一、结核分支杆菌inhA基因突变的测序研究（论文文献综述）
张洁[1]（2021）在《北京地区复治结核病患者菌型分析及耐药性研究》文中进行了进一步梳理1.北京耐药监测点结核分枝杆菌的耐药性研究目的:分析北京市怀柔结核病监测点结核分枝杆菌的耐药谱和基因突变情况。方法:收集2009年1月至2018年12月北京市怀柔区结核病患者临床分离株250株。采用比例法药物敏感性实验检测这些临床分离株对4种一线抗结核药及7种二线抗结核药的耐药谱。采用分子线性探针法快速检测对利福平（Rifampicin,RFP）和异烟肼（Isoniazid,INH）的耐药性。结果:235株被鉴定为结核分枝杆菌的分离株中有79株（33.6%）对一种或多种药物耐药。其中单药耐药18例（7.7%）,多耐药19例（8.1%）,RFP耐药28例（11.9%）,耐多药（multidrug-resistance,MDR）24 例（10.2%）,准广泛耐药7例（3.0%）,广泛耐药2例（0.9%）。复治患者的耐多药比例高于初治患者（34.5%vs.6.8%,p<0.01）,耐药菌株中RFP耐药主要是rpoB基因S531L位点突变（62.5%）,INH耐药主要是katG基因S315T1位点突变,占62.9%。结论:北京怀柔结核病监测点复治患者所分离的结核分枝杆菌MDR率显着高于初治患者。详细的药物敏感性实验结果对耐药结核病的治疗至关重要。检测耐药菌株的常见基因突变可快速准确的诊断耐多药结核病,这也将改善患者治疗效果并降低传播率。2.北京地区复治结核病耐药性研究目的:掌握北京地区复治患者结核分枝杆菌分离株的耐药情况。方法:对北京地区2017年1月至2019年12月复治肺结核患者展开调查,通过菌株库信息的比对,查找出已登记的第一株和最后一株来自同一患者的结核分枝杆菌配对菌株134对268例,采用分子线性探针法快速检测对利福平和异烟肼的耐药性。对复治患者末次分离株进行比例法药物敏感性实验。结果:北京地区复治患者初始分离株中单耐INH 比例为9.0%,高于末次分离株中单耐 INH 比例（X2=4.254,P<0.05）。复治患者 MDR 率为 29.9%（40/134）,复发患者MDR率为23.1%（18/78）。非复发的复治患者MDR率高于复发患者（X2=4.090,P<0.05）。有耐药性变化患者共14例,占比为10.4%,其中10例（71.4%）患者分离株从敏感变为耐药,4例（28.6%）患者的分离株由耐药变成敏感。耐药菌株中,利福平耐药株以rpoB基因S531L位点突变为主（63.0%）,70.5%的异烟肼耐药株为katG基因S315T1位点发生突变。比例法药敏结果显示复发患者任何耐药率为57.7%,非复发患者任何耐药率为53.1%。结论:北京地区复治患者初始分离株中单耐INH的比例比末次分离株高,非复发的复治患者MDR率高于复发患者,临床上一旦诊断为结核病,应该要立即治疗,联合、规范用药,坚持治疗防止发展为耐药结核病,甚至耐多药结核病。3.北京地区复治结核病患者菌型分析目的:通过比较北京地区复治结核病患者前后两次发病时菌株的基因型有无发生变化,从而了解患者的发病原因。再以复治结核患者末次菌株为研究对象,了解北京地区复治患者结核分枝杆菌的基因型及成簇特征。方法:以北京地区2017年1月至2019年12月复治肺结核患者为研究对象,通过RD105缺失基因法及15位点可变数目串联重复序列基因分型实验比较复治肺结核患者前后两次发病时结核分枝杆菌基因型的差异,从而判断结核病的发病原因。再以复治结核患者末次菌株为研究对象,评价该基因分型技术对北京地区复治患者结核分枝杆菌的分辨能力,对流行于复治患者中的结核分枝杆菌从系统发育学方面进行研究,掌握复治患者结核分枝杆菌的遗传特征。结果:复治患者内源性复燃占比为75.4%（101/134）,外源性再感染比例为24.6%（33/134）;复发结核病患者内源性复燃占比为65.4%（51/78）,外源性再感染比例为34.6%（27/78）。获得性耐药比例为60%（6/10）,原发性耐药为40%（4/10）。复治患者末次分离的134例结核分枝杆菌中,126例为北京型,8例为非北京型。134株结核分枝杆菌呈现110种基因型,包括2个同源复合群和25个独特型。33株菌成9个簇,成簇率为17.9%。结论:北京地区复治结核病患者发病的主要原因是内源性复燃,也存在小范围内的流行,且主要流行菌株为北京基因型,呈现出较高的遗传多样性。4.全基因组测序在耐多药结核分枝杆菌研究中的应用目的:通过全基因组测序了解复治MDR患者临床分离株的基因谱系以及传播关系,并对每株结核分枝杆菌的全基因组进行16种药的耐药性预测。方法:北京地区2017年1月至2019年12月期间复治肺结核患者临床分离株,经分子线性探针技术检测为MDR的40例菌株,采用改良的CTAB法提取结核分枝杆菌全基因组,通过全基因组测序掌握耐多药结核分枝杆菌的谱系特征及传播关系,通过提取各耐药位点的序列比对信息,分析各耐药位点的突变,根据数据库中突变和耐药关系,预测耐药表型。结果:40例经线性探针法鉴定为MDR的菌株中,全基因组测序显示有1例为利福平敏感菌株。40例结核分枝杆菌均为谱系2,其中亚谱系L2.2.1有33株,L2.2.2 有 7 株;29 株（72.5%,29/40）为“现代”北京型,11 株（27.5%,11/40）为“古老”北京型。40例菌株中2例成簇。共发现16个与耐药相关的基因,有11例菌株对同种抗结核药存在两个及以上耐药基因。结论:北京地区复治结核病患者MDR分离株主要为谱系2,“现代”北京型占多数,检测与耐药相关的基因位点突变可以预测耐药。
董启珍,赵承杰,吴晓茹[2]（2021）在《基因芯片技术在新发涂阳肺结核患者结核杆菌菌种鉴定及药敏试验中的应用》文中研究说明目的探究分子芯片技术在新发涂阳肺结核患者结核杆菌菌种鉴定、药敏试验中的应用。方法入组526株菌株分离自2018年7月-2019年9月间下属7个县市区收治的新发涂阳结核患者,采用间隔区寡核苷酸分型法（Spoligotyping法）及基因芯片技术进行菌种鉴定,对鉴定为结核分枝杆菌的菌株采用绝对浓度法进行利福平、异烟肼药敏性分析,采用基因芯片技术对利福平耐药基因rpoB、异烟肼耐药基因katG、inhA突变位点进行检测,以Spoligotyping法、绝对浓度法作为金标准,分析基因芯片技术对结核杆菌菌种鉴定、药敏分析的应用价值。结果 526株分离株经Spoligotyping法鉴定,414株为结核分枝杆菌复合群,112株为非结核杆菌,其中胞内分枝杆菌57株,龟或脓肿分枝杆菌30株,鸟分枝杆菌25株;基因芯片法对结核分枝杆菌复合群鉴定符合度为100.00%,对非结核分枝杆菌鉴定符合度为95.54%。基因芯片技术共检出33株存在rpoB突变,突变频率最高的位点为531,占比为45.45%,其次为526位点,占比36.36%;共检出42株存在katG/inhA突变,其中78.57%为katG单一位点突变,19.05%为inhA单一位点突变,2.38%为katG、inhA双突变。基因芯片技术诊断利福平耐药的敏感度、特异度、准确度分别为90.90%、99.21%、98.54%,两者一致性Kappa值为0.901;对异烟肼耐药分析的敏感度、特异度、准确度分别为65.08%、99.72%、94.44%,两者一致性Kappa值为0.751;对多药耐药分析的敏感度、特异度、准确度分别为90.48%、99.23%、98.79%,两者一致性Kappa值为0.877。结论基因芯片技术可较好的鉴别结核分枝杆菌菌种及耐药性,与常规菌培养、药敏试验结果具有较高的一致性。
程睿儇[3]（2019）在《大理地区非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定及耐药性分析》文中认为目的:对大理地区疑似非结核分枝杆菌（（Non-tuberculous mycobacteria,NTM）的临床分离株进行菌种鉴定;通过药敏试验检测NTM的耐药性,分析NTM耐药菌株对利福平、异烟肼耐药相关基因rpoB和inhA的基因突变情况,初步研究NTM的耐药机制。方法:1.非结核分枝杆菌临床分离株的的菌种鉴定:运用PNB/TCH鉴别培养基将18株疑似NTM的临床株进行初步菌种鉴定,再设计16SrRNA引物,以初步鉴定为NTM的临床分离株的DNA为模板进行聚合酶链反应（Polymerase chain reaction,PCR）,PCR扩增产物送测序公司测序,将结果提交NCBI-BLAST网站,与GenBank中的标准序列进行比较和同源性分析,获得菌种鉴定结果。结果所得2株脓肿分枝杆菌再用hsp65和rpoB引物进行PCR扩增、测序、BLAST比对后,可以将此2株脓肿分枝杆菌（Mycobacterium abscessus,M.abscessu）鉴定为不同亚种。2.非结核分枝杆菌的耐药性研究（1）非结核分枝杆菌的药物敏感性测定:采用比例法对所有NTM进行包括异烟肼（Isoniazid,INH）、利福平（Rifampicin,RFP）、乙胺丁醇（Ethambutol,EMB）、卡那霉素（Kanamycin,KM）在内的4种药物的敏感性试验,其中对鸟分枝杆菌增加莫西沙星（Moxifloxacin,MFX）,脓肿分枝杆菌增加阿米卡星（Amikacin,AK）的药物敏感性试验,来分析NTM的耐药情况。（2）非结核分枝杆菌耐药相关基因分析:1）设计合成引物inhA,采用PCR技术扩增脓肿分枝杆菌的inhA基因,对目的基因inhA进行DNA测序并将测序结果与结核分枝杆菌标准株（H37Rv）以及脓肿分枝杆菌标准株（ATCC19977）的inhA基因序列进行比较,分析他们之间的基因差异,从而进一步分析inhA基因的突变与脓肿分枝杆菌对异烟肼耐药的关系。2)设计合成引物rpoB2,采用PCR法扩增对利福平耐药的脓肿分枝杆菌临床株的rpoB2基因,将扩增后目的基因所测序列与脓肿分枝杆菌标准株（ATCC19977）的rpoB2基因序列相比对寻找基因差异。3)设计合成引物rpoB1,利用PCR技术扩增对利福平耐药的鸟分枝杆菌的rpoB1基因的81bp核心区域,提取目的基因rpoB1片段送测序公司测序,所得测序结果与鸟分枝杆菌标准株（ATCC25291）的rpoB1基因序列进行比对,找出鸟分枝杆菌耐药株与标准株在该区域的基因差异。结果:1.非结核分枝杆菌的菌种鉴定:运用PNB/TCH鉴别培养基将18株疑似非结核分枝杆菌的临床株初步鉴别为NTM 14株和MTB 4株,再扩增NTM的基因16SrRNA,测序、比对后将初步鉴定为NTM的14株临床株准确地鉴定为NTM 12株、束村氏菌1株及戈登氏菌1株,其中12株NTM亦能被16SrRNA引物鉴定为慢生长分枝杆菌（Slowly growing mycobacterium,SGM）中的鸟分枝杆菌10株（83%）和快生长分枝杆菌（Rapidly growing mycobacterium,RGM）中的脓肿分枝杆菌2株（17%）。在脓肿分枝杆菌中,可运用hsp65和rpoB两对引物将其更为准确地鉴定为Bolletii亚种和Abscessus亚种,其中有Bolletii亚种1株,Abscessus亚种1株。2.非结核分枝杆菌的耐药性研究（1）非结核分枝杆菌的药物敏感性测定:试验结果显示,在10株鸟分枝杆菌的5种药物的药敏试验中,10株菌株对异烟肼、卡那霉素全部耐药;9株对利福平耐药,1株敏感;7株对乙胺丁醇、莫西沙星耐药,3株敏感。2株脓肿分枝杆菌对5种抗结核药物全部耐药。（2）非结核分枝杆菌耐药相关基因分析:1)采用PCR技术扩增出3条脓肿分枝杆菌长度为810bp的inhA基因片段,与Genebank中相应基因一致;2株脓肿分枝杆菌临床株与标准株相比较,结果显示1号临床株的核苷酸差异表达位点2个,5号株的核苷酸差异表达位点7个。3株脓肿分枝杆菌与H37Rv的inhA基因通过测序、序列比对分析发现差异表达位点1号株有607个,5号株有581个,标准株有567个;在inhA基因中,H37Rv的inhA基因第94位密码子所表达的氨基酸为丝氨酸（Ser）,2株脓肿分枝杆菌临床株表达为苏氨酸（Thr）。2)2株脓肿分枝杆菌利用rpoB2基因经PCR扩增,合成大小约1300bp的DNA片段;在第146位密码子、基因突变集结Ⅰ区、基因突变集结Ⅱ区这3部分区域,通过比较脓肿分枝杆菌标准株（ATCC19977）与结核分枝杆菌标准株（H37Rv）,脓肿分枝杆菌标准株与耐利福平的脓肿分枝杆菌临床株在各个区域的比对结果,均未发现存在有义突变,均编码相同氨基酸。3)5株对利福平耐药的鸟分枝杆菌通过运用rpoB1基因扩增出长度约为1400bp的目的基因片段;检测对利福平耐药的鸟分枝杆菌的rpoB1基因的81bp核心区域发现鸟分枝杆菌的rpoB1基因在此区域未发生有义突变。结论:1.NTM临床株通过运用16SrRNA基因,被更精确的鉴定为NTM不同菌种。hsp65和rpoB的基因扩增测序法可将脓肿分枝杆菌鉴定为不同亚种,且2种鉴定法结果一致。2.鸟分枝杆菌对常见抗结核药物高度耐药,脓肿分枝杆菌不仅对抗结核药物耐药,且表现为多药耐药;脓肿分枝杆菌临床株和结核分枝杆菌标准株（H37Rv）在inhA基因上的差异位点所表达的核苷酸不同可能是导致脓肿分枝杆菌对异烟肼天然耐药的原因;分枝杆菌对异烟肼的耐药机制并非由于其第94位密码子发生的丝氨酸（Ser）被丙氨酸（Ala）取代,提示脓肿分枝杆菌耐异烟肼存在其他原因;耐利福平的脓肿分枝杆菌的rpoB2基因在基因突变高发区并未发生突变,说明其对利福平的耐药机制与MTB不同;对利福平耐药的鸟分枝杆菌的rpoB1基因其81bp的基因突变区未发生突变,表明鸟分枝杆菌对利福平的耐药机制亦不同于MTB。
梁斌[4]（2018）在《结核分枝杆菌异烟肼耐药突变的高灵敏检测及分枝杆菌快速鉴定的研究》文中提出结核病是全球范围内严重危害人类健康的公共卫生问题之一。随着结核分枝杆菌分子耐药机制的深入研究,利用基因检测方法快速检测结核分枝杆菌及其耐药性对结核病的治疗具有重要的指导意义。但对于异质性耐药的检测,现有的分子方法还无法达到传统药敏试验定义1%耐药的判读标准。再者,近年来由非结核分枝杆菌感染引起的疾病逐渐增多,其临床症状与结核病相似,但两者的治疗方案不同。如何快速诊断非结核分枝杆菌病,并与结核病区分,对于分枝杆菌病的治疗尤为重要。因此,本论文围绕结核分枝杆菌异质性耐药的高灵敏检测和临床上常见分枝杆菌菌种鉴定展开了研究。第一章为绪论部分,首先简要介绍了全球结核病流行病学概况,耐药结核病的诊断和治疗,以及非结核分枝杆菌病概况和鉴定方法,然后介绍了熔解曲线分析的原理、特点,以及在耐药结核病检测中适用的荧光探针类型,最后提出了本论文的研究目的、研究内容和研究意义。第二章,以异烟肼为研究对象,我们建立一种基于熔解曲线分析的结核分枝杆菌异质性耐药的高灵敏检测方法,将其命名为DeepMelt。该方法利用双标记探针选择性地阻碍混合模板中野生型模板的扩增,从而富集了突变型模板。以katG S315T突变位点为例,单重DeepMelt体系能够在105copies/μL基因组模板中检出0.01%的突变部分。基于DeepMelt原理,我们建立了多重DeepMelt TB/INH体系,用以检测异烟肼耐药相关的katG 315密码子、inhA启动子和ahpC启动子突变。针对常见的四种突变位点,DeepMelt TB/INH体系均能够在104 copies/μL基因组模板中检出1%突变。然后,我们利用DeepMeltTB/INH体系检测了 602份临床分离株。以1%比例法药敏为金标准,与MeltProTB/INH试剂盒比较,DeepMelt TB/INH 体系的灵敏度由 93.6%（176/188,95%CI=89.2-96.3%）提高到 95.7%（170/188,95%CI=91.8-97.8%）;在 109 份痰标本的检测中,DeepMelt TB/INH 体系的灵敏度则从 83.3%（20/24,95%CI=64.2-93.3%）提高到 91.7%（22/24,95%CI=74.2-97.7%）。在两批标本的检测中,特异性基本保持不变。同时,本研究利用Sanger测序和数字PCR方法验证了 20份异质性耐药标本,证明了 DeepMeltTB/INH体系具有高灵敏的异质性耐药检测能力。第三章,基于“荧光-熔点”二维标签,本章建立了一个单管四色的MeltPro Myco体系,实现了对临床上常见19种分枝杆菌的快速鉴定（3小时内）。在分析性能考察中,该体系能够准确鉴定51份分枝杆菌参考株至种/群的水平,并与16种非分枝杆菌无交叉反应。体系的最低检测限为300菌/mL,并且能够在混合感染中检出低至1%的少量菌种。最后,我们使用365份临床分离株来评价体系的临床诊断性能。结果表明MeltPro Myco体系检测19种分枝杆菌的灵敏度高于95.0%,且特异性高于99.0%。该方法简便快速、易于使用且鉴定结果准确,适用于临床常见分枝杆菌的鉴定。第四章,利用第三章所建立的MeltPro Myco体系检测了广州、厦门、河南、黑龙江和新疆等五个省市自治区共1163份临床分离株,初步调查了五个省市自治区的分枝杆菌菌种分布情况。结果显示,广州、厦门、河南、黑龙江和新疆等五个省市自治区的非结核分枝杆菌分离率分别为33.6%、4.2%、7.4%、0%和8.5%;而且,中国南部（广州和厦门）比中国中北部（河南、黑龙江和新疆）具有较高的非结核分枝杆菌分离率（135/567,23.8%vs 23/596,3.9%）和较多的非结核分枝杆菌种类（12 vs 2）。进一步地,我们利用MeltPro Myco体系检测了广州地区的94份涂片阳性痰样本,结果显示非结核分枝杆菌的检出率为25.5%。为了验证MeltPro Myco体系的检测结果,我们采用结核分枝杆菌复合群检测试剂盒、DNA测序或Spoligotyping等方法作为对照。结果显示,在1163份临床分离株和94份痰标本的检测中,该体系与对照方法的一致率分别是99.7%和100%。因此,本研究建立的分枝杆菌菌种鉴定体系可用于临床分离株和痰标本的检测,有望成为筛查非结核分枝杆菌的有力工具。
杨彩虹,杨敏,于璐,包海洋,吴长新,曹旭东,陈创夫[5]（2017）在《高分辨率熔解曲线技术用于结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药性的快速检测》文中研究指明目的评价高分辨率熔解曲线分析技术（high-resolution melting curve,HRM）检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的应用价值。方法 1)通过传统比例法药敏实验对本实验室保存的49株结核分枝杆菌进行异烟肼耐药性分析。2)进一步对该结核分枝杆菌进行异烟肼耐药相关基因KatG基因和inhA基因进行异烟肼耐药决定区测序分析,筛查突变位点。3)根据筛查到的突变位点设计高分辨率熔解曲线分析所用的特异性引物,对异烟肼耐药基因耐药决定区进行高分辨率熔解曲线分析检测DNA突变,评估用高分辨率熔解曲线分析技术对结核分枝杆菌异烟肼耐药性检测的效率。结果 1)比例法药敏结果显示,49株实验菌株中20株为异烟肼耐药株,29株为异烟肼敏感株。2)测序分析结果显示:（1）KatG基因出现了4种突变形式,分别是234单位点突变;234、315双位点突变;234、463双位点突变;234、315、463三位点联合突变。（2）inhA基因检测到3种突变,即-8位、-15位、-152位。3)（1）对耐药株的基因突变进行分析发现:20株异烟肼耐药株中11株存在KatG基因第315位密码子的突变、占异烟肼耐药株的55%;6株存在inhA基因-15（4株）位碱基、-8（1株）位碱基、-152（1株）位碱基的突变,共占异烟肼耐药株的30%;2株同时存在基因KatG315密码子和inhA-15位碱基的突变,占异烟肼耐药株的10%;1株均未检测到KatG基因和inhA基因的突变,占异烟肼耐药株的5%。通过基因突变检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的敏感性为95%、特异性为100%。（2）用高分辨率溶解曲线检测实验菌株耐药基因突变的结果显示,18株存在基因突变,24株不存在基因突变,检测的灵敏度为94.7%、特异性为80%。（3）以高分辨率熔解曲线检测到突变为耐药的判断标准,检出19株为耐药株,24株为敏感株。以比例法药敏结果为参照,检测的灵敏度为95%、特异性为82.76%。结论高分辨率溶解曲线用于结核分枝杆菌对异烟肼耐药性的检测具有较好的灵敏度,耗时短,在异烟肼耐药结核病的快速诊断方面具有一定的应用价值。
卢振方[6]（2016）在《结核杆菌inhA基因突变与肺痨康治疗耐异烟肼肺结核分子机制关系初探》文中研究指明目的：研究中药复方肺痨康治疗耐异烟肼肺结核小鼠的分子机制,从分子生物学角度,探讨其治疗作用与inhA基因突变之间的关系,为中医药治疗耐药肺结核提供一些研究思路。方法：本研究先取80只昆明种小鼠,尾静脉注射法建立耐异烟肼肺结核动物模型,随机分为模型组、异烟肼组、肺痨康组及异烟肼联合肺痨康组,分别给予生理盐水、异烟肼、肺痨康、异烟肼联合肺痨康灌胃治疗56天；选取20只同等小鼠,尾静脉注射H37RV标准结核分枝杆菌菌悬液,建立H37RV标准菌小鼠模型,以生理盐水灌胃56天；选取20只同等小鼠,尾静脉注射生理盐水作为空白组,以生理盐水灌胃56天；比较各组小鼠一般体征及治疗前后体重变化,56天后取小鼠肺脏组织进行细菌培养：肉眼及光镜下观察各组小鼠肺脏组织病理变化；利用全基因组重测序技术对治疗后小鼠肺组织中结核杆菌基因组DNA进行重测序,以标准菌株（H37RV）为参考序列,筛选对比分析；采用SPSS21.0统计软件对实验中的计量、计数资料进行统计学分析,采用bwa（version 0.7.8）、samtools、Picard等软件处理全基因测序后的数据并进行碱基与基因组表达结果的比对。结果：通过对比治疗前后的的小鼠体重变化,各组小鼠治疗前体重组间差异无统计学意义（P>0.05）,治疗后各自小鼠体重组间差异有统计学意义（P<0.05）,标准菌株组与模型组比较,差异无统计学意义（P>0.05）,异烟肼组、肺痨康组、联合用药组与模型组比较,差异有统计学意义（P<0.05）；肉眼观察小鼠肺部形态发现标准菌株组和模型组肺部形态有明显改变,每只小鼠肺组织均有大小不等结节,异烟肼组、肺痨康组、联合用药组仅仅有部分小鼠肺脏现有结节,比较各组小鼠结节数差异性,标准菌株与模型组差异无统计学意义（P>0.05）；异烟肼组与模型组比较差异有统计学意义（P<0.05）；肺痨康组与模型组比较差异有统计学意义（P<0.05）；联合用药组与模型组比较差异有统计学意义（P<0.05）,肺痨康、模型组、联合用药组之间差异性无统计学意义（P>0.05）；光镜下观察治疗组肺脏炎症反应较模型组明显减轻；研究发现与结核杆菌耐药基因inhA基因突变相关的可能的突变碱基位点有三个,分别位于基因组的第1673425、1676290、1678706碱基位置,对应碱基C、C、A突变为T、A、C。该位置碱基突变分别位于编码序列上游、下游、下游,基因组编码序列的改变分别在777、1279、3695。对比各组碱基位点,标准菌株这三个位置碱基与参考碱基一致,模型组、肺痨康组、异烟肼组、联合组耐异烟肼结核杆菌与inhA对应碱基均有突变,且突变位置、基因组编码序列、基因一致。结论：1.肺痨康治疗耐异烟肼肺结核模型小鼠,能显着改善小鼠的一般体征及组织病变,减轻肺部炎症反应,为临床应用治疗耐药肺结核提供更多依据；2.通过全基因测序发现一些新的与inhA基因突变相关位点,分别位于编码序列上游、下游、下游,基因组编码序列的改变分别在777、1279、3695；3.初步研究发现肺痨康抗耐异烟肼肺结核的分子机制与诱发inhA基因回复突变关系不明显,这为中药复方抗结核的进一步研究提供参考。
王先化[7]（2015）在《新疆地区TB合并HIV感染流行病学分析及耐药结核分子机制研究》文中研究指明研究背景及目的:我国目前结核病疫情仍十分严重,艾滋病感染率呈现逐年增多,两者合并感染的机会显着增加,使结核或艾滋病治疗和控制愈加困难,死亡危险性更高。因此,对高危人群进行HIV感染早期筛查,并同时在HIV感染者中筛查结核病患者,为早期治疗、改善预后以及有效地防控结核感染和与HIV合并感染的传播提供科学依据。然而,结核疫情防治更为严峻的是结核耐药菌株不断增多,结核的发病率逐年增加,严重威胁着人们的身体健康;因此,开展新疆地区的耐药分布情况的调查分析十分重要。初步的科学研究显示结核菌耐药与其基因的突变有关,从基因水平上了解结核耐药的分子机制,有利于建立一种特异、敏感检测方法用于结核感染筛查和耐药患者治疗方案筛选;尤其受到环境因素的影响,不同地区的结核耐药菌株的基因突变情况可能存在较大差异。因此,研究一个地区的结核杆菌基因突变及结核菌的耐药突变基因情况,探讨细胞因子诱导SRC同源2域蛋白（Cytokine-inducible SRC homology 2（SH2）domain protein,CISH）对机体结核感染易感性,了解新疆地区维吾尔族人群CISH基因多态性对当地人群结核发病的影响;可为结核病有效防控提供科学依据。研究方法:采用流行病学横断面调查方法,通过对新疆地区TB/HIV双重感染患者的流行病学特征以及危险因素进行分析,了解我国西部边疆少数民族地区TB合并HIV感染情况。采用分子流行病学方法,收集了2012-2013年乌鲁木齐市四区登记的结核菌培养阳性的菌株,并对菌株进行药敏检测,对药物耐药情况进行分析,观察在初治和复治患者中的结核耐药菌株分布情况。采用改良罗氏培养基比例法计算菌株的耐药百分比,基因测序法进行测序,采用Lasergene软件中的GeneAlign将测序结果与标准菌株H37Rv的基因序列进行比对,确定基因突变位点。采用病例对照研究方法,通过Haploview软件选择CISH基因SNP位点,利用SnapShot法进行SNP基因型的检测,并构建SNPs单倍型。研究结果:1.本次调查共登记结核病人3657例,检测HIV抗体2645例,HIV抗体检测率为72.3%,HIV抗体阳性者128例,阳性检出率为4.8%。≥35岁的结核病患者感染HIV的风险为18-35岁患者的0.26倍（95%CI:0.18-0.40）,痰涂片呈阳性的肺结核患者、肺外结核患者感染HIV的风险分别是痰涂片阴性患者的0.43倍（95%CI:0.28-0.66）和1.79倍（95%CI:1.09-2.94）。此次调查共登记HIV感染/AIDS病人2714例,随访到1284例,其中进行结核病筛查1195例,筛查率为93.1%,共发现结核病感染91例,感染率为7.6%。男性HIV感染者/AIDS病人感染结核杆菌的风险为女性的12.2倍（95%CI:6.4-23.1）,CD4细胞数量≤200的HIV感染者/AIDS病人感染结核杆菌的风险为CD4细胞数量>200的20.4倍（95%CI:11.8-35.3）。2.新疆地区结核菌株除对AMK的耐药率低于20%外,对其它一线及二线抗结核药物的耐药率都高于30%。而且复治患者的结核菌耐药率明显高于初治患者的结核菌耐药率。对一线抗结核药物的耐药率为54.9%,初治患者对一线抗结核药物的耐药率为35.7%,复治患者对一线抗结核药物耐药率为81.6%。在4种一线抗结核药物中对INH的耐药率最高为46.1%。对EMB的耐药率最低为26.8%。对二线抗结核药物的耐药率为46.1%,初治患者对二线抗结核药物的耐药率为33.3%。复治患者对二线抗结核药物的耐药率为64.3%。在3种二线抗结核药物中,对OFLX的耐药率最高为36.7%,对AMK的耐药率最低为16.2%。3.rpoB基因突变率为59.77%。突变范围为从505位密码子至572位密码子,共有11个位点和14个类型。52例突变菌株中有1例为密码子CAC-TGC的双碱基突变,剩余的都是密码子单碱基突变。基因突变类型有点突变和两个密码子的联合突变。其中52例突变菌株中点突变有44株（84.6%）。突变的密码子为505、516、526、531、533等5个密码子,531位密码子突变最常见。排在第二位的是526位密码子的突变。剩余的8例突变结核菌株为存在两个密码子的联合突变。有18例突变菌株存在katG或inhA基因突变,或两者同时突变。4.与健康对照组相比,CISH基因多态性位点rs17051025在结核病组中的等位基因A的频率高于对照组（P<0.05）,基因型AA在结核病组中的频率也是高于健康对照组（P<0.05）。与健康对照组相比,CISH基因多态性位点rs2239751在结核病组中等位基因A的频率较高（P<0.05）。主要的6种单倍体中有三种单倍体（TCCG,ACAG,TCAG）因为其频率小于5%,所以没有进行相关统计。还有三种单倍体组间没有差异。结论:新疆地区结核合并HIV双重感染的比例较高,≥35岁/涂片呈阳性/肺外结核的结核病患者和男性/CD4细胞数量≤200的HIV感染者为高危人群。应进行TB/HIV双向筛查。新疆地区结核菌株对一线及二线抗结核药物的耐药率较高。新疆地区大部分结核菌株耐药基因的突变类型与以往的研究结果是一致的。我国维吾尔族人群中CISH基因SNPs与结核易感性相关,在4个多态性位点中rs17051025及rs2239751是危险因素。建议加强我国西部边疆少数民族地区TB和HIV以及耐药的防控工作,尤其要重视TB合并HIV感染以及耐药结核分子机制方面的探索。
陈燕[8]（2014）在《中国结核菌耐多药和广泛耐药相关基因突变特征及MAS-PCR研究》文中提出目的：分析中国耐多药（MDR‐TB）和广泛耐药结核分枝杆菌（XDR‐TB）耐药相关基因的突变特征；建立与之相应的等位基因特异性多重聚合酶链反应（multiplex allele‐specific PCR，MAS‐PCR）技术，以实现对MDR‐TB与XDR‐TB的快速检测，为MDR‐TB与XDR‐TB的诊断和监测提供新的技术手段。材料和方法：1.采用比例法药敏试验，从全国23省收集的结核分枝杆菌菌株中筛选了230株MDR‐TB，27株XDR‐TB及64株敏感菌株用于本研究。研究菌株由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所结核病实验室收集保藏并提供。2.采用L-J培养基培养菌株，并通过CTAB（溴化十六烷基三甲铵）法提取全基因组DNA用于耐药相关基因的聚合酶链反应（PCR）扩增，PCR产物采用脱氧核糖核酸（DNA）测序分析。3.利用基因测序技术，分别对321株试验菌株的katG基因，inhA调控区，ahpC－oxyR基因间隔区，rpoB基因，gyrA, gyrB基因及rrs基因进行序列分析。4.根据我国MDR‐TB及XDR‐TB耐药相关基因的突变特点，筛选与耐药高度相关的基因突变位点，建立与之相应的MAS‐PCR检测技术，对MDR‐TB及XDR‐TB进行快速检测。5．利用MAS‐PCR技术对湖南省200株结核分枝杆菌临床分离株（含MDR‐TB，XDR‐TB，敏感菌株）进行检测验证，并与传统比例法药敏试验结果进行比较，评价MAS‐PCR技术的实用性。结果：1.257株耐多药和广泛耐药结核分枝杆菌中，14.0%的菌株inhA基因发生突变，58.4%菌株的katG基因发生突变，16.7%菌株的oxyR-ahpC基因发生突变，同时考虑这三种基因，异烟肼耐药相关基因突变检出率可达79.8%；91.1%菌株的rpoB基因发生突变，67.1%菌株的gyrA基因发生突变，7.6%菌株的gyrB基因发生突变，40.0%菌株的rrs基因发生突变。基因突变的主要位点为katG315（49.8%），inhA-15（9.4%），rpoB531（49.8%），526（22.6%）和516（10.5%），gyrA94（43.0%）和90（21.5%），rrs1401（40%）。2.根据我国MDR‐TB及XDR‐TB耐药相关基因的特点，建立了与之相应的MAS‐PCR耐药检测技术。对200株临床分离株（43株MDR，其中4株XDR）进行了MAS-PCR检测。MAS-PCR与比例法药敏试验比较，异烟肼耐药检测的敏感性为72.5%（50/69），对利福平检测的敏感性为77.0%（40/52），检测氧氟沙星敏感性为66.7%（14/21），而卡那霉素为75%（3/4），四种药物检测的特异性均为100%。结论：1.我国耐多药结核菌异烟肼、利福平、氧氟沙星和卡那霉素耐药相关基因最常见突变为katG315、inhA-15，rpoB531、526和516, gyrA94和90，rrs1401。2. MAS-PCR技术检测MDR-及XDR-TB耐药性简便、快速、特异性高，对MDR-及XDR-TB耐药早期诊断具有重要意义。
范晓萍[9]（2011）在《中国部分地区广泛耐药结核菌耐基因分布特点及演变规律研究》文中进行了进一步梳理自20世纪90年代以来,全球结核病疫情回升,在造成全球结核病疫情升高的诸多因素中,结核耐药是一重要原因。尤其是耐多药结核病和广泛耐药结核病的出现给全球结核病的控制带来极大挑战。截止到2008年底,已在58个国家和地区监测至IJXDR-TB。据中国2007-2008年全国结核病耐药性基线调查发现,我国每年新发肺结核病患者约56万,其中MDR-TB患者约12万,XDR-TB患者约1万人。XDR-TB诊断治疗困难、费用昂贵、治愈率低、致死率高是结核治疗的一大难题。目前结核的诊断依靠PPD试验、临床特征、X线、痰病原学检查,药物敏感试验的金标准为罗氏培养基比例法,该方法耗时久,4-8周,因不能及时确定药物的耐药性,可导致结核治疗不充分,扩大性耐药以及耐药结核的传播。因此亟需快速准确、敏感性、特异性高的诊断方法。本研究采用核酸扩增、基因测序法对重庆地区广泛耐药结核病7种常用抗结核药物的8种耐药基因进行筛选。研究发现katG315和inhA启动子、rpoB、gyrA、rpsL、rrs、embB306、pncA与重庆地区广泛耐药结核病中INH、RFP、OFLX、SM、KM、EMB、PZA耐药相关,其中katG315和inhA启动子、gyrA、embBM3061与相关药物的高度耐药相关,在一定程度上可作为重庆市广泛耐药结核病的分子生物学特征,可作为传统药敏的替代方法之一。XDR-TB中gyrA基因联合rpoB基因及katG 315、mabA-inhA promoter基因突变率高达96.30%,一定程度上述四种基因联合可能作为XDR-TB的替代诊断方法之一对重庆地区广泛耐药结核病的分子指纹及耐药基因检测、临床资料检测发现重庆地区广泛耐药结核病患者中存在严重的耐药结核及广泛耐药结核的传播,以及在此基础上的获得性和扩大性耐药,甚至在此基础上进一步的原发性耐药、获得性耐药和扩大性耐药,甚至7个患者中3个患者存在多重感染情况。应在进一步规范耐药结核治疗的同时加强结核病的管理。
谭景尹[10]（2011）在《PCR—膜芯片?技术检测结核杆菌耐药基因突变的应用研究》文中指出20世纪80年代后期以来,伴随人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的流行、结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）耐药菌株的出现以及流动人口的增加,全球结核病（tuberculosis,TB）疫情急剧恶化,严重威胁着人类健康。目前,全世界每年TB死亡人数高达300万。随着联合药物的使用,MTB的耐药菌株也在不断的出现和传播。据WHO 2008年1月的调查报告[1]显示,耐药结核病（drug-resistant tuberculosis,DR-TB ）的发病率创历史最高纪录,中国结核病耐药的严重程度在全球范围内仅次于俄罗斯,DR-TB已成为我国严重的公共卫生和社会问题。结核病实验室诊断和耐药性检测技术研究一直是国内外共同关注的焦点[2]。MTB培养加药敏试验仍是目前临床广泛采用鉴定MTB及其耐药性的“金标准”,但它对结核杆菌尤其是耐药菌株的检出率很低,所需时间较长,无法满足临床辅助诊断与指导用药的需要[3,4]。反向点膜杂交（reverse dot blot hybridization ,RDB）法应用DNA探针、核酸杂交、酶联显色3方面技术,同时检测MTB多个药物的耐药性[5],是目前国内外研究的热点。本课题组在前期研究中,以临床分离株为对象利用RDB法初步构建了检测耐药结核杆菌的膜芯片及反应体系。本研究以石蜡包埋组织标本为对象,从DNA的提取方法、多重PCR的反应体系及膜芯片的杂交条件三方面对整个检测体系进行优化,并将优化后的PCR-膜芯片体系直接用于检测石蜡包埋组织及痰液等临床标本的非培养结核杆菌及其耐药情况,结合药敏试验及测序结果对PCR-膜芯片检测结果进行比较分析。目的:优化结核分枝杆菌耐药基因膜芯片检测体系,探讨PCR-膜芯片技术直接应用于临床标本中结核杆菌耐药性检测的方法。方法:1、以石蜡包埋组织标本为对象,首先对提取DNA的方法进行优化。分别以氯化钠盐析法、酚-氯仿抽提法、一步法、试剂盒法提取石蜡包埋组织中结核杆菌的DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳、PCR及TB膜芯片分析所提取DNA的质量;2、根据课题组前期建立的结核杆菌多重PCR体系扩增石蜡包埋组织中结核杆菌的耐药基因,通过调整引物组合、模板DNA的加入量及PCR反应的循环次数进行优化;3、根据课题组前期建立的结核杆菌耐药膜芯片体系检测石蜡包埋组织中结核杆菌耐药基因突变,通过调整膜芯片杂交时间及显色时间进行优化;4、综合各项优化条件,构建优化后PCR-膜芯片检测体系。5、采集100例石蜡包埋的肺或淋巴结组织标本（结核病人80例,非结核病人20例）,采集82例痰标本（结核病人64例,非结核病人18例）;6、利用TB膜芯片检测石蜡包埋组织标本和痰标本中的结核杆菌IS6110基因,结果与抗酸染色镜检及痰涂片结果进行比较分析;7、利用优化的PCR-膜芯片检测体系,直接检测TB膜芯片阳性的石蜡包埋组织及痰标本中的结核杆菌及其耐药基因突变,结果与药敏试验及DNA测序结果进行分析比较。结果:1、氯化钠盐析法提取的DNA （19.338±6.270μg）和一步法提取的DNA（20.050±5.591μg）最多（P<0.001）,PCR与TB膜芯片验证显示氯化钠盐析法与酚-氯仿法提取到质量较高的结核杆菌DNA;2、扩增石蜡包埋组织中结核杆菌耐药基因的多重PCR的最适条件为:引物组合调整为RKE、IAG、PRP、RRI,模板DNA的加入量为5μl, PCR反应的循环次数为38;3、检测石蜡包埋组织中结核杆菌耐药基因突变膜芯片杂交的最适条件为:杂交时间为6h及以上,显色时间为15min;4、TB膜芯片检测石蜡包埋组织标本和痰标本中的结核杆菌IS6110基因,特异度分别为100%（20/20）和100%（18/18）,灵敏度分别为52.5%（42/80）和81.3%（52/64）。5、优化后PCR-膜芯片直接检测石蜡包埋组织结核杆菌耐药基因突变,在42例TB膜芯片确认结核杆菌阳性的标本中,检出5例存在耐药基因的突变,其突变位点与测序结果基本符合。6、优化后PCR-膜芯片直接检测痰样结核杆菌耐药基因突变,在52例确认结核杆菌阳性的痰样中,检出5例存在耐药基因突变,其中4例临床药敏试验显示为耐药,该4例标本的PCR-膜芯片检测结果与药敏及测序结果基本符合;在痰培养阴性的样本中,PCR-膜芯片检测1例出现耐药基因突变,突变位点与测序结果一致,提示异烟肼耐药的可能。结论:1、氯化钠盐析法具有高效简便的特点,是较为理想的石蜡包埋组织结核杆菌DNA的提取方法。2、TB膜芯片检测石蜡包埋组织标本和痰标本中结核杆菌,检出率明显高于抗酸染色镜检法和痰涂片法。3、优化后PCR-膜芯片体系可直接检测石蜡包埋组织及痰样等临床标本结核杆菌耐药基因突变;48小时内提供耐药信息,为临床耐药结核病的快速诊断提供有意义的辅助参考。
二、结核分支杆菌inhA基因突变的测序研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、结核分支杆菌inhA基因突变的测序研究（论文提纲范文）
（1）北京地区复治结核病患者菌型分析及耐药性研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一章 北京耐药监测点结核分枝杆菌的耐药性研究 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 临床分离株耐药基本情况 |
| 3.2 各种耐药类型的耐药情况 |
| 3.3 各种耐药类型在不同社会学特征中的耐药情况 |
| 3.4 分子线性探针( LPAs)检测与耐药性相关的突变 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 北京怀柔耐药监测点结核分枝杆菌表型耐药情况 |
| 4.2 线性探针技术( LPAs)在耐药监测中的应用 |
| 参考文献 |
| 第二章 北京地区复治结核病耐药性研究 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 分子药敏结果 |
| 3.2 分子线性探针(LPAs)检测与耐药性相关的突变 |
| 3.3 不同复治类型患者临床特征比较 |
| 3.4 复治患者临床分离株比例法耐药谱 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 复治结核病患者的耐药情况 |
| 4.2 耐药结核病的治疗进展 |
| 参考文献 |
| 第三章 北京地区复治结核病患者菌型分析 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 复治结核患者配对菌株VNTR结果比对 |
| 3.2 获得性耐药和原发性耐药 |
| 3.3 复治结核病患者分离株VNTR分型和聚类分析 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 北京复治结核病患者发病原因分析 |
| 4.2 MIRU-VNTR在结核分枝杆菌分型中的应用 |
| 参考文献 |
| 第四章 全基因组测序在耐多药结核分枝杆菌中的应用 |
| 第一节 研究背景 |
| 第二节 材料与实验方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 3.1 谱系鉴定 |
| 3.2 遗传距离分析 |
| 3.3 耐药预测 |
| 第四节 讨论 |
| 4.1 结核分枝杆菌的谱系鉴定及传播 |
| 4.2 结核分枝杆菌耐药突变位点分析 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 全基因组测序在结核病分子流行病学研究中的进展 |
| 参考文献 |
| 附表1 配对菌株基因型比对结果 |
| 附表2 样本基因组与H37Rv比对信息 |
| 附表3 MDR菌株谱系及与一线药耐药相关的基因突变位点 |
| 附表4 MDR菌株与AB组药耐药相关的基因突变位点 |
| 附表5 MDR菌株与C组药耐药相关的基因突变位点 |
| 学位论文答辩委员会组成及答辩决议 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（2）基因芯片技术在新发涂阳肺结核患者结核杆菌菌种鉴定及药敏试验中的应用（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 对象 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 菌株收集及分离 |
| 1.2.2 菌株分型 |
| (1)Spoligotyping法： |
| (2)基因芯片法： |
| 1.2.3 药敏性试验 |
| (1)绝对浓度法： |
| (2)基因芯片法： |
| 1.3 统计分析 |
| 2 结 果 |
| 2.1 基因芯片法菌种鉴定结果分析 |
| 2.2 基因芯片技术对利福平、异烟肼耐药基因检测结果 |
| 2.3 基因芯片技术对利福平、异烟肼耐药检测结果 |
| 2.4 基因芯片技术对多药耐药的检测价值 |
| 3 讨 论 |
（3）大理地区非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定及耐药性分析（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 大理地区非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定 |
| 材料与方法 |
| 1 实验材料 |
| 2 方法 |
| 结果 |
| 1 抗酸染色镜检 |
| 2 部分分枝杆菌菌落生长情况 |
| 3 鉴别培养基初步菌种鉴定结果 |
| 4 16S rRNA、hsp65和rpoB基因的PCR扩增及测序后比对结果分析 |
| 5 菌种分布情况 |
| 6 脓肿分枝杆菌亚种的菌种鉴定 |
| 7 系统进化树的分析 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 非结核分枝杆菌的耐药性研究 |
| (一)非结核分枝杆菌的药物敏感性测定 |
| 材料 |
| 1 菌株来源 |
| 方法 |
| 1 NTM的传代培养 |
| 2 NTM的药物敏感性测定 |
| 3 质量控制 |
| 结果 |
| 1 NTM在药敏培养基上生长情况 |
| 2 鸟分枝杆菌和脓肿分枝杆菌药敏培养结果 |
| 3 鸟分枝杆菌和脓肿分枝杆菌对抗结核药物的耐药情况 |
| 讨论 |
| 小结 |
| (二)非结核分枝杆菌耐药相关基因分析 |
| 材料 |
| 1 菌株来源 |
| 2 主要仪器和试剂 |
| 方法 |
| 1 引物的设计与合成 |
| 2 鸟分枝杆菌和脓肿分枝杆菌基因组DNA的提取 |
| 3 PCR扩增 |
| 4 PCR产物电泳 |
| 5 PCR产物回收、纯化和测序 |
| 结果 |
| 1 脓肿分枝杆菌inhA基因的扩增、测序和比对结果 |
| 2 脓肿分枝杆菌rpoB2基因的扩增、测序和比对结果 |
| 3 鸟分枝杆菌rpoB1基因的扩增、测序和比对结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文的情况 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（4）结核分枝杆菌异烟肼耐药突变的高灵敏检测及分枝杆菌快速鉴定的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 绪论 |
| 第一节 结核病概况 |
| 1.1 结核病流行概况 |
| 1.2 结核分枝杆菌概况 |
| 第二节 耐药结核病的诊断和治疗 |
| 2.1 结核分枝杆菌耐药的产生机制 |
| 2.2 结核分枝杆菌异质性耐药 |
| 2.3 耐药结核病的诊断 |
| 2.4 耐药结核病的治疗 |
| 第三节 分枝杆菌菌种鉴定 |
| 3.1 非结核分枝杆菌 |
| 3.2 非结核分枝杆菌病 |
| 3.3 混合感染问题 |
| 3.4 分枝杆菌菌种鉴定方法 |
| 第四节 荧光探针熔解曲线技术 |
| 第五节 本论文的研究内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 结核分枝杆菌异烟肼耐药突变的高灵敏检测 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 材料和方法 |
| 2.1 菌株来源 |
| 2.2 核酸提取 |
| 2.3 引物及探针的设计 |
| 2.4 仪器和实验材料 |
| 2.5 人工合成的靶序列熔解曲线分析 |
| 2.6 单重DeepMelt体系的建立 |
| 2.7 多重异烟肼耐药突变检测体系的建立 |
| 2.8 DeepMelt TB/INH体系分析性能的考察 |
| 2.9 临床标本检测 |
| 2.10 DNA测序 |
| 2.11 数字PCR |
| 第三节 结果与分析 |
| 3.1 DeepMelt的工作原理 |
| 3.2 单重DeepMelt体系检测低比例基因突变的能力考察 |
| 3.3 多重异烟肼耐药突变检测体系的建立 |
| 3.4 DeepMelt TB/INH体系的分析性能考察 |
| 3.5 临床标本评价 |
| 3.6 数字PCR |
| 第四节 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三章 临床常见分枝杆菌的快速鉴定 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 材料和方法 |
| 2.1 菌株和质粒来源 |
| 2.2 基因组DNA提取 |
| 2.3 引物和探针设计 |
| 2.4 仪器和实验材料 |
| 2.5 分枝杆菌鉴定体系的建立 |
| 2.6 内参基因的引入 |
| 2.7 分枝杆菌鉴定体系的分析性能评价 |
| 2.8 临床标本验证 |
| 2.9 DNA测序 |
| 第三节 结果与分析 |
| 3.1 分枝杆菌鉴定体系的设计 |
| 3.2 分析性能的评价 |
| 3.3 临床标本验证 |
| 第四节 讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 中国五个地区分枝杆菌菌种分布的初步研究 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 材料和方法 |
| 2.1 标本来源 |
| 2.2 DNA提取方法 |
| 2.3 检测试剂、仪器与PCR扩增和熔解程序 |
| 2.4 判读标准 |
| 2.5 对照方法验证 |
| 第三节 结果和分析 |
| 第四节 讨论 |
| 参考文献 |
| 附表 51株分枝杆菌参考株 |
| 英文缩写索引 |
| 博士期间发表交流论文 |
| 致谢 |
（5）高分辨率熔解曲线技术用于结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药性的快速检测（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 菌株 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.1.3 主要仪器与设备 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 比例法药敏实验 |
| 1.2.2 结核分枝杆菌DNA的提取及HRM检测模板浓度的标准化 |
| 1.2.3 异烟肼耐药决定区 (IRDR) DNA测序分析 |
| 1.2.4 高分辨率熔解曲线 (HRM) 分析 |
| 1.2.5 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 比例法药敏实验结果 |
| 2.2 异烟肼耐药决定区 (IRDR) DNA测序分析结果 |
| 2.2.1 目的基因KatG和inhA的扩增结果 |
| 2.2.2 目的基因KatG和inhA的测序分析 |
| 2.2.3 各菌株在异烟肼耐药决定区的突变位点分析 |
| 2.2.4 KatG基因和inhA基因各位点突变类型及密码子变化 |
| 3 评估用HRM对结核分枝杆菌异烟肼耐药性进行检测的价值 |
| 3.1 以DNA测序检测到突变判断菌株耐药性的效率 |
| 3.2 用高分辨率溶解曲线 (HRM) 检测菌株耐药突变的效率 |
| 3.2.1 目的基因KatG和inhA的HRM扩增 |
| 3.2.2 KatG基因和inhA基因突变位点的HRM分析 |
| 3.3 评估高分辨率溶解曲线 (HRM) 检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的应用价值 |
| 4 讨论 |
（6）结核杆菌inhA基因突变与肺痨康治疗耐异烟肼肺结核分子机制关系初探（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 引言 |
| 1 研究背景 |
| 2 技术路线 |
| 实验研究 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验菌株 |
| 1.3 实验药物 |
| 1.4 主要试剂 |
| 1.5 主要仪器及设备 |
| 1.6 实验场地 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 实验动物分组 |
| 2.2 造模方法 |
| 2.3 药液制备 |
| 2.4 治疗剂量 |
| 3 检测指标及方法 |
| 3.1 小鼠一般体征与体重 |
| 3.2 小鼠肺脏的形态 |
| 3.2.1 肉眼下小鼠肺脏形态的观察 |
| 3.2.2 光镜下肺脏病理形态的观察 |
| 3.3 小鼠肺部细菌培养与菌落计数 |
| 4 全基因测序实验 |
| 4.1 基因组DNA抽提与质检 |
| 4.1.1 样品抽提 |
| 4.1.2 样品质检 |
| 4.2 测序文库构建 |
| 4.2.1 文库构建 |
| 4.2.2 测序文库质检 |
| 4.2.3 Cluster生成 |
| 4.2.4 上机测序 |
| 4.3 测序序列质量评估 |
| 4.4 测序深度与覆盖度统计 |
| 5 数据分析 |
| 5.1 一般实验数据分析 |
| 5.2 基因测序结果数据分析 |
| 6 实验结果 |
| 6.1 小鼠体征以及体重变化 |
| 6.1.1 一般状态的改变 |
| 6.1.2 体重的变化 |
| 6.2 模型小鼠肺脏形态改变 |
| 6.2.1 肉眼下小鼠肺脏形态的观察 |
| 6.2.2 光镜下小鼠肺脏形态的观察 |
| 6.3 小鼠肺部结核杆菌培养与菌落计数 |
| 6.4 小鼠肺组织结核杆菌全基因测序 |
| 6.4.1 文库质检结果 |
| 6.4.2 测序质量评估结果 |
| 6.4.3 Mapping genome比对信息结果 |
| 6.4.4 覆盖度和测序深度的结果 |
| 6.4.5 inhA基因SNV检测结果 |
| 讨论 |
| 1 耐异烟肼肺结核研究与治疗概要 |
| 1.1 西医对耐药肺结核的研究与治疗 |
| 1.1.1 西医对肺结核的认识 |
| 1.1.2 耐药肺结核产生的原因 |
| 1.1.3 结核杆菌耐异烟肼的分子机制 |
| 1.1.4 西医对耐药肺结核的治疗 |
| 1.2 中医对肺结核的研究与治疗 |
| 1.2.1 中医对肺结核病因病机的认识 |
| 1.2.2 中医药对肺结核的治疗 |
| 2 肺痨康的来源、组方结构及立方依据 |
| 2.1 肺痨康的来源及组成 |
| 2.2 肺痨康主要用药分析 |
| 2.3 肺痨康立方依据及配伍意义 |
| 3 对肺结核小鼠模型评价及肺痨康对耐异烟肼肺结核小鼠的治疗作用 |
| 3.1 肺结核小鼠动物模型的评价 |
| 3.2 肺痨康对耐异烟肼肺结核模型小鼠的治疗作用 |
| 4 肺痨康治疗耐异烟肼肺结核的作用机制与inhA基因突变关系探讨 |
| 4.1 基因突变概况 |
| 4.2 inhA基因概况 |
| 4.3 肺痨康对异烟肼耐药基因inhA的影响 |
| 结论 |
| 问题与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附件1：附图 |
| 附件2：文献综述 |
| 参考文献 |
| 附件3：在读期间公开发表的学术论文、专着及科研成果 |
（7）新疆地区TB合并HIV感染流行病学分析及耐药结核分子机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 新疆地区结核分枝杆菌与艾滋病病毒双重感染的流行病学调查 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 调查方法 |
| 1.2.1 相关诊断标准 |
| 1.2.2 艾滋病的诊断标准 |
| 1.2.3 结核病合并艾滋病双重感染的界定 |
| 1.2.4 双向筛查技术 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.3.1 调查人员的培训 |
| 1.3.2 预调查 |
| 1.3.3 调查过程 |
| 1.3.4 资料录入过程 |
| 1.4 统计学分析 |
| 1.5 伦理学考虑 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 结核病人HIV感染特点及危险因素 |
| 2.2 HIV感染者/AIDS病人结核病感染特点及危险因素 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 第二章 新疆地区结核分枝杆菌的耐药现状的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及病例来源 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 主要试剂 |
| 1.2.2 主要仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 标本釆集 |
| 1.3.2 结核分枝杆菌培养 |
| 1.3.3 结核分枝杆菌菌种鉴定 |
| 1.3.4 药敏试验 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 纳入病例一般情况分析 |
| 2.2 药敏敏感性试验结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 第三章 新疆地区结核病耐药基因突变特征研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 耐药基因突变分析病例纳入 |
| 1.2 菌种鉴定和药敏试验 |
| 1.3 菌基因组DNA提取 |
| 1.4 实验材料和试剂 |
| 1.4.1 主要实验试剂及配制 |
| 1.4.2 主要仪器设备 |
| 1.5 耐药基因扩增及测序 |
| 1.5.1 耐药基因扩增及测序 |
| 1.5.2 测序结果比对 |
| 1.5.3 数据处理与分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 耐药基因序列比对结果 |
| 2.2 耐多药结核分枝杆菌rpoB基因突变特征 |
| 2.3 耐多药结核分枝杆菌katG基因突变特征 |
| 2.4 inhA基因突变及其特点 |
| 2.5 katG基因与inhA基因联合突变 |
| 2.6 基因突变与药敏的关系 |
| 3 讨论 |
| 第四章 新疆地区结核病患者CISH基因遗传易感性研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验试剂和仪器 |
| 1.2.1 主要试剂、试剂盒 |
| 1.2.2 实验仪器 |
| 1.2.3 溶液配制 |
| 1.2.4 琼脂糖凝胶的配置 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 血液基因组DNA的提取 |
| 1.3.2 CISH基因SNP位点的选择 |
| 1.3.3 遗传平衡定律 |
| 1.3.4 SNP基因型的检测 |
| 1.3.5 构建SNPs的单倍型 |
| 1.3.6 统计学分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 样本DNA质量检测 |
| 2.2 Hardy-Weinberg遗传平衡检验 |
| 2.3 病例-对照人群SNP等位基因及其基因型比较 |
| 2.4 病例-对照人群单倍型比较 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述一 |
| 参考文献 |
| 综述二 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 |
| 附录 |
| 致谢 |
（8）中国结核菌耐多药和广泛耐药相关基因突变特征及MAS-PCR研究（论文提纲范文）
| Abbreviation（缩略词） |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 中国耐多药和广泛耐药结核分枝杆菌耐药相关基因突变特征分析 |
| 材料与方法 |
| 一、实验材料 |
| 二、试验方法 |
| 实验结果 |
| 一、药物敏感性实验结果 |
| 二、耐药相关基因测序结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 MAS-PCR 技术用于诊断耐多药和广泛耐药结核病的研究 |
| 材料与方法 |
| 一、实验材料 |
| 二、实验方法 |
| 结果 |
| 1. 比例法检测药敏结果 |
| 2. 测序结果 |
| 3. MAS‐PCR 检测结核分枝杆菌耐药性结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 本研究基金资助项目 |
| 已发表文章 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）中国部分地区广泛耐药结核菌耐基因分布特点及演变规律研究（论文提纲范文）
| 缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACTS |
| 第一章 综述 |
| 第一节 广泛耐药结核病的流行概况和现状 |
| 第二节 广泛耐药结核病的危险因素和耐药机制 |
| 第三节 广泛耐药结核病的诊断 |
| 第四节 广泛耐药结核病的防治 |
| 参考文献 |
| 第二章 中国部分地区广泛耐药结核病的耐药基因分布特点研究 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 材料与方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节 总结 |
| 参考文献 |
| 第三章 中国部分地区(重庆)XDR-TB发生的分子机制 |
| 第一节 引言 |
| 第二节 材料和方法 |
| 第三节 实验结果 |
| 第四节、讨论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 硕士期间科研成果 |
| 致谢 |
（10）PCR—膜芯片?技术检测结核杆菌耐药基因突变的应用研究（论文提纲范文）
| 主要缩略语 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1 主要试剂和仪器 |
| 2 试剂配制 |
| 3 技术路线 |
| 4 标本来源、分类及留取方法 |
| 5 标本处理及 DNA 的提取 |
| 6 石蜡包埋组织 DNA 提纯方法的比较 |
| 7 多重 PCR 扩增结核杆菌耐药基因体系的优化 |
| 8 多探针膜芯片检测结核杆菌耐药基因突变体系的优化 |
| 9 TB 膜芯片检测标本中结核杆菌的 IS6110 基因 |
| 10 PCR-膜芯片 检测标本中结核杆菌的耐药基因 |
| 11 DNA 测序验证 |
| 12 统计分析 |
| 结果 |
| 1 石蜡包埋组织 DNA 提取方法的比较结果 |
| 2 多重 PCR 反应条件的优化结果 |
| 3 多探针膜芯片杂交条件的优化 |
| 4 石蜡包埋组织标本的检测结果 |
| 5 痰标本的检测结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 结核杆菌耐药机制及耐药基因 突变检测方法的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
四、结核分支杆菌inhA基因突变的测序研究（论文参考文献）
- [1]北京地区复治结核病患者菌型分析及耐药性研究[D]. 张洁. 北京市结核病胸部肿瘤研究所, 2021
- [2]基因芯片技术在新发涂阳肺结核患者结核杆菌菌种鉴定及药敏试验中的应用[J]. 董启珍,赵承杰,吴晓茹. 中华医院感染学杂志, 2021(07)
- [3]大理地区非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定及耐药性分析[D]. 程睿儇. 大理大学, 2019(01)
- [4]结核分枝杆菌异烟肼耐药突变的高灵敏检测及分枝杆菌快速鉴定的研究[D]. 梁斌. 厦门大学, 2018(08)
- [5]高分辨率熔解曲线技术用于结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药性的快速检测[J]. 杨彩虹,杨敏,于璐,包海洋,吴长新,曹旭东,陈创夫. 中国人兽共患病学报, 2017(05)
- [6]结核杆菌inhA基因突变与肺痨康治疗耐异烟肼肺结核分子机制关系初探[D]. 卢振方. 成都中医药大学, 2016(05)
- [7]新疆地区TB合并HIV感染流行病学分析及耐药结核分子机制研究[D]. 王先化. 青岛大学, 2015(04)
- [8]中国结核菌耐多药和广泛耐药相关基因突变特征及MAS-PCR研究[D]. 陈燕. 南华大学, 2014(03)
- [9]中国部分地区广泛耐药结核菌耐基因分布特点及演变规律研究[D]. 范晓萍. 复旦大学, 2011(01)
- [10]PCR—膜芯片?技术检测结核杆菌耐药基因突变的应用研究[D]. 谭景尹. 广西医科大学, 2011(08)