富对植物抗病基因功能与机制的理解,促进小麦聚合抗病基因杂交育种进程。本研究以兼抗白粉病与条锈病的普通小麦优异种质N9134为材料,在两种病菌胁迫下对TaNAC基因进行系统性克隆。按照从N9134得到和从小麦参考基因组提取两类,对TaNAC转录本进行比对分析,同时分析克隆得到TaNAC转录本的特征,研究它们结构变异与真菌胁迫的关系,进一步探究TaNAC基因可变剪切在小麦真菌胁迫响应中的调控规律。基于多种不同遗传群体,开展小麦杂种衰亡研究,分析并完善Ne基因的复等位基因、剂量效应等理论。创制杂种衰亡回交分离群体并结合开发的SNP标记,构建了冬小麦Ne1和Ne2的高密度遗传图谱。基于杂交测验和分子标记检测,系统分析Ne1和Ne2在我国小麦品种（系）中的分布情况。此外,基于背景一致的性状分离遗传群体（两种表型4种基因型）,借助转录组（2+3）、蛋白组和代谢组测序技术,开展小麦杂种衰亡调控机制的研究。主要研究结果如下:1、小麦TaNAC基因家族被重新鉴定为包括460个基因位点的559个转录本（IWGSC Ref Seq v1.1）;发现N9134中约1/3（54/154）的TaNAC基因在苗期参与白粉菌和条锈菌胁迫的响应过程。从两种真菌胁迫的N9134中,获得186个TaNAC转录本（167个为克隆得到）,其中180个为新转录本并上传到Gen Bank。发现真菌胁迫的N9134中,差异表达TaNAC基因转录的“非正常”编码转录本的比例更高（p=0.0098）,TaNAC MTFs编码序列的比例相对参考基因中的比例更高（p=0.003）;发现紧随NAM结构域、且相对保守的氨基酸基序（WV[L/V]CR）可能与TaNAC转录因子响应真菌胁迫有关。结果表明,小麦TaNAC基因可以通过形成不同结构变异转录本的方式响应真菌胁迫。发现并整理的响应条锈病和（或）白粉病胁迫的TaNAC及其结构变异转录本,为解析TaNAC参与小麦对生物胁迫的响应机制提供了丰富资源。2、选取由13个基因可变剪切形成的35个TaNAC转录本进行深入分析,发现可变剪切事件通过改变转录本的序列结构,进而改变其编码产物的结构、理化性质等,最终影响其亚细胞定位和转录调控活性等。通过分析TaNAC基因及其编码区的靶标taemi RNAs,发现具有可变剪切转录本的TaNAC基因与tae-mi RNA的结合位点均位于非可变剪切区域。综合上述结果推断,TaNAC基因可以通过可变剪切的转录后调控方式参与小麦响应真菌胁迫的过程;靶定位点在TaNAC基因编码区的tae-mi RNA可以独立于可变剪切行使转录后调控功能。3、构建了冬小麦Ne1和Ne2的高密度遗传图谱,其中,Ne1位于5BL上的标记NWU5B4137（383.40 Mb）和NWU5B5114（388.01 Mb）之间（IWGSC Ref Seq v1.0）,两标记相距0.50 c M;Ne2与2BS上的标记Lseq102（156.59 Mb）和TC67744（157.76Mb）共分离。系统遗传分析发现,N9134的Ne1不同于Spica和Ta4152-60的Ne1,周麦22的Ne2不同于Manitou、WL711和Pan555的Ne2;Ne基因的剂量效应也存在于中度和重度杂种衰亡系统,遗传背景也可能影响杂种衰亡的症状。通过系统分析国内外1364种小麦品种（系）中Ne1和Ne2的基因型频率,明确了二者在我国小麦主产区中呈现离散分布的特征及比例;发现我国现代小麦品种（系）Ne基因型频率的现状应该由地方品种（系）（贡献Ne1）和现代引进品种（系）（贡献Ne2）共同作用形成。根据本研究的材料及其系谱分析推断,冬小麦的Ne1可以直接来源于野生二粒小麦,而Ne2可能起源于黑麦。本研究为图位克隆Ne1和Ne2打下了坚实基础,向更好地理解小麦杂种衰亡迈出了重要一步。4、利用衰亡表型且基因型为Ne1Ne2的样本与正常表型基因型分别为Ne1ne2ne2、ne1ne1Ne2、ne1ne1ne2ne2的样本,通过转录组（2+3）、蛋白质组和代谢组联合分析,发现杂种衰亡过程主要涉及植物与病原体的互作（ko04626）、植物激素信号转导（ko04075）、内质网中的蛋白质加工（ko04141）、氨基酸的生物合成（ko01230）、苯丙烷类化合物的生物合成（ko00940）、α-亚麻酸代谢（ko00592）等KEGG途径。推断:植株防御系统失调引起在没有病菌侵染时防御反应仍被激活,产生最初的代谢产物（氨基酸）;而Ne1和Ne2协同表达,导致前述产物代谢途径失调,使其持续积累;达到一定浓度后,其作为反应底物或信号物质,激活茉莉酸（Jasmonic acid,JA）信号介导的衰老和病程相关程序性细胞死亡,继续产生并积累各种氨基酸,循环往复持续进行,导致Ne1Ne2基因型植株从一定发育阶段开始,表现细胞死亡加速的杂种衰亡性状;NAC转录因子参与这一过程的调控,且茉莉酸起关键信号转导作用。由防御系统失调引起的病程相关程序性细胞死亡,既是杂种衰亡性状的启动因素,也是杂种衰亡表型的主要形式。
孙梦涵[3]（2021）在《基于SSR标记的藜麦种质资源遗传多样性分析和性状关联分析》文中研究指明藜麦营养价值全面,并具有耐寒、耐干旱、耐瘠薄和耐盐碱等生物学特性,因而受到了各个国家的广泛关注。藜麦种质资源的遗传多样性分析对藜麦引种收集、鉴定分类和育种改良具有重要意义。藜麦种质群体中含有大量控制重要性状的有利等位变异,关联分析以自然种质群体为研究对象,挖掘其中与优异性状相关联的等位变异。遗传多样性分析与关联分析相结合,对藜麦性状改良和种质资源合理利用和推动藜麦分子标记辅助育种研究进程具有重要意义。本文以收集引种的163份藜麦材料和3份台湾红藜材料组成的自然种质群体为研究对象。调查测定其主要表型性状和品质性状,通过各性状分析其遗传变异。利用65对简单重复标记（SSR）引物对供试种质群体进行遗传多样性分析,最终分析与优异性状相关联的SSR位点。主要研究结果如下:（1）调查测定了供试种质材料的11个表型性状和3的品质性状。不同性状之间变异系数差异较大,变异范围较广。株高、主花序长、主茎分支数、主穗长、茎粗和株形呈极显着正相关。叶长与叶宽呈极显着正相关。成熟期与株高呈极显着正相关,与主花序长、主茎分支数、主穗长、茎粗和株形呈显着正相关。茎色与花色呈极显着正相关。粗脂肪含量与主茎分支数和茎粗呈极显着负相关,与成熟期呈显着负相关。总蛋白质含量与茎粗呈极显着正相关,与总淀粉含量呈极显着负相关,与株高呈显着正相关,与叶宽呈显着负相关。主成分分析得出前5个主成分,累计贡献率达71.08%。（2）聚类分析在距离为5时将全部材料划分为4个群组,相同来源的藜麦种质被划分到不同的群组,表明同一地理来源的藜麦种质具有丰富的遗传多样性。Ⅰ组群主要特征为总蛋白质含量最低,总淀粉含量最高;Ⅱ组群主要特征为总淀粉含量最低,粗脂肪含量最高;Ⅲ组群主要特征为叶片最小,株形最松散,且粗脂肪含量最低;Ⅳ组群主要特征为植株体量最大,平均成熟期最晚,且茎色和花色最深,总蛋白质含量最高。（3）从156对藜麦SSR引物中筛选出65对杂合度高,重复性好,扩增片段清晰的引物对供试种质群体进行标记。有效等位基因数变异范围在1.144～9.760之间,平均为2.953,观测杂合度变异范围在0.019～1.000之间,平均值为0.387。期望杂合度变异范围在0.126～0.900之间,平均值为0.588。Shannon’s指数范围在0.252～2.409之间,平均值为1.126。多态性信息含量介于0.121～0.889之间,平均值为0.524。证明本研究所选择的引物多态性较高。（4）对供试种质进行分子标记遗传多样性分析。聚类分析将材料划分为3个组群。群体结构分析将全部材料划分为两个亚群,与聚类分析表现出相似的分组趋势。主成分分析显示前三位主成分解释率分别为58.95%、11.49%和8.72%,共占总变异的79.17%。主成分1将全部材料分为两个组群,地理来源一致的种质在坐标上聚集成簇。分析证明藜麦的亲缘关系与地理来源有显着相关性,相同地理来源的种质具有较近的亲缘关系。（5）对65个SSR标记位点进行连锁不平衡分析,共有2080对SSR位点组合。所有组合的连锁不平衡系数在0.00～0.41之间,平均值为0.05,在P<0.01的条件下,显着连锁不平衡的成对位点有873对,占所有位点组合的41.97%,其中D′≥0.5的成对位点有411对,占全部位点组合的19.76%,连锁不平衡水平较低。采用一般线性模型和混合线性模型对藜麦种质的11个表型性状和3个品质性状与SSR标记位点进行关联分析,综合两种分析结果选择最优模型,得出8个SSR标记与株高、茎粗、叶宽、主茎分支数、叶长、成熟期、总蛋白质含量和总淀粉含量8种性状密切相关。
刘娜[4]（2020）在《利用关联作图解析紫斑牡丹产量相关性状的等位遗传变异》文中研究指明牡丹原产于中国,具有药用、观赏和油用价值。紫斑牡丹（Paeonia rockii）是特有的牡丹野生种之一,广泛分布于中国中部的秦岭及周边地区,其栽培种质主要分布在以甘肃省为中心的西北地区。由于紫斑牡丹结实性强、营养价值高等特性,近年来已经发展成为珍贵的新兴木本油料作物,并在我国北方地区得到了广泛的推广栽培。目前,如何有效提高种子产量已经成为紫斑牡丹高效育种的重要方向,然而与其产量相关的基础研究较为匮乏,并且在紫斑牡丹中与产量相关的功能位点也很少被鉴别。因此,本研究在基于下一代转录组测序（Next-Generation Sequencing,NGS）和单分子长读长转录组测序（Single-Molecule Long-Read Sequencing,SMLRS）数据库的转录因子内SSR位点的开发和应用的基础上,为探索24个产量相关的候选数量性状的遗传构架,在420个紫斑牡丹的栽培种质中开展了产量性状相关的关联作图研究,旨在鉴选调控产量性状的重要等位变异位点,为油用牡丹的高产育种提供分子基础。主要研究结果如下:（1）构建了由420个紫斑牡丹单株构成的关联作图群体,并对24个候选的数量性状进行了调查和分析,结果表明,24个性状在不同样本间表型差异均极显着（P<0.01）。通过相关性分析获得显着相关的组合202对,极显着相关组合182对。主成分分析将24个性状划分为能够较好地解释群体数量性状变异的6个主成分。通过系统聚类分析,将参试群体样本划分为8类,24个性状划分为5类,最终确定了影响紫斑牡丹单株产量的4个主要指标、15个次要指标和5个辅助参考指标。（2）首次在紫斑牡丹中基于NGS和SMLRS转录组测序数据进行了EST-SSR（Expressed Sequence Tag-Simple Sequence Repeat）位点的开发和应用研究。基于已有报道筛选了959个和产量相关的候选转录因子,鉴定了166个包含六种核酸重复类型的EST-SSR位点,平均每5.78个Unigenes含有一个SSR位点,最终102（61.45%）对引物对在两个转录组测序（RNA-seq）品种（‘粉面桃腮’,P.rockii‘Fen Mian Tao Sai’和‘京顺粉’,P.rockii‘Jing Shun Fen’）中成功进行扩增,其中来自诸如AP2、BHLH和HSF基因家族的58个引物对（56.86%）,在连锁群体杂交亲本（‘红乔’,P.suffruticosa‘Hong Qiao’和‘凤丹白’M24,P.ostii‘Feng Dan Bai’）和8个随机抽选的紫斑牡丹样本中表现出了多态性。58个位点在37个牡丹样本中的PIC值范围为0.32 to 0.91（平均0.70）,证明了高水平的多样性。此外,58个位点在芍药属7个野生种中的转移性为89.66%～100%,在62个芍药属样本中揭示的亲缘关系与已知的谱系树相一致。（3）利用本研究新开发的转录因子内58个多态性EST-SSR标记对紫斑牡丹的作图群体进行遗传多样性评价,共确定了483个等位位点（平均等位基因数为8）,多态信息含量（PIC）的平均值为0.514,这均表明该群体具有较高水平的遗传多样性。此外,通过STRUCTURE和聚类分析,揭示作图群体的遗传结构均可划分为4个亚群（K=4）。（4）通过连锁不平衡检测发现,58个EST-SSR位点间的连锁不平衡水平较低。利用混合线性模型（Mixture Linear Models,MLM）进行单标记关联分析,共鉴定了208个显着的关联组合,涉及18个数量性状和55个EST-SSR位点,这些位点主要来自AP2、MYB和NAC等基因家族,并且均解释了较小比例的表型变异。其中,鉴定了3个花部数量性状与11个EST-SSRs相关的13个显着关联组合,单标记解释率为4.15%～25.32%（平均10.55%）;8个枝叶数量性状与50个EST-SSRs相关的129个显着关联组合,单标记解释率为3.25%～37.45%（平均10.6%）;7个果实数量性状与39个EST-SSRs相关的66个显着关联组合,单标记解释率为4.45%～30.52%（平均11.86%）。（5）将关联作图结果在连锁群体中进行验证,发现在两个群体中同时出现的关联组合共计2个,均为与顶小叶长显着关联的组合,且在两个群体内一致效应的组合有2个,P026为正效应和PS17为负效应,并汇总了优势等位位点信息。综上所述,本研究首次基于紫斑牡丹NGS和SMLRS获得的转录组测序数据库,鉴选出和产量相关的转录因子内EST-SSR位点58个,在此基础上利用关联分析方法鉴选出调控紫斑牡丹产量性状的EST-SSR位点208个,这为油用牡丹产量性状的鉴选和遗传改良提供了分子水平的参考。
杨轲[5]（2020）在《引进啤酒花种质资源评价及苦味酸生物合成分子机制研究》文中提出啤酒花（humulus lupulus L.）既是酿造啤酒的主要原料,也是抗癌物质黄腐酚的重要天然来源。甘肃是国内啤酒花生产的主要区域,但是目前面临品种单一、退化严重、产量低下、品质恶化等问题。因此,研究啤酒花种质资源,筛选优质啤酒花材料,解析其有效成分生物合成的分子机理对啤酒花新品种培育具有重要意义。本研究以引进啤酒花种质材料为对象,运用分子标记、相关性分析、组织培养、转录组、蛋白质组测序等技术,进行材料间遗传背景、性状相关性、再生体系建立和有效成分生物合成途径等综合研究,获得如下研究结果:1.选择60对SSR标记对384份啤酒花种质材料遗传差异、群体结构进行分析,其中24对SSR标记在材料间表现多态性;聚类分析结果显示供试啤酒花可聚类为5个类群,其中I类1份,II类85份,III类4份,IV类3份,V类291份;群体结构分析表明供试材料能够划分为2个亚群,分别包含94和290份材料。2.从384份啤酒花材料中选取50份遗传差异较大、综合性状优良的代表性材料进行性状相关性分析。结果表明,不同啤酒花材料间农艺性状变异丰富,α-酸含量与测定农艺性状间并无显着相关性,黄腐酚含量受干鲜比、花穗粗和花穗长三项指标影响较大;依据离差平方和-欧式距离法聚类分析,将50份啤酒花种质材料按照“由好到次”聚类,共划分为5个不同等级类群,第一类综合性状表现最好,包括28份材料;第二类较好,包括6份材料;第三类表现一般,包括12份材料;第四类表现较差,包括3份材料;第五类表现最差,仅有1份材料。3.从离差平方和-欧式距离法聚类分析筛选出的综合性状表现最好的28份材料中,按照α-酸含量由高到低原则选取5份材料（PJ105、PJ274、PJ043、PJ028和PJ267）,再根据激素诱导生根效果筛选后续研究材料,结果表明,啤酒花枝条扦插最适合的模式为土培扦插,啤酒花种质材料PJ274激素诱导生根率最高,可作为组织培养及后续研究的母体材料。组织培育结果表明,诱导啤酒花愈伤组织的最佳外植体是腋芽;愈伤组织最适培养基条件为MS培养基+葡萄糖20.0g/L+6-BA 0.1 mg/L+IAA 1.0 mg/L+2,4-D 2.0 mg/L+谷氨酰胺0.002 g/L+PVP 2.0g/L+6.5 g/L琼脂,pH为5.8-6.0;诱导腋芽愈伤组织分化不定芽的最适培养基激素配比为6-BA 1.0 mg/L+NAA 0.2 mg/L,芽分化率可达66.67%;适合啤酒花腋芽愈伤组织根分化的最佳培养基激素组合为6-BA 0.1 mg/L+IBA 1.0 mg/L,且试管苗移栽成活率高达80%。4.对啤酒花PJ274雌花序不同成熟时期的花序进行转录组测序,共得到100297个unigene,其中68797条unigene得到功能注释,注释率为68.59%,与桑树（Morus alba L.）的序列相匹配的unigene占36.55%。在雌性花序成熟中期,基因表达上、下调的分别有14135、4412个;在花序成熟后期,基因表达上、下调的分别有9483、8591个,主要参与代谢过程、细胞过程、生物调节、调节生物学过程与响应刺激等过程。在花序成熟中期和后期,鉴定到共同表达上、下调基因分别为1823、1605个。啤酒花苦味酸合成代谢相关途径中的相关基因随着花序的成熟,表达丰度显着变化,以BCAA（支链氨基酸）和MEP（甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸）代谢通路相关基因为主。5.用iTRAQ蛋白质组学的方法对啤酒花PJ274雌性花序中苦味酸物质合成代谢过程相关蛋白质进行定量分析,共鉴定到6535个蛋白质,成熟中期和后期样品中,分别鉴定到426、726个差异表达蛋白;生物学代谢途径在成熟过程中发生显着变化,由萜类化合物代谢途径蛋白显着富集转变为黄酮类物质生物合成途径蛋白显着富集状态;对萜类、苦味酸和异戊烯基黄酮类化合物合成相关差异表达蛋白质进行分析,确定倍半萜类化合物的合成主要发生在质体中;并鉴定到了参与物质转运途径的相关蛋白质,包括6个ATP结合体蛋白、3个脂转移蛋白和36个参与囊泡转运相关蛋白。
吕丹[6]（2020）在《苦荞种质资源产量性状和籽粒黄酮含量与SSR标记的关联分析》文中认为以230份苦荞种质资源为材料,在三个播种环境中调查了籽粒黄酮含量、初花期、盛花期、株高、主茎分枝数、单株粒数、单株粒重、百粒质量、籽粒长、籽粒宽、籽粒长宽比、籽粒面积、籽粒直径、籽粒周长和籽粒产量等15个性状,并分析了这15个性状的遗传变异,研究了农艺性状对籽粒黄酮含量和籽粒产量的影响,筛选了籽粒黄酮含量和籽粒产量表现优异的苦荞种质,为高产优质苦荞的选育推荐基础材料。利用59对SSR引物分析了苦荞种质的遗传多样性、群体结构和连锁不平衡（LD）状况等,并且对调查性状进了关联分析。所得结果如下:1.苦荞种质籽粒黄酮含量和产量性状的变异分析除百粒质量、籽粒周长和籽粒宽外,播种环境对其他12个性状都产生了极其显着影响。籽粒黄酮含量在2018S、2018A和2019A三个环境中的变异范围基本保持一致,分别是1.37%2.84%、1.12%2.81%和1.08%2.83%,变异系数分别为12.06%、13.27%和14.33%,为中等变异程度,说明苦荞种质的籽粒黄酮含量受环境变化的影响较小,比较稳定,有一定的改良空间。在三个环境中,审定品种的籽粒黄酮含量均显着高于地方品种和育种品系;黄色籽粒的苦荞种质黄酮含量显着低于褐色、灰色和黑色的苦荞种质,说明籽粒颜色对籽粒黄酮含量有一定影响。三个环境下,单株粒重、单株粒数和籽粒产量的变异均表现最大,变异系数介于15.24%34.53%,说明这3个性状较其他产量性状改良空间更大;籽粒周长、粒直径、初花期和盛花期等4个性状变异最小,变异系数介于2.70%6.92%,说明这4个性状遗传多样性丰富度低。2.农艺性状对苦荞种质籽粒黄酮含量和产量的影响三个环境中,籽粒黄酮含量与产量性状的相关性表现不一致,在2018A和2019A这两个秋播环境下,籽粒黄酮含量与籽粒直径、籽粒面积均呈显着正相关,且2018A中籽粒黄酮含量还与盛花期呈显着负相关。在三个环境中,籽粒产量均与株高、单株粒重、单株粒数呈极显着正相关,与籽粒面积呈显着正相关。主成分分析发现,所调查的15性状可浓缩为4个主要因子,即粒型因子、产量构成因子、花期因子和籽粒黄酮含量因子。基于所调查性状表型值的聚类分析发现,在三个环境中共筛选出8份是高籽粒黄酮含量苦荞种质,26份是高籽粒产量苦荞种质,这34份苦荞种质可用于高产优质苦荞培育的推荐材料。3.苦荞种质SSR标记遗传多样性分析利用59对目标条带清晰、多态性好的SSR引物分析了230份苦荞种质的基因型,共扩增出254个等位基因,平均每个SSR位点4.31个等位基因,2.72个有效等位基因;香农指数的均值为1.05,范围为0.042.09;固定系数的均值为0.02,范围为-0.740.73;引物多态性信息量的均值为0.51,范围为0.020.85,表明这个群体具有广泛的遗传变异。230份苦荞种质资源的遗传相似系数介于0.1020.983之间,当遗传相似系数为0.650时,供试的230份苦荞种质被分为4个类群,种质之间有复杂的遗传关系。主坐标分析表明,这59对SSR引物能够有效区分供试苦荞种质。4.苦荞种质群体结构和LD的分析在230份苦荞种质中,总共检测到764对SSR位点（44.65%）存在显着的LD。该群体的2个亚群中（POP1和POP2）存在显着LD的位点分别占1.40%和12.45%,远远少于在全体材料检测到的数目,表明该群体可以用于关联分析。对于全体苦荞材料,所有SSR位点对之间的连锁不平衡系数（r2）在00.984之间,平均值为0.128,表明本文供试苦荞种质的LD范围相对较小。5.SSR标记与苦荞籽粒黄酮含量及产量性状的关联分析在三个环境中,共检测到37个SSR标记与调查性状显着关联。其中有13个SSR标记不仅能够在两个或者两个以上环境中被重复检测到,而且能够同时与两个或者多个性状存在显着关联,分别为TatG-110、TatG-172、TatG-210、TatG-185、TatG-212、TatG-101、TatG-057、TatG-032、TatG-250、TatG-027、TatG-206、TatG-015、FtgGK-67。因此,后续可进一步验证这13个标记与性状的关联性,以用于分子标记辅助育种。
唐如玉[7]（2020）在《中国不同稻作区和不同年代水稻种质资源遗传多样性分析》文中进行了进一步梳理水稻种质资源遗传背景和遗传多样性的鉴定是开展水稻遗传育种研究的前提,开展我国不同稻作区、不同省份、不同年代水稻种质资源的遗传多样性、遗传分化及亲缘关系的研究,将对水稻育种亲本材料的选择和新品种培育具有重要指导意义。为探究中国水稻种质资源遗传多样性的地理分布特点及其近几十年的变化趋势,本研究利用分布于水稻12条染色体上的36个SSR标记,对4860份来自中国6个稻作区和国外引进的水稻资源（其中育成品种1610个）进行了遗传多样性、群体结构、群体遗传分化与亲缘关系等方面的分析,其主要研究结果如下:1、在4860份水稻资源中共检测到2011个等位变异,每个位点19～141个,平均55.861个,平均每位点的主要等位基因频率、基因多样性指数、观测杂合率和多态信息含量分别为0.266、0.855、0.111和0.840。2、水稻资源遗传多样性的地理分布特征表现为西南稻作区的籼稻和粳稻、华南稻作区籼稻选育品种（品系）及华北稻作区粳稻地方品种的遗传多样性较高,而西北稻作区粳稻选育品种（品系）的遗传多样性较低,其余稻作区水稻的遗传多样性处于中等水平。云南省的水稻资源较其他省份具有最丰富的遗传多样性。3、水稻品种遗传多样性近几十年的变化趋势为20世纪80年代前育成的水稻品种遗传多样性较低,而20世纪80年代至21世纪00年代育成水稻品种的遗传多样性显着提高,到21世纪10年代水稻遗传多样性有所下降。随着年代的发展,各年代育成品种特有等位总体趋于增加。4、群体结构及主成分分析显示,水稻资源有明显的籼粳分化,籼稻遗传背景多样化,而粳稻族系组成较纯合、遗传背景较单一。南、北方粳稻遗传背景相差较大、分化明显,南方粳稻的遗传背景更丰富,而北方粳稻遗传组成较单一。以上结果表明不同稻作区籼稻基因交流较频繁、遗传组成较复杂,而粳稻的遗传结构、遗传背景则相对单一。5、分子方差分析表明,遗传差异主要来源于稻作区内和年代内,群体内变异百分高低比与群体大小呈正相关（P<0.05）。6、遗传分化分析显示,不同稻作区籼稻群体间的遗传距离较小、遗传分化较低,地方品种与选育品种（品系）的分化不明显;而不同稻作区粳稻群体间的遗传距离较大、遗传分化较高,同一省份粳稻地方品种与选育品种（品系）差异较明显,不同省份粳稻地方品种间的遗传差异也较大。籼稻群中,南方（华南、西南、长江中下游）各稻作区及引进籼稻的遗传分化值较小、亲缘关系较近,而华北稻作区籼稻与南方各稻作区及国外引进籼稻的亲缘关系则较远。粳稻群中,北方（华北、西北、东北）各稻作区粳稻的亲缘关系较近,从日本引进的粳稻与东北稻作区粳稻的亲缘关系较近,而南方各稻作区间、南方各稻作区与北方各稻作区和引进粳稻间的亲缘关系均较远。聚类分析显示,广西的籼稻地方品种、贵州的籼稻地方品种、河南的籼稻选育品种（品系）以及上海、新疆的粳稻地方品种遗传背景较独特,单独聚为一类。以上结果表明水稻的亲缘关系与资源类型和地理位置均相关。7、新育成品种与古老育成品种的亲缘关系较远,不同年代育成的籼稻群和粳稻群均表现为20世纪80年代前育成的品种与20世纪80年代后育成品种的亲缘关系较远,其中20世纪80年代前育成的品种和21世纪10年代育成的品种的遗传分化最大。籼稻群中,2000年前育成的品种不同年代间差异不显着,2000年后育成的品种不同年代间差异显着;粳稻群中,除20世纪80年代与90年代育成品种的遗传分化不显着外,其余每两个年代间的差异均显着。
郭艳春[8]（2020）在《黄麻炭疽菌代表性菌株分离鉴定及应用核心种质的构建》文中指出黄麻,为锦葵科（Malvaceae）黄麻属（Corchorus）一年生草本植物,是世界上最重要的韧皮部纤维作物之一。炭疽病会严重影响黄麻纤维的产量和品质,明确炭疽病病原菌致病力并构建一批优异的应用核心种质是促进黄麻遗传育种、挖掘优异基因和提高生产利用的必要途径。本研究对中国黄麻主产区采集得到的黄麻炭疽病病原菌样本进行分离鉴定和致病力测定;对黄麻抗病种质资源进行了抗性评价,并构建了一批黄麻应用核心种质;最后通过SSR荧光标记毛细管电泳技术构建了黄麻应用核心种质的DNA分子身份证。主要结果如下:1.在实验室前期分离鉴定我国黄麻主产区炭疽病病原菌92个菌株的基础上,进一步分离纯化,结合形态学特征鉴定,从中选取11个代表性病原菌菌株,对r DNA-ITS和LSU区域进行基因序列分析。系统进化树显示,菌株ZZ4、GX19等10个菌株为胶胞炭疽菌（Colletotrichum gloeosporioides）,菌株CS3为黑线炭疽菌（Colletotrichum dematium）。从分子水平上证实中国黄麻主产区近年炭疽病发生的病原菌类型主要有胶孢炭疽菌和黑线炭疽菌。2.为了明确这11个代表性炭疽病病原菌的致病力,以福黄麻3号和福农5号为材料,分别在福州市和三明市两地进行人工接种的致病力测定。根据病斑大小,可将炭疽菌11个代表性菌株的致病力划分为强、中、弱3个类型。其中,菌株GX19的致病力较强,在福州地区病斑大小分别为11.70±2.79 mm、16.40±5.82 mm,在三明地区病斑大小分别为13.00±1.56 mm、13.40±2.32 mm。而黑线炭疽菌菌株CS3在福州和三明两地的病斑较小,说明胶孢炭疽菌和黑线炭疽菌间致病力也存在差异,黑线炭疽菌的致病力可能比胶孢炭疽菌弱。3.利用强致病力菌株GX19对300份黄麻种质资源进行抗性鉴定,可划分为高抗、抗、中抗、中感、感和高感6个类型。其中爱店野生种、巴麻72-1、广巴矮等40份种质表现为高抗,占总数的13.33%。在300份黄麻种质资源的2016-2018年农艺性状统计基础上,结合2019年对农艺性状进一步鉴定和抗性种质的筛选,本研究筛选出纤维产量高、纤维品质好、抗逆、生育期适宜、适宜机械化等优异的应用核心种质,加上4份骨干亲本,按特性可分为16个应用型,剔除不同组内同一种质,共58份品种。构建的黄麻应用核心种质可促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因。4.为了便于黄麻应用核心种质的鉴定、保护和智能化管理,本研究采用SSR荧光标记毛细管电泳技术分析了12对荧光核心引物的多态性,共检测出140个多态性位点。将毛细管电泳得到的分子量数据以数字+英文字母方式编码,选取12对荧光核心引物的组合,成功构建出58份应用核心种质的字符串、条形码和二维码等三种形式的DNA分子身份证。以上结果可为促进黄麻种质资源的高效利用及快速分子鉴定提供科学依据。
刘金鑫[9]（2020）在《黑龙江省水稻立枯病菌的种群结构及遗传多样性分析》文中提出水稻是世界上最重要粮食作物之一。水稻栽培中经常遭受多种病原菌侵染为害如水稻立枯病,严重影响了水稻秧苗的生产。作为我国东北地区水稻重要产区,黑龙江省由于特殊的寒地冷凉条件导致水稻立枯病成为水稻苗期最严重的病害。有效控制黑龙江省水稻立枯病病害的前提和基础是明确致病菌的种类及分布。因此,本研究从黑龙江省水稻的主栽地区采集水稻立枯病病样,进行分离并鉴定,在此基础上对优势菌株的抗药性以及遗传多样性进行了系统的分析,其结果将对黑龙江省水稻立枯病的防治提供重要理论依据,有针对性地指导田间生产。本文对来自黑龙江省10个水稻主产地区哈尔滨、齐齐哈尔、鸡西、双鸭山、牡丹江、伊春、黑河、佳木斯、绥化和大庆的病样进行了分离和鉴定,共分离获得225株水稻立枯病菌。通过形态学和分子生物学鉴定为9种病原真菌,分别为尖镰孢（Fusarium oxysporum）108株,占比48.0%、轮枝镰孢（F.verticillioides）26株,占比11.6%、三线镰孢（F.tricinctum）18株,占比8.0%、芳香镰孢（F.redolens）15株,占比6.7%、木贼镰孢（F.equiseti）14株,占比6.2%、腐皮镰孢（F.solani）14株,占比6.2%、立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）15株,占比6.7%、链格孢（Alternaria alternata）9株,占比4.0%、缩窄弯孢（Curvularia coatesiae）6株,占比2.6%。其中,尖镰孢为黑龙江省水稻立枯病菌优势种群。此外,链格孢和缩窄弯孢作为水稻立枯病的病原菌在中国东北地区首次被发现。针对黑龙江省水稻立枯病菌优势种群的74株尖镰孢单孢株,开展了致病力及对常用化学药剂多菌灵、咪鲜胺和咯菌腈的室内敏感性测定,结果发现:黑龙江省水稻立枯病菌优势种尖镰孢大多为中等致病力菌株;多菌灵在有效剂量达10μg/m L时,菌株均在中抗以上,无敏感菌株,表明黑龙江省水稻立枯病优势菌株对多菌灵已产生了抗药性,不适合在该地区应用;咪鲜胺的EC50平均值为13.4562μg/m L;咯菌腈的EC50平均值为0.3393μg/m L,远小于咪鲜胺的平均EC50值。也就是说,咪鲜胺和咯菌腈均可抑制水稻立枯病的发生,但咯菌腈更适合在该省作为防治水稻立枯病的有效药剂进行推广。本研究采用SSR标记技术评估了74个黑龙江省不同地理来源的水稻立枯病菌优势种单孢株的遗传多样性,从22对SSR引物中筛选出14对引物进行扩增,以相似系数0.79为界,将来自不同地区的74株尖镰孢群体划分成9个类群。分子方差（AMOVA）分析表明,尖镰孢群体与地理来源、致病力和对多菌灵的敏感性（10μg/m L）之间均存在显着相关性。不同地理来源的种群间存在很大程度的遗传分化（Fsp=0.374）,说明黑龙江省不同地理来源对水稻立枯病优势菌株群体分化有显着影响。
邹剑锋[10]（2020）在《中国南瓜种质资源遗传多样性SSR和InDel标记分析》文中认为南瓜（Cucurbita L.）是一种耐储藏便运输,营养丰富,加工价值高,具有重要经济价值的蔬菜。我国主要种植三个南瓜栽培种,分别是中国南瓜（Cucurbita moschata）,美洲南瓜（Cucurbita pepo）和印度南瓜（Cucurbita maxima）。中国南瓜在我国的种植面积位于三个南瓜栽培种之首。中国南瓜粗生易种,其种类繁多,形态多样,种质资源丰富,但是,至今对中国南瓜开展基于农艺性状、资源来源、遗传多样性研究的系统研究较少。为了系统评价中国南瓜种质资源,以便较好地保存与利用中国南瓜种质资源,本研究通过对208份中国南瓜材料进行基于农艺性状调查以及基于SSR分子标记及InDel分子标记的遗传多样性分析,结果如下:通过对来自世界各地的208份供试材料进行7个主要农艺性状调查,分别是第一雌花节位,第一雄花节位,可溶性固形物含量,果实横径,果实纵径,果实厚度及单果重量,结果表明供试材料变异系数在29.22%57.61%之间,变异系数均值为41.22%,各品种性状差异明显。多样性指数在2.29-2.97之间,供试材料的多样性丰富,差异显着。通过调查的7个农艺性状数据将208份中国南瓜聚类成2个类群,I类群是果型中等偏大,II类群果型中等偏小;主成分分析中发现,三个主效因子的方差贡献率分别为36.28%、24.71%和15.80%,累计值为76.79%,基本概括7个农艺性状的主要信息,将供试中国南瓜划为2类,与聚类结果相关性显着。综合两种分析结果来看,在208份供试材料农艺性状聚类中,I-I亚群中B小类的20个品种,果形较大,可溶性固形物含量高;II-I亚群中的8个品种,果形大小适中,可溶性固形物含量高。对课题组前期开发的SSR标记以及InDel标记进行筛选,共得到19对SSR引物和6对InDel引物具有较好的多态性。其中19对SSR引物共扩增出79条清晰可重复的条带,多态性条带为65条,多态百分率为82.28%;6对InDel引物共扩增出24条稳定、清晰的条带,多态性条带为22条,多态百分率为91.67%。基于SSR标记与InDel标记聚类分析中,SSR标记能够较为准确地将208份供试材料进行分类,在遗传系数为0.683,将供试材料分为2大类群,I类群和II类群,I类群又根据遗传差异,在遗传系数为0.718处分为两大亚群,I-I和I-II亚群,其中在I-II亚群中,分为了5个小类。来源地为广东、泰国的蜜本南瓜被聚类为一小类,来自陕西、山西一带的蜜本南瓜被聚为一个小类,南方的果形为扁圆形被聚为一个小类,国内外的果形较小的一类南瓜被聚类到了一起以及类狗腿型的南瓜也被归类到一个小类,共5个小类。整个聚类结果与来源地和果形差异密切相关,聚类效果好。基于InDel标记的聚类结果及综合两种标记的聚类结果仅能将绝大部分供试材料关于来源地进行聚类,仍有部分材料未能区分开,其中关于蜜本南瓜的聚类与SSR标记聚类结果相近,互相印证。最后通过Mantel检验,结合SSR和InDel标记两种聚类结果关联性较高,说明两种方法的聚类结果较为一致,相关性显着。
二、SSR标记及其在水稻分子生物学研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、SSR标记及其在水稻分子生物学研究中的应用（论文提纲范文）
（1）江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 DNA分子标记发展 |
| 1.2 SSR标记及检测技术 |
| 1.3 SNP标记及检测技术 |
| 1.3.1 SNP标记 |
| 1.3.2 SNP标记检测技术 |
| 1.3.3 几种SNP标记检测技术比较 |
| 1.4 DNA分子标记技术的应用 |
| 1.4.1 DNA指纹图谱构建及品种鉴定 |
| 1.4.2 水稻重要性状基因定位 |
| 1.4.3 作物遗传改良中的应用 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 水稻材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 水稻总DNA提取 |
| 2.2.2 KASP标记开发 |
| 2.2.3 KASP标记多态性验证 |
| 2.2.4 PCR、酶切及凝胶电泳检测 |
| 2.2.5 农艺性状调查 |
| 2.2.6 咪唑乙烟酸除草剂处理 |
| 2.2.7 统计分析 |
| 第3章 结果与分析 |
| 3.1 江苏粳稻品种间候选SNP位点筛选 |
| 3.2 江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发 |
| 3.3 KASP标记在不同区域或类型品种间的多态性分析 |
| 3.4 KASP标记在江苏粳稻品种鉴定中的应用 |
| 3.5 江苏粳稻品种间的遗传多样性分析 |
| 3.6 国内外不同区域种质资源主要农艺表型分析 |
| 3.7 收集的530份品种资源间的遗传相似性初步分析 |
| 3.8 抗稻瘟病基因Pid3的功能性KASP标记开发 |
| 3.9 金粳818中抗除草剂基因功能性KASP标记开发 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 KASP标记在水稻品种鉴定中具有更广泛的应用前景 |
| 4.2 江苏粳稻品种间高多态性的KASP标记开发 |
| 4.3 KASP标记指纹在粳稻品种鉴定中的应用及多样性分析 |
| 4.4 基因功能标记在品种鉴定中的应用 |
| 参考文献 |
| 附录一: 研究中涉及到的530份种质资源信息 |
| 附录二: 从3k品种序列中筛选SNP位点的R语言程序代码 |
| 附表三: 水稻3K品种中涉及的78份中国粳稻品种名 |
| 附录四: 江苏近年审定推广的141个粳稻品种在76个KASP标记位点的DNA指纹 |
| 附录五: 在76个KASP标记指纹检测中差异位点数在1-4个的9对品种信息及差异的标记位点 |
| 附录六: 在60个SSR标记指纹检测中差异位点数在1-4个的6对品种信息及差异的标记位点 |
| 附录七: 基于76个KASP标记指纹的141份品种的遗传相似系数 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（2）真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小麦条锈病与白粉病 |
| 1.1.1 小麦抗条锈病基因和抗白粉病基因的研究 |
| 1.1.2 小麦抗条锈病和白粉病的其他研究 |
| 1.2 植物NAC转录因子 |
| 1.2.1 植物NAC转录因子简介 |
| 1.2.2 植物激素参与的NAC转录因子调控 |
| 1.2.3 NAC转录因子的调控作用 |
| 1.2.4 小麦NAC转录因子(TaNAC)的研究现状 |
| 1.3 植物中的杂种衰亡 |
| 1.3.1 植物中杂种衰亡的简介 |
| 1.3.2 杂种衰亡的可能原因和调控机制 |
| 1.3.3 远缘杂交与基因互作 |
| 1.3.4 小麦中的杂种衰亡 |
| 1.4 分子标记开发及多组学研究方法 |
| 1.4.1 分子标记技术的发展与分子标记开发 |
| 1.4.2 多组学研究方法 |
| 1.5 研究方案 |
| 1.5.1 选题目的及意义 |
| 1.5.2 研究内容和方案 |
| 1.5.3 技术路线 |
| 第二章 TaNAC TFs参与调节小麦对白粉病和条锈病的抗性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 植物材料和处理 |
| 2.2.2 RNA提取与基因克隆 |
| 2.2.3 筛选真菌胁迫响应相关的TaNAC基因 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR分析 |
| 2.2.5 普通小麦NAC转录因子基因家族重鉴定和序列分析 |
| 2.2.6 TaNAC转录因子的系统进化及蛋白序列特征分析 |
| 2.2.7 基因及其编码产物的序列结构、理化性质等生物信息学分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基于IWGSC Ref Seq v1.1 对小麦NAC转录因子基因家族重鉴定 |
| 2.3.2 基于转录组数据筛选并分析真菌胁迫响应的TaNAC基因 |
| 2.3.3 从真菌胁迫后的N9134 中克隆TaNAC基因并重命名新转录本 |
| 2.3.4 获得的TaNAC转录本及其编码产物的序列结构、理化性质等分析 |
| 2.3.5 白粉菌和条锈菌侵染下小麦TaNAC基因的表达分析 |
| 2.3.6 真菌胁迫下N9134中TaNAC转录本的结构变体 |
| 2.3.7 真菌胁迫下差异表达TaNAC转录因子的结构特征分析 |
| 2.3.8 TaNAC膜结合转录因子(Membrane-bound TFs,MTFs)的比较分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 时空特异表达和可变剪切表明:TaNAC转录本可进一步丰富和完善 |
| 2.4.2 小规模复制或删除事件有助于丰富TaNAC基因及其转录本序列结构变异的多样性 |
| 2.4.3 膜结合TaNAC通过形成不同结构变体的调控方式发挥不同的功能 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 TaNAC基因基于可变剪切和miRNA的转录后调控参与真菌胁迫响应 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料和处理 |
| 3.2.2 RNA提取与基因克隆 |
| 3.2.3 实时荧光定量PCR分析TaNAC结构变异转录本差异表达 |
| 3.2.4 洋葱表皮细胞瞬时表达分析亚细胞定位 |
| 3.2.5 转录调控活性分析 |
| 3.2.6 生物信息学分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 一对TaNAC可变剪切结构变异转录本在白粉菌胁迫下的表达分析 |
| 3.3.2 克隆得到TaNAC可变剪切转录本的序列结构分析 |
| 3.3.3 TaNAC结构变异转录本编码产物的结构特征和理化性质分析 |
| 3.3.4 TaNAC可变剪切结构变异转录本编码产物的高级结构分析 |
| 3.3.5 比对分析TaNAC结构变异转录本的亚细胞定位 |
| 3.3.6 比较分析TaNAC结构变异转录本的转录调控活性 |
| 3.3.7 结合于小麦TaNAC基因编码区的mi RNA的预测分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 TaNAC基因可以通过可变剪切的转录后调控方式参与胁迫响应 |
| 3.4.2 TaNAC基因可变剪切和mi RNA耦联的转录后调控 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 小麦杂种衰亡调控基因的精细定位及其在我国的分布与演化 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 植物材料 |
| 4.2.2 等位性测验 |
| 4.2.3 表型调查和数据分析 |
| 4.2.4 取样和提取基因组DNA |
| 4.2.5 分子标记的筛选和开发 |
| 4.2.6 绘制遗传图谱 |
| 4.2.7 杂种衰亡相关小麦材料的系谱分析和基因型检测 |
| 4.2.8 荧光原位杂交(FISH) |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 分析验证本研究冬小麦群体中存在的杂种衰亡 |
| 4.3.2 中度和重度杂种衰亡系统中也存在Ne基因的剂量效应 |
| 4.3.3 杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的复等位基因确实分别存在不同 |
| 4.3.4 构建冬小麦杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的高密度遗传图谱 |
| 4.3.5 杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 在中国各麦区离散的分布特征 |
| 4.3.6 N9134 和周麦22 中杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的来源 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 F_1 与亲本的千粒重百分比更适合为杂种衰亡分级标准之一 |
| 4.4.2 遗传背景应该是杂种衰亡表型差异的另一个影响因素 |
| 4.4.3 普通小麦的Ne1 和Ne2 可能分别直接源于野生二粒小麦和黑麦 |
| 4.4.4 N9134 的Ne1 和周麦22 的Ne2 可能是杂种衰亡调控新基因 |
| 4.4.5 引进品种直接影响中国现代品种杂种衰亡基因频率(尤其Ne2) |
| 4.4.6 导致杂种衰亡的基因位点也可以对小麦育种起积极作用 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 小麦杂种衰亡调控机制的多组学分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 多组学分析的植物材料 |
| 5.2.2 基于BSA的转录组测序(BSR) |
| 5.2.3 基于PacBio三代平台的全长转录组测序 |
| 5.2.4 iTRAQ定量蛋白质组测序 |
| 5.2.5 广泛靶向代谢组分析 |
| 5.2.6 多组学联合分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 小麦杂种衰亡的BSR分析 |
| 5.3.2 小麦杂种衰亡的全长转录组分析 |
| 5.3.3 小麦杂种衰亡的定量蛋白质组学分析 |
| 5.3.4 小麦杂种衰亡的代谢组学分析 |
| 5.3.5 基于转录组、蛋白质组和代谢组的多组学联合分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 各组学分析结果及多组学联合分析结果的问题与不足 |
| 5.4.2 小麦中杂种衰亡、真菌病害抗性、TaNAC转录因子三者的关系 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 全文总结 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 主要创新点 |
| 6.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 附文 |
| 附录B 附表 |
| 附录C 附图 |
| 致谢 |
| 博士毕业有感 |
| 作者简介 |
（3）基于SSR标记的藜麦种质资源遗传多样性分析和性状关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 藜麦概述 |
| 1.1.1 藜麦的起源与驯化 |
| 1.1.2 藜麦的表型性状 |
| 1.1.3 藜麦的品质性状及功能成分 |
| 1.1.4 藜麦种质资源遗传多样性的研究 |
| 1.2 SSR分子标记 |
| 1.2.1 SSR分子标记概述 |
| 1.2.2 SSR标记的产生 |
| 1.2.3 SSR标记的原理及特点 |
| 1.2.4 SSR标记在植物研究方面的应用 |
| 1.3 关联分析 |
| 1.3.1 关联分析概述 |
| 1.3.2 关联分析理论基础 |
| 1.3.3 关联分析方法 |
| 1.3.4 SSR标记的关联分析在植物研究中的应用 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 2 藜麦种质资源形态学标记分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 供试材料 |
| 2.2.2 实验仪器与试剂 |
| 2.2.3 实验设计 |
| 2.2.4 表型性状数据采集 |
| 2.2.5 品质性状测定 |
| 2.2.6 数据统计分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 性状遗传变异分析 |
| 2.3.2 性状相关性分析 |
| 2.3.3 性状主成分分析 |
| 2.3.4 形态学标记聚类分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 藜麦种质资源SSR标记分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 供试材料 |
| 3.2.2 实验仪器与试剂 |
| 3.2.3 DNA提取 |
| 3.2.4 引物的筛选 |
| 3.2.5 荧光SSR标记和毛细管电泳 |
| 3.2.6 数据统计分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 SSR多态性分析 |
| 3.3.2 SSR标记聚类分析 |
| 3.3.3 藜麦种质群体结构分析 |
| 3.3.4 藜麦种质主成分分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 3.4.1 SSR多态性 |
| 3.4.2 SSR标记聚类分析 |
| 3.4.3 藜麦种质群体结构分析 |
| 3.4.4 藜麦种质主成分分析 |
| 3.4.5 形态学标记和SSR标记聚类差异 |
| 4 藜麦种质资源性状关联分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 供试材料 |
| 4.2.2 关联分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 连锁不平衡分析 |
| 4.3.2 关联分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表论文及科研成果 |
| 致谢 |
（4）利用关联作图解析紫斑牡丹产量相关性状的等位遗传变异（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 引言 |
| 1.1 产量相关性状的研究 |
| 1.1.1 作物产量相关性状的研究 |
| 1.1.2 牡丹产量相关性状的研究 |
| 1.2 SSR标记在作物中的研究应用 |
| 1.3 产量相关的转录调控因子及SSR标记的研究 |
| 1.3.1 作物产量相关的转录调控因子研究 |
| 1.3.2 作物中产量相关的SSR标记的研究 |
| 1.3.3 牡丹中与产量相关的SSR标记的研究 |
| 1.3.4 利用转录组测序数据库鉴定作物内EST-SSR标记 |
| 1.4 关联作图及其在牡丹遗传育种中的应用 |
| 1.4.1 关联作图的内涵及影响因素 |
| 1.4.2 关联作图的优势和策略 |
| 1.4.3 关联作图在作物中的应用现状 |
| 1.4.4 关联作图在作物产量研究中的应用 |
| 1.4.5 关联作图在牡丹遗传育种中的应用 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 本研究的主要内容和技术路线 |
| 2 紫斑牡丹群体产量相关性状的表型分析 |
| 2.1 材料及方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 性状测定 |
| 2.1.3 数据统计方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 紫斑牡丹群体数量性状表型变异分析 |
| 2.2.2 紫斑牡丹群体数量性状的相关性分析 |
| 2.2.3 紫斑牡丹群体数量性状的主成分分析 |
| 2.2.4 紫斑牡丹群体数量性状的聚类分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 紫斑牡丹群体的数量性状特点和分布类型 |
| 2.3.2 紫斑牡丹群体数量性状变异分析方法 |
| 2.3.3 紫斑牡丹高产性状的选育 |
| 2.4 小结 |
| 3 紫斑牡丹产量相关转录因子内SSR标记的开发及高效性评价 |
| 3.1 材料及方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 基因组DNA的提取和检测 |
| 3.1.3 EST-SSR标记的查找、引物设计、有效性和多态性筛选 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 数据分析 |
| 3.2.2 EST-SSR标记的有效性、多态性筛选及功能注释 |
| 3.2.3 EST-SSR标记的多态性及通用性检测 |
| 3.2.4 EST-SSR标记的有效性检测 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 基于两代转录组测序技术开发EST-SSR标记 |
| 3.3.2 EST内 SSR标记的重复类型 |
| 3.3.3 EST内 SSR标记的有效性和多态性 |
| 3.3.4 EST-SSR标记对芍药属种质遗传关系的评价 |
| 3.4 小结 |
| 4 紫斑牡丹关联群体遗传多样性和群体结构分析 |
| 4.1 材料及方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 数据统计分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 群体遗传多样性分析 |
| 4.2.2 群体遗传结构分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 紫斑牡丹群体遗传多样性评价 |
| 4.3.2 紫斑牡丹群体遗传结构分析 |
| 4.4 小结 |
| 5 紫斑牡丹产量相关性状及其与EST-SSR标记的关联作图 |
| 5.1 材料及方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 关联群体表型性状测定 |
| 5.1.3 基因组DNA提取、EST-SSR标记筛选和基因型分型 |
| 5.1.4 数据统计分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 连锁不平衡分析 |
| 5.2.2 紫斑牡丹产量相关的花部性状的单标记关联作图 |
| 5.2.3 紫斑牡丹产量相关枝叶性状的单标记关联作图 |
| 5.2.4 紫斑牡丹产量相关的果实性状的单标记关联作图 |
| 5.2.5 与紫斑牡丹果实性状显着相关的EST-SSR标记 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 木本植物的连锁不平衡水平 |
| 5.3.2 利用关联作图确定功能性等位变异 |
| 5.3.3 调控紫斑牡丹产量性状的AP2基因家族 |
| 5.3.4 调控紫斑牡丹产量性状的MYB类转录因子 |
| 5.4 小结 |
| 6 关联群体显着关联位点在连锁群体中的验证 |
| 6.1 材料及方法 |
| 6.1.1 试验材料 |
| 6.1.2 群体表型性状测定 |
| 6.1.3 基因组DNA提取、SSR标记筛选和基因型分型 |
| 6.1.4 数据统计分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 7 结论与展望 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 存在问题及展望 |
| 7.3 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录 |
| 致谢 |
（5）引进啤酒花种质资源评价及苦味酸生物合成分子机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 啤酒花生物学特征 |
| 1.1.1 系统分类 |
| 1.1.2 生物学特性 |
| 1.1.3 种质资源分布 |
| 1.1.4 有效化学成分 |
| 1.2 分子标记技术与啤酒花遗传多样性研究进展 |
| 1.2.1 生物遗传多样性的概念 |
| 1.2.2 分子标记技术 |
| 1.2.3 啤酒花遗传多样性研究 |
| 1.3 啤酒花种质资源离体保存及组织培养 |
| 1.3.1 种质资源离体保存 |
| 1.3.2 植物组织培养发展历程 |
| 1.3.3 啤酒花组织培养研究 |
| 1.4 转录组学、蛋白组学研究及其应用 |
| 1.4.1 转录组学研究 |
| 1.4.2 蛋白组学研究 |
| 1.5 研究目的与技术路线 |
| 1.5.1 研究目的 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 第二章 384份啤酒花遗传多样性分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要设备和仪器 |
| 2.1.3 DNA制备 |
| 2.1.4 SSR分析 |
| 2.1.5 数据统计与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 SSR引物多态性分析 |
| 2.2.2 聚类分析 |
| 2.2.3 群体遗传结构分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 遗传多样性分析 |
| 2.3.2 群体结构分析 |
| 2.4 结论 |
| 第三章 啤酒花表型特征与品质性状分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验地概况 |
| 3.1.3 农艺性状测定 |
| 3.1.4 品质性状测量 |
| 3.1.5 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 啤酒花不同材料的性状特征 |
| 3.2.2 农艺性状和品质性状间相关性分析 |
| 3.2.3 啤酒花品质构成因子分析 |
| 3.2.4 聚类分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 啤酒花绿枝扦插和不同外植体筛选及再生体系构建 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验仪器和药品 |
| 4.1.3 啤酒花扦插移栽及生理指标测定 |
| 4.1.4 啤酒花不同外植体愈伤组织的诱导 |
| 4.1.5 不定芽的诱导 |
| 4.1.6 生根培养与炼苗 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 高生根率材料筛选 |
| 4.2.2 不同培养体系对啤酒花PJ274扦插枝条发芽率的影响 |
| 4.2.3 不同培养体系对啤酒花PJ274扦插枝条根系生长的影响 |
| 4.2.4 各培养体系下啤酒花PJ274生理指标变化 |
| 4.2.5 不同碳源对PJ274外植体愈伤组织诱导的影响 |
| 4.2.6 不同激素配比对PJ274不同外植体愈伤组织诱导的影响 |
| 4.2.7 啤酒花PJ274腋芽诱导愈伤组织激素配比优化 |
| 4.2.8 不同激素配比对啤酒花PJ274腋芽愈伤不定芽分化的影响 |
| 4.2.9 不同激素配比对啤酒花PJ274不定芽生根的影响 |
| 4.2.10 试管苗移栽炼苗 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 结论 |
| 第五章 啤酒花苦味酸生物合成过程的转录组学分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 RNA提取及cDNA文库构建 |
| 5.1.2 转录组测序 |
| 5.1.3 unigene功能注释和编码区预测 |
| 5.1.4 unigene的 TF编码能力预测和SSR检测 |
| 5.1.5 unigene表达量计算及差异表达基因检测 |
| 5.1.6 差异表达基因的qRT-PCR分析 |
| 5.2 结果分析 |
| 5.2.1 转录本de novo组装和BGISEQ-500 测序质量评估 |
| 5.2.2 unigene功能注释分析 |
| 5.2.3 花序成熟过程中差异表达基因分析 |
| 5.2.4 qRT-PCR对差异表达基因的验证结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 BGI-500 RNA-Seq为啤酒花研究提供了新的转录组数据 |
| 5.3.2 啤酒花花序成熟过程中生物学变化特征分析 |
| 5.3.3 苦味酸代谢相关基因表达特征分析 |
| 5.4 结论 |
| 第六章 基于蛋白质组学分析的啤酒花苦味酸生物合成途径研究 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 蛋白质提取及iTRAQ标记 |
| 6.1.2 蛋白酶解、肽段标记和LC-ESI-MS/MS分析 |
| 6.1.3 蛋白质鉴定、定量及生物信息学分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 啤酒花雌花样品中蛋白质的鉴定 |
| 6.2.2 样品间差异表达蛋白分析 |
| 6.2.3 差异表达蛋白功能分类 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 萜类化合物生物合成途径 |
| 6.3.2 异戊烯基特异代谢途径 |
| 6.3.3 与转运相关的蛋白质 |
| 6.4 结论 |
| 全文结论 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文和研究成果等 |
（6）苦荞种质资源产量性状和籽粒黄酮含量与SSR标记的关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 文献综述 |
| 1.1 苦荞的研究价值 |
| 1.2 苦荞种质资源收集现状 |
| 1.3 苦荞籽粒黄酮类化合物的理化分析 |
| 1.3.1 黄酮类化合物的提取方法 |
| 1.3.1.1 常规方法 |
| 1.3.1.2 组合法 |
| 1.3.1.3 特殊设备法 |
| 1.3.2 苦荞籽粒黄酮化合物含量的变异分析 |
| 1.3.3 苦荞籽粒黄酮化合物的遗传多样性研究 |
| 1.4 苦荞种质资源产量和品质性状的研究进展 |
| 1.4.1 产量相关性状的研究 |
| 1.4.2 籽粒黄酮含量与农艺性状的相关性研究 |
| 1.5 DNA分子标记对苦荞种质遗传相似性的评价 |
| 1.5.1 RAPD分子标记技术 |
| 1.5.2 ISSR分子标记技术 |
| 1.5.3 AFLP分子标记技术 |
| 1.5.4 SSR分子标记技术 |
| 1.6 植物数量性状关联分析的研究进展 |
| 1.6.1 关联分析的概述 |
| 1.6.2 连锁不平衡的度量 |
| 1.6.3 影响连锁不平衡(LD)的因素 |
| 1.6.4 关联分析的一般步骤 |
| 1.6.4.1 关联分析群体的选择 |
| 1.6.4.2 群体结构的估测 |
| 1.6.4.3 表型数据的考察 |
| 1.6.4.4 关联分析方法的选择 |
| 1.6.5 关联分析在植物中的应用 |
| 1.6.5.1 关联分析在玉米中的研究进展 |
| 1.6.5.2 关联分析在水稻中的研究进展 |
| 1.6.5.3 关联分析在大豆中的研究进展 |
| 1.6.5.4 关联分析在油菜中的研究进展 |
| 1.6.5.5 关联分析在其他植物中的研究进展 |
| 1.7 本研究的意义、目的、内容和技术路线 |
| 1.7.1 本研究的意义和目的 |
| 1.7.2 研究内容 |
| 1.7.3 本研究的技术路线 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 主要试验仪器及药品 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 试验设计 |
| 2.3.2 苦荞种质资源产量相关性状的考察 |
| 2.3.3 苦荞种质籽粒黄酮含量的测定 |
| 2.3.3.1 籽粒总黄酮的提取 |
| 2.3.3.2 芦丁标准溶液配制 |
| 2.3.3.3 总黄酮含量的测定 |
| 2.3.4 苦荞种质资源SSR分子标记分析 |
| 2.3.4.1 DNA的提取及纯度和浓度的检测 |
| 2.3.4.2 SSR引物来源 |
| 2.3.4.3 引物筛选 |
| 2.3.4.4 琼脂糖凝胶电泳检测PCR反应扩增产物 |
| 2.3.4.5 SSR分子标记多态性检测 |
| 2.3.5 数据分析 |
| 2.3.5.1 苦荞种质SSR标记的遗传多样性分析 |
| 2.3.5.2 苦荞种质资源群体结构的分析 |
| 2.3.5.3 苦荞种质表型性状与SSR分子标记的关联分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 苦荞种质籽粒黄酮含量和产量性状的变异分析 |
| 3.1.1 环境和基因型对苦荞种质各性状的影响 |
| 3.1.2 不同类型苦荞种质各性状的差异分析 |
| 3.1.3 不同粒色苦荞种质各性状的差异分析 |
| 3.2 苦荞种质籽粒黄酮含量与产量相关性状的相关性分析 |
| 3.3 苦荞种质资源籽粒黄酮含量与产量性状的主成分分析 |
| 3.4 苦荞种质籽粒总黄酮含量与产量相关性状的聚类分析 |
| 3.5 苦荞种质SSR标记遗传多样性 |
| 3.5.1 SSR标记的遗传多样性分析 |
| 3.5.2 SSR分子标记的遗传多样性分析 |
| 3.5.3 SSR标记对苦荞种质的聚类分析 |
| 3.5.4 苦荞种质的主坐标分析 |
| 3.6 苦荞种质籽粒黄酮含量和产量相关性状的关联分析 |
| 3.6.1 苦荞种质群体结构分析 |
| 3.6.2 苦荞种质的LD分析 |
| 3.6.3 苦荞种质各性状与SSR标记的关联分析 |
| 3.6.4 关联SSR标记的基因功能分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 苦荞种质籽粒黄酮含量的变异及影响因素 |
| 4.2 苦荞籽粒产量的变异及影响因素 |
| 4.3 苦荞高籽粒黄酮含量和高产优异种质的筛选 |
| 4.4 苦荞种质SSR标记遗传多样性丰富 |
| 4.5 苦荞种质的遗传差异较大 |
| 4.6 苦荞种质资源连锁不平衡及群体结构的评价 |
| 4.7 SSR标记与籽粒黄酮含量和产量性状的关联分析 |
| 5 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.1.1 籽粒黄酮含量与籽粒产量性状分析 |
| 5.1.2 苦荞种质SSR标记多样性分析 |
| 5.1.3 苦荞种质籽粒黄酮含量与产量性状的关联分析 |
| 5.2 本研究的创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 硕士学位期间主要研究成果 |
| 项目经费支持 |
（7）中国不同稻作区和不同年代水稻种质资源遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 引言 |
| 1.1 水稻种质资源概况 |
| 1.2 遗传多样性的含义 |
| 1.3 遗传多样性的检测方法 |
| 1.3.1 形态学标记 |
| 1.3.2 细胞学标记 |
| 1.3.3 生化标记 |
| 1.3.4 分子标记 |
| 1.4 水稻种质资源遗传多样性的影响因素 |
| 1.5 水稻种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.5.1 不同地区水稻种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.5.2 不同年代水稻种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 试验设计 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 DNA提取与SSR引物筛选 |
| 2.3.2 PCR扩增与毛细管电泳 |
| 2.3.3 主要试剂、仪器及耗材 |
| 2.4 数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 不同来源不同年代水稻遗传多样性分析 |
| 3.1.1 SSR标记多态性分析 |
| 3.1.2 中国不同稻作区水稻资源遗传多样性分析 |
| 3.1.3 中国不同省份水稻资源遗传多样性分析 |
| 3.1.4 不同年代育成品种遗传多样性的变化趋势 |
| 3.2 不同稻作区不同类型水稻遗传结构分析 |
| 3.2.1 基于数学模型的群体结构划分 |
| 3.2.2 基于Nei's遗传距离的群体结构 |
| 3.3 不同来源不同年代水稻遗传分化与亲缘关系 |
| 3.3.1 中国不同稻作区水稻资源的遗传分化与亲缘关系 |
| 3.3.2 中国不同省份不同类型水稻的遗传分化与亲缘关系 |
| 3.3.3 不同年代水稻选育品种的遗传分化与亲缘关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 中国不同稻作区不同类型水稻遗传多样性差异 |
| 4.2 不同年代水稻选育品种遗传多样性差异及遗传分化 |
| 4.3 不同来源不同类型水稻资源的遗传结构及遗传分化 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B:作者攻读硕士学位期间发表论文及科研情况 |
| 致谢 |
（8）黄麻炭疽菌代表性菌株分离鉴定及应用核心种质的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 文献综述 |
| 1.1 黄麻概述 |
| 1.2 黄麻炭疽病研究概况 |
| 1.2.1 黄麻的主要病害 |
| 1.2.2 黄麻炭疽病的发病特征 |
| 1.2.3 黄麻炭疽病病原菌分类及其鉴定 |
| 1.2.4 黄麻炭疽病的防治方法 |
| 1.3 黄麻种质资源研究进展 |
| 1.4 分子标记及其在指纹图谱中的应用 |
| 1.4.1 分子标记类型 |
| 1.4.2 利用SSR分子标记构建作物DNA分子身份证 |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 2 黄麻炭疽病病原菌分离鉴定及代表性菌株致病力测定 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 试验材料 |
| 2.2.1 供试菌株 |
| 2.2.2 实验试剂及设备 |
| 2.2.3 培养基 |
| 2.3 方法 |
| 2.3.1 黄麻炭疽病的田间病害症状观察与病斑采集 |
| 2.3.2 黄麻炭疽病病原菌的分离与纯化 |
| 2.3.3 黄麻炭疽病病原菌的分子生物学鉴定 |
| 2.3.4 代表性炭疽病病原菌的柯赫氏法则 |
| 2.3.5 代表性炭疽病病原菌的致病力测定 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 黄麻炭疽病的田间病害症状 |
| 2.4.2 黄麻炭疽病病原菌r DNA-ITS、LSU序列分析 |
| 2.4.3 黄麻炭疽病病原菌11个代表性菌株的柯赫氏法则 |
| 2.4.4 黄麻炭疽菌11个代表性菌株致病力测定 |
| 2.5 讨论 |
| 3 黄麻种质抗性鉴定及应用核心种质的构建 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 试验材料 |
| 3.3 方法 |
| 3.3.1 强致病力菌株GX19田间接种黄麻种质资源 |
| 3.3.2 黄麻应用核心种质的性状考察 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 黄麻种质资源性状基本统计分析 |
| 3.4.2 黄麻抗炭疽病种质筛选 |
| 3.4.3 黄麻应用核心种质的构建 |
| 3.5 讨论 |
| 4 黄麻应用核心种质SSR荧光标记分子身份证 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 试验材料 |
| 4.2.1 供试材料 |
| 4.2.2 实验试剂及设备 |
| 4.3 方法 |
| 4.3.1 DNA的提取 |
| 4.3.2 SSR荧光标记 |
| 4.3.3 荧光核心引物筛选及数据处理 |
| 4.3.4 DNA分子身份证构建 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 黄麻SSR荧光核心引物的确定 |
| 4.4.2 基于荧光SSR的应用核心种质遗传多样性 |
| 4.4.3 应用核心种质DNA分子身份证编码及构建 |
| 4.5 讨论 |
| 5 研究结论与展望 |
| 5.1 研究结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间的学术论文与研究成果 |
| 致谢 |
（9）黑龙江省水稻立枯病菌的种群结构及遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 水稻的重要性 |
| 1.2 水稻立枯病的研究现状 |
| 1.2.1 水稻立枯病及主要致病菌镰孢菌的危害 |
| 1.2.2 水稻立枯病的发病症状 |
| 1.2.3 水稻立枯病菌种类 |
| 1.2.4 水稻立枯病菌的发病规律 |
| 1.2.5 水稻立枯病的防治措施 |
| 1.3 水稻立枯病菌遗传多样性研究进展 |
| 1.3.1 遗传多样性分子标记技术的研究进展 |
| 1.3.2 SSR标记技术应用于尖镰孢遗传多样性的研究 |
| 1.4 本研究目的意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 水稻立枯病菌的分离与鉴定 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 供试药品 |
| 2.1.3 供试培养基 |
| 2.1.4 水稻立枯病菌的分离与培养 |
| 2.1.5 形态学鉴定 |
| 2.1.6 分子生物学鉴定 |
| 2.2 优势菌株的致病力测定 |
| 2.2.1 供试材料 |
| 2.2.2 试验步骤 |
| 2.2.3 数据统计 |
| 2.3 水稻立枯病优势种群对常用药剂的敏感性测定 |
| 2.3.1 供试药品 |
| 2.3.2 试验步骤 |
| 2.3.3 数据统计 |
| 2.4 水稻立枯病菌优势种群的遗传多样性分析 |
| 2.4.1 优势种群单孢株的DNA提取 |
| 2.4.2 DNA浓度的测定 |
| 2.4.3 供试引物 |
| 2.4.4 PCR扩增 |
| 2.4.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.4.6 引物的初筛 |
| 2.4.7 数据统计与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 水稻立枯病病菌的分离与致病性的确定 |
| 3.1.1 水稻立枯病病菌的形态学鉴定 |
| 3.1.2 水稻立枯病菌的分子鉴定 |
| 3.1.3 黑龙江省水稻立枯病菌群体鉴定及分布 |
| 3.2 黑龙江省水稻立枯病菌优势种尖镰孢的致病力评估 |
| 3.2.1 黑龙江省水稻立枯病菌优势种尖镰孢分子生物学鉴定 |
| 3.2.2 黑龙江省水稻立枯病菌优势种尖镰孢的致病力评估 |
| 3.3 水稻立枯病菌优势种尖镰孢对常用药剂室内敏感性测定 |
| 3.3.1 水稻立枯病优势种尖镰孢对多菌灵敏感性测定 |
| 3.3.2 水稻立枯病优势种尖镰孢对咪鲜胺和咯菌腈敏感性测定 |
| 3.4 水稻立枯病优势种尖镰孢遗传多样性分析 |
| 3.4.1 SSR多态性引物的筛选 |
| 3.4.2 水稻立枯病菌优势种尖镰孢遗传多样性分析 |
| 3.4.3 不同地理来源、致病力和对多菌灵敏感性的水稻立枯病优势种尖镰孢群体遗传变异分析 |
| 3.4.4 不同地理来源群体的遗传关系 |
| 3.4.5 不同致病力群体的遗传关系 |
| 3.4.6 对多菌灵不同敏感性群体的遗传关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 水稻立枯病菌的鉴定 |
| 4.2 水稻立枯病菌的种类及致病性 |
| 4.3 化学防治及抗药性表现 |
| 4.4 水稻立枯病菌遗传多样性的分析 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（10）中国南瓜种质资源遗传多样性SSR和InDel标记分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 南瓜遗传多样性研究 |
| 1.2 基于SSR及InDel标记的遗传多样性研究 |
| 1.2.1 基于SSR标记的南瓜遗传多样性研究 |
| 1.2.2 基于InDel标记遗传多样性分析 |
| 1.3 本研究的目的与意义、主要内容 |
| 1.3.1 本研究的目的与意义 |
| 1.3.2 本研究的主要内容 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.2 引物来源 |
| 2.3 主要药品和试剂 |
| 2.4 实验仪器 |
| 2.5 基于农艺性状的遗传多样性分析 |
| 2.5.1 田间试验设计 |
| 2.5.2 数据标准化处理 |
| 2.5.3 基于农艺性状的聚类分析 |
| 2.6 基于SSR和InDel分子标记遗传多样性分析 |
| 2.6.1 基因组DNA提取 |
| 2.6.2 DNA的检测及浓度调整 |
| 2.6.3 SSR及InDel标记多态性分析 |
| 2.6.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 2.6.5 聚类分析及Mantel检验 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 基于农艺性状的中国南瓜遗传多样性分析 |
| 3.1.1 表型多样性统计分析 |
| 3.1.2 基于农艺性状聚类分析 |
| 3.2 基于SSR和InDel标记的中国南瓜遗传多样性分析 |
| 3.2.1 基因组DNA提取及检测 |
| 3.2.2 SSR和InDel标记筛选及其多态性分析 |
| 3.2.3 基于SSR和InDel标记聚类分析 |
| 3.3 SSR标记、InDel标记及综合两种标记聚类结果相关性比较 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 基于农艺性状的中国南瓜遗传多样性分析 |
| 4.2 基于SSR和InDel标记的中国南瓜遗传多样性分析 |
| 4.3 基于农艺性状与两种分子标记关联性分析 |
| 4.4 本研究对南瓜育种的作用 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他成果 |
| 附录 |
| 附录A 208份中国南瓜农艺性状数据表 |
| 附录B 部分南瓜嫩果照片 |
| 附录C 部分老瓜照片 |
| 附录D 部分老瓜果肉照片 |
四、SSR标记及其在水稻分子生物学研究中的应用（论文参考文献）
- [1]江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用[D]. 崔傲. 扬州大学, 2021(09)
- [2]真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究[D]. 吕士凯. 西北农林科技大学, 2021
- [3]基于SSR标记的藜麦种质资源遗传多样性分析和性状关联分析[D]. 孙梦涵. 成都大学, 2021(07)
- [4]利用关联作图解析紫斑牡丹产量相关性状的等位遗传变异[D]. 刘娜. 北京林业大学, 2020(01)
- [5]引进啤酒花种质资源评价及苦味酸生物合成分子机制研究[D]. 杨轲. 甘肃农业大学, 2020(01)
- [6]苦荞种质资源产量性状和籽粒黄酮含量与SSR标记的关联分析[D]. 吕丹. 贵州师范大学, 2020
- [7]中国不同稻作区和不同年代水稻种质资源遗传多样性分析[D]. 唐如玉. 重庆师范大学, 2020(05)
- [8]黄麻炭疽菌代表性菌株分离鉴定及应用核心种质的构建[D]. 郭艳春. 福建农林大学, 2020
- [9]黑龙江省水稻立枯病菌的种群结构及遗传多样性分析[D]. 刘金鑫. 东北农业大学, 2020(04)
- [10]中国南瓜种质资源遗传多样性SSR和InDel标记分析[D]. 邹剑锋. 佛山科学技术学院, 2020(01)