一、欧盟完成草木樨根瘤菌基因组测序（论文文献综述）
黄倩[1]（2021）在《黄土高原土壤固碳微生物及其固定CO2的机理》文中进行了进一步梳理二氧化碳的固定是缓解气候变化的有效途径之一,土壤碳循环过程中,除植被光合作用、枯落物分解和植物根系及其分泌物对碳固定贡献外,土壤中自身具有固定二氧化碳作用的微生物也是土壤碳固定积累加快的重要原因之一。黄土高原植被恢复后土壤有机碳储量积累加快,然而微生物的固碳作用及其对有机碳的积累贡献还尚不清楚。为此,本研究以黄土高原3个不同植被区（森林区、森林草原区和草原区）的典型土壤为研究对象,通过13CO2室内标记试验分析土壤微生物碳同化量及其速率变化特征。基于3个植被区土壤微生物碳同化潜力差异,通过宏基因组测序技术手段分析了不同植被区土壤中固碳微生物群落丰度和代谢途径变化特征;利用微生物分离培养筛选可培养固碳菌株,并探讨了影响固碳微生物群落和固碳潜力的因素。主要结果和结论如下:1、13CO2室内标记试验证实了微生物将CO2同化为SOC的过程。草原区土壤微生物的碳同化量(1.64 mg kg-1)虽然低于森林草原区(3.14 mg kg-1)和森林区(5.30 mg kg-1),但13δ的增加量显着高于森林草原区和森林区,13C-Csoc对SOC的贡献率从森林区的0.01%增加到草原区的0.03%。这表明在降水量低、养分受限的草原区土壤中,微生物将大气中的CO2同化为有机碳的过程是一个重要的碳积累途径。2、沿森林区到草原区,土壤微生物的序列数在64,219,379～67,773,074范围之间。草原区土壤微生物的数量远高于森林草原区和森林区。3个植被区土壤的微生物均主要由细菌组成（96%以上）,固碳基因的预测数在354,341～703,257范围之间,土壤固碳微生物群落占总微生物群落的0.55%～1.04%。3、三个植被区土壤中具有固定CO2的优势固碳微生物隶属于以下7个门类:放线菌门、变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、奇古菌门和芽单胞菌门。不同植被区土壤固碳微生物群落结构差异显着,占主导地位的微生物类群发生了变化:固定CO2的微生物在森林区土壤主要为变形菌门,占41.1%;在森林草原区和草原区土壤中主要为放线菌门,分别占46.7%和57.0%。优势固碳微生物隶属于以下8个属:Solirubrobacter,红色杆菌属（Rubrobacter）,Conexibacter,鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）,Pyrinomonas,Bradyhizobium,链霉菌属（Streptomyces）和类诺卡氏菌（Nocardioides）。4、三个植被区土壤中固碳微生物通过8条代谢途径进行二氧化碳固定,即还原柠檬酸循环（r TCA cycle）、二羟酸酯-羟基丁酸循环（DC/4-HB）、卡尔文循环（Calvin cycle）、3-羟丙酸双循环（3-HP cycle）、羟基丙酸-羟基丁酸循环（3-HP/4-HB cycle）、CAM、C4-Dicarboxylic acid cycle和还原乙酰辅酶A通路（WL pathway）。不同植被区土壤固碳微生物的固碳途径具有显着性差异:三个植被区土壤中还原柠檬酸循环（r TCA cycle）途径丰度最高,分别在森林区、森林草原区和草原区占23.8%、23.2%和22.3%。卡尔文循环在草原区（13.2%）的丰度显着高于森林区及森林草原区,即分别高于18.2%和8.3%。此外,还原柠檬酸循环和3-羟基丙酸双循环在森林区土壤同化大气CO2的过程中发挥着重要作用;二羟酸酯-羟基丁酸循环和羟基丙酸-羟基丁酸循环途径在森林草原区土壤土壤同化大气CO2的过程中发挥着重要作用;卡尔文循环和CAM途径在草原区土壤同化大气CO2的过程中比其他代谢途径作用大,尤其是卡尔文循环。5、参与代谢途径中的编码酶基因决定固碳途径的效率,其关键酶基因丰度在不同植被区土壤中有显着性差异,且与微生物碳同化量存在显着相关关系。还原柠檬酸循环途径中的关键酶基因EC（1.2.7.1）和EC（1.2.7.3）在森林区土壤中的相对丰度是森林草原区土壤的1.21倍和1.23倍。卡尔文循环途径中的关键编码酶基因EC（4.1.1.39）的相对丰度在草原区表层土壤中为1.04%,分别是森林草原区和森林区表层土壤的2.17和2.79倍。当外界环境变化时,微生物关键酶基因多寡的表达调控着固碳途径的过程,影响微生物同化大气CO2的能力。6、年平均降水量、纬度和土壤养分是影响不同植被区土壤固碳微生物群落差异的环境因素,降水量是影响不同植被区土壤固碳微生物代谢途径的主导环境因素。不同植被区土壤微生物同化碳能力不仅受环境因素的影响,而且还受固碳微生物群落组成、代谢途径（尤其是卡尔文循环、还原柠檬酸循环和3-羟基丙酸双循环）和参与代谢途径的编码酶基因的影响。7、森林草原区草地土壤中可培养的10株固碳菌是:假单胞菌（Pseudomonas＿putida）,芽孢杆菌（Bacillus＿cereus）,链霉菌（Streptomyces＿phaeochromogenes）,苜蓿中华根瘤菌（Sinorhizobium＿meliloti）,土壤杆菌（Agrobacterium＿sp.＿BD-32）,链霉菌（Streptomyces＿virginiae）,杆菌（Enterobacter＿kobei）,短波单胞菌属（Brevundimonas＿vesicularis）,根瘤菌（Rhizobium＿sp）,和不动杆菌（Acinetobacter＿lwoffii）。其中Bacillus＿cereus菌株隶属于厚壁菌门（Firmicutes）,Streptomyces＿phaeochromogenes、和Streptomyces＿virginiae菌株隶属于放线菌（Actinobacteria）,其余菌株都隶属于变形菌门（Proteobacteria）。
兰晓君[2]（2020）在《六种甘肃乡土草根际促生菌资源筛选、评价及促生机理研究》文中研究表明土壤是生命之本、农业之基,国内耕地土壤退化的严峻程度,已经严重威胁到国家农业和粮食安全。作为农业大省,甘肃同样面临着化肥和农药不当使用带来的土壤退化、环境污染和农产品安全等问题,解决这一问题的思路之一就是用生物菌肥替代一定比例的化肥和农药,改良土壤结构、减轻环境污染和确保农产品安全。生物菌肥研发的基础是获取丰富多样的促生菌资源,促生菌资源是生物资源之一,是国家资源安全战略的重要组成部分。甘肃省地域内有高原、河谷、山地、冰川、森林、草原和荒漠,地质地理环境复杂多样,孕育着丰富的生物物种资源。乡土草作为本地优势植物,既维系自然生态系统的平衡,也为农牧业生产提供产品和原材料。在乡土草根际栖息着大量种类繁多、功能各异的微生物,是天然的菌种资源宝库,亟待研究人员探索、研究、保护和利用。本研究以红豆草（Onobrychis viciifolia）、珠芽蓼（Polygonum viviparum）、洽草（Koeleria cristata）、当归（Angelica sinensis）、羌活（Notopterygium incisum）和沙葱（Allium mongolicum）6种甘肃特色乡土草根际微生物为研究对象,采用选择性培养基分离植物根际促生菌;通过溶磷、固氮、分泌IAA和生防等促生特性的研究,筛选优良的植物根际促生菌,并对促生特性优良的菌株进行鉴定和保藏;通过根瘤菌回接实验、共生固氮基因克隆和全基因组测序分析研究根瘤菌与红豆草的共生固氮机理,通过检测不同p H条件下菌株分泌有机酸种类和含量及溶磷菌pqq C基因的表达研究溶磷机理,通过检测6株生防芽孢杆菌的抑菌谱及克隆其脂肽基因来探究芽孢杆菌生防机理。主要研究结果与结论如下:（1）固氮菌中,分离自沙葱根际的菌株MSN-1、MSN-4和MSN-6固氮酶活性最高,分别是57.07、60.82和64.41nmol C2H4·h-1m L-1,显着优于分离自其它植物根际的44株固氮菌（p<0.01）;分离自红豆草根瘤的菌株LD-1,回接后根瘤固氮酶活性是6.42umol C2H4·g-1·h-1,菌株HD-4能与红豆草结瘤但根瘤并没有检测出固氮酶活性。溶磷菌中,16株菌溶解无机磷能力优良,溶磷量224.69～420.33μg/m L,其中菌株LHP-1分离自红豆草根际,菌株TZP-2、TZP-3、TZP-7、TZP-8和TZP-12分离自珠芽蓼根际,菌株TQP-1、TQP-2和TQP3分离自洽草根际,菌株MDP-4、MDP-7和MDP-8分离自当归根际,WQP-1、WQP-5、WQP-6和WQP-7分离自羌活根际;溶解有机磷能力优良的菌株（溶磷指数>200%）有24株,其中分离自羌活根际的菌株WQM-11和WQM-13最为优良,溶磷指数分别达到411%和434%;分泌IAA能力优良的菌株是分离自羌活根际的TQP-3和沙葱根际的MSN-6,分泌IAA的量分别达到26.17和27.67μg/ml,与其它分泌IAA的菌株相比差异显着（p<0.01）。（2）优良根际促生菌鉴定结果为:3株固氮酶活性最高的固氮菌鉴定结果是苜蓿剑菌（Ensifer meliloti）;与红豆草结瘤固氮的菌株LD-1鉴定为杨凌根瘤菌（Rhizobium.yanglingense）,结瘤不固氮的菌株HD-4鉴定为刺槐中慢生根瘤菌（Mesorhizobium robiniae）;16株溶解无机磷能力优良的菌株鉴定分别属于地中海假单胞菌（Pseudomonas mediterranea）、格氏假单胞菌（Pseudomonas grimontii）、猴假单胞菌（Pseudomonas simiae）、油菜假单胞菌（Pseudomonas brassicacearum）、Pseudomonas laurylsulfatiphila、Pseudomonas frederiksbergensis、Pseudomonas thivervalensis和醋酸钙不动杆菌（Acinetobacter calcoaceticus）;溶解有机磷最优良的两株菌WQM-11和WQM-13经鉴定均属于Falsirhodobacter deserti;分泌IAA突出的菌株MSN-6和TQP-3分别被鉴定为苜蓿剑菌（Ensifer meliloti）和未定种假单胞菌（Pseudomonas sp.）;6株生防菌鉴定分别属于萎缩芽孢杆菌（Bacillus atrophaeus）、高山芽孢杆菌（Bacillus altitudinis）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）和暹罗芽胞杆菌（Bacillus siamensis）。（3）12株根瘤菌与红豆草回接实验结果显示:杨凌根瘤菌LD-1与红豆草结瘤固氮,刺槐中慢生根瘤菌HD-4与红豆草结瘤不固氮,其余10株根瘤菌与红豆草不结瘤;结瘤因子基因（nod A、nod B、nod C和nod D）与固氮酶结构基因（nif H、nif D和nif K）克隆结果显示:杨凌根瘤菌LD-1具有全部的结瘤因子和固氮酶基因,刺槐中慢生根瘤菌HD-4克隆出完整的结瘤基因,但固氮酶基因缺乏nif D,其余10株根瘤菌没有克隆出任何结瘤基因和固氮酶基因,因此结瘤因子基因与固氮酶结构基因的完整性是确保根瘤菌与红豆草共生固氮的分子遗传学基础;杨凌根瘤菌LD-1全基因组测序结果分析显示92.3%的共生与固氮基因（包括结瘤因子和固氮酶基因）位于质粒4上,质粒4是杨凌根瘤菌LD-1的共生质粒。（4）13种假单胞菌（Pseudomonas graminis、Pseudomonas putida、Pseudomonas simiae、Pseudomonas mandelii、Pseudomonas chlororaphis、Pseudomonas arsenicoxydans、Pseudomonas grimontii、Pseudomonas mediterranea、Pseudomonas thivervalensis、Pseudomonas frederiksbergensis、Pseudomonas antarctica、Pseudomonas helmanticensis和Pseudomonas paralactis）和1种不动杆菌（Acinetobacter calcoaceticus）通过分泌葡萄糖酸、草酸、苹果酸、乳酸、乙酸或柠檬酸中的一种或多种溶解无机磷酸盐;12种假单胞菌（Pseudomonas graminis、Pseudomonas putida、Pseudomonas simiae、Pseudomonas mandelii、Pseudomonas chlororaphis、Pseudomonas arsenicoxydans、Pseudomonas grimontii、Pseudomonas mediterranea、Pseudomonas thivervalensis、Pseudomonas antarctica、Pseudomonas frederiksbergensis和Pseudomonas helmanticensis）有机酸分泌量和pqq C基因的相对表达量随着培养液p H值的降低而增加,p H下降期间pqq C基因表达表现为上调。（5）抑菌实验表明:6株生防芽孢杆菌均对小麦长蠕孢B1、茄链格孢B2、尖孢镰刀菌B3、立枯丝核菌B4、油菜菌核菌B5和玉米小斑病菌B6有不同程度的拮抗作用,萎缩芽孢杆菌TZF1还具有拮抗钙果冠瘿病原细菌Rhizobium radiobacter BJ-2的作用。萎缩芽孢杆菌TZF1对6种病原真菌的抑菌率在64%以上,对其中尖孢镰刀菌B3、立枯丝核菌B4和油菜菌核菌B5的抑菌率显着优于其它5株生防菌（p<0.01）。脂肽基因克隆显示:6株生防芽孢杆菌均克隆出伊枯草菌素基因,表面活性素基因只有萎缩芽孢杆菌TZF1被克隆出,萎缩芽孢杆菌TZF1和枯草芽孢杆菌TQF1克隆出了溶杆菌素D基因,所有6株生防芽孢杆菌都没有克隆出丰原素基因。上述结果表明携载伊枯草菌素基因是6株生防芽孢杆菌拮抗6种病原真菌的分子遗传学基础,表面活性素基因是萎缩芽孢杆菌TZF1拮抗病原细菌放射根瘤菌BJ-2的分子遗传学原因。
梅错[3]（2020）在《箭筈豌豆毛状根转化体系的建立及其验证》文中认为箭筈豌豆（Vicia sativa）是豆科（Leguminosae）野豌豆属（Vicia）一年生牧草和绿肥作物,具有营养价值高、分布范围广、适应性强、生长周期短和耐寒性能突出等特点。然而,目前国内外关于箭筈豌豆遗传转化体系尚未见报道,这严重制约了对其基因功能验证和分子育种等方向的研究。因此,箭筈豌豆遗传转化体系亟需建立并优化。发根农杆菌（Agrobacterium rhizogenes）可诱导植物伤口处产生毛状根,其介导的毛状根体系已成功应用于大豆（Glycine max）、蒺藜苜蓿（Medicago truncatula）和紫花苜蓿（M.sativa）等豆科植物,但目前尚无箭筈豌豆的毛状根体系相关的报道。本文通过3种实验方法首次建立了发根农杆菌介导的箭筈豌豆毛状根遗传转化体系,并在此基础上成功建立毛苕子（V.villosa）等13种豆科牧草的毛状根转化体系,主要研究结果如下:1.切根侵染法:该方法选择在4 d龄的兰箭3号幼苗上切去3 mm的根尖,其余部分用作外植体,利用发根农杆菌菌株包裹兰箭3号外植体的伤口部位进行侵染,侵染3 d5 d后外植体伤口周围会产生转基因的毛状根。该方法可以在毛状根中检测到GUS、GFP和YFP报告基因,ARqua1和K599两种菌株均可诱导出毛状根产生,兰箭3号的毛状根诱导率为90%和99%,阳性毛状根的转化率为60%和80%;此外,根据GUS染色结果筛选出了最适合侵染箭筈豌豆的ARqua1菌株。还将此方法成功应用到其他3个箭筈豌豆亚种（V.sativa subsp.nigra）,箭筈豌豆亚种阳性毛状根转化率分别为66%、68%和82%。2.刺穿侵染法:该方法采用一次性注射器针头刺穿5 d龄的兰箭3号幼苗下胚轴,并在下胚轴的伤口处涂抹发根农杆菌菌糊进行侵染并诱导毛状根产生,侵染后7 d左右即可产生转基因的毛状根,此方法的毛状根诱导率和阳性转化率均可以达到43%。3.划伤浸染法:该方法通过分离和划伤兰箭3号幼苗的子叶和下胚轴作为外植体,利用发根农杆菌菌液浸染外植体,在诱导和共培养2 d后可发现部分下胚轴膨大且附近有毛状根产生。通过比较分析,在ARqua1农杆菌菌液OD600值为0.4和共培养时间为3 d的条件下对毛状根的诱导效率最高,毛状根诱导率和阳性转化率分别为60%和55%。4.根据箭筈豌豆的研究结果,采用切根侵染法和ARqua1菌株的毛状根诱导效率最高,以此为基础建立了其他13种豆科牧草的毛状根转化体系,包括毛苕子（V.villosa）、山黧豆（Lathyrus sativus）、黄花草木樨（Melilotus officinalis）、白三叶（Trifolium repens）、红豆草（Onobrychis viciaefolia）、红三叶（T.pratense）、黄羽扇豆（Lupinus luteus）、百脉根（Lotus corniculatus）、紫云英（Astragalus sinicus）、沙打旺（A.adsurgens）、紫花苜蓿（M.sativa）、中间锦鸡儿（Caragana intermedia）和细枝岩黄芪（Hedysarum scoparium）,13种豆科牧草的毛状根阳性转化率为10%75%。本研究中提及的3种方法具有转化效率高和转化周期短的优点,对箭筈豌豆根系发育、共生固氮和离子吸收等方面的研究具有重大意义。此外,还可以为箭筈豌豆和其他13种豆科牧草的分子育种提供技术支持。
陈雪莲,江高飞,钟增涛[4]（2019）在《基因水平转移在根瘤菌进化中的研究进展》文中认为豆科植物与根瘤菌之间形成的共生固氮是自然界效率最高的一种固氮体系,在农业生产上具有重要的应用价值。由于根瘤菌的宿主专一性较强,每种根瘤菌只能与有限的豆科植物形成共生关系,近来的一系列研究表明共生基因的水平转移和宿主条件下的适应性进化是推动根瘤菌进化的重要方式。综述了基因水平转移的主要方式在根瘤菌进化和扩大宿主范围上的重要作用,以及获得共生性状的菌株在建立共生体系时存在的问题和解决方法,旨为共生固氮在农业生产中更好地应用提供思路。
童文君[5]（2019）在《菜豆根瘤菌的比较基因组与系统发育研究》文中进行了进一步梳理菜豆是全球重要的豆类经济作物,它能与根瘤菌进行共生固氮作用。菜豆引入中国后,其共生根瘤菌主要有根瘤菌属（Rhizobium）、中华根瘤菌属（Sinorhizobium）和慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）3个属中的多种根瘤菌。目前,对这些具有不同基因组背景或共生背景的根瘤菌被招募为菜豆根瘤菌的认识尚不清楚,也几乎没有在基因组水平上对多个种属根瘤菌的共生相关基因簇进行比较的研究。此外,根瘤菌属菌株的生物地理模式已经被揭示,然而菌株的生物地理模式与遗传背景尚不清楚。本文利用de novo测序技术对29株菜豆根瘤菌的全基因组进行测序,包括21株根瘤菌属菌株（19株分离于中国、2株分离于墨西哥）、4株中华根瘤菌属菌株（2株分离于中国、2株分离于墨西哥）和4株慢生根瘤菌属菌株（均分离于中国）,将它们与亲缘关系或共生关系密切的参考菌株进行比较基因组分析,从而确定这些菜豆根瘤菌菌株的系统发育地位,推断它们的共生相关基因的起源及获得方式,并对分离于酸性或中/碱性土壤中的根瘤菌属菌株的生物地理模式与遗传背景进行了比较联系分析。此外,还结合遗传分析和多相分类方法对一株潜在新种进行研究。研究结果如下:1.利用核心基因等方法对21株测序的Rhizobium属菌株以及从Genbank数据库获得的48株分类为R.etli、R.phaseoli和R.leguminosarum的菌株进行了系统发育地位分析,鉴定得到28个不同的根瘤菌类群。其中菜豆根瘤菌被划分到25个类群中,包括16个已知物种和9个未知种。发现之前描述为R.etli、R.phaseoli、R.vallis、R.gallicum、R.leguminosarum和Rhizobium spp.的35株菌重新划分到不同的类群。同时,在多个根瘤菌类群中发现若干个共生变种,如R.anhuiense（含3个共生变种sv.phaseoli、sv.trifolii和sv.viciae）、R.sophoriradicis/R.etli/Rhizobium sp.III（含2个变种sv.phaseoli和sv.mimosae）、R.hidalgonense/R.acidisoli（含2个变种sv.phaseoli和sv.trifolii）、R.leguminosarum/Rhizobium sp.IX（含2个变种sv.phaseoli和sv.viciae）和R.laguerreae（含2个变种sv.trifolii和sv.viciae）。2.结合共生基因分析发现分离自中国菜豆的19株测序的Rhizobium属根瘤菌中,R.anhuiense和6个未定种目前仅在中国分离鉴定到,且在这些菌株中检测到共生相关基因的水平转移事件,从而使这些菌株能与菜豆结瘤;R.phaseoli、R.sophorriradicis和R.esperanzae的中国菌株与菜豆起源地——墨西哥的菌株具有密切的系统发育关系,同时体现在染色体背景和共生基因方面,这表明这三个物种的不同分离地的菌株具有相同的起源,这些菌株可能是随着菜豆种子一起被引入的。与菜豆Rhizobium属菌株的共生区域相比,部分Sinorhizobium和Bradyrhizobium属的菜豆根瘤菌与大豆根瘤菌的共生基因更为相似,交叉结瘤试验表明大豆和菜豆的根瘤菌之间的共生兼容性;这两个属中还有一些菌株的不同共生基因与不同宿主的根瘤菌的共生基因最为相似。3.通过对分离自酸性或中/碱性土壤中菌株基因组的同源基因进行比较分析,发现分离自酸性土壤的7株菌（组I）的基因组平均有6222个编码序列分配到20个COG功能类别上,共有3997个核心基因（约4.24 Mb）;分离自中/碱性土壤的7株菌（组II）的基因组平均有6015编码序列分配到20个COG功能类别上,共有3955个核心基因（约4.17 Mb）。比较两组的全基因组,组I显着含有更多的基因与细胞运动相关。在核心基因组中,组I和组II的基因数在10个功能类别上存在显着差异,包括转录、细胞运动和信号转导机制等。组I特异的核心基因包括四型分泌系统（T4SS）,而组II特异的核心基因包括T3SS。4.菌株J15T从中国江西储潭的菜豆根瘤中分离得到。基于16S rRNA基因、串联的持家基因以及核心基因组的系统发育分析,化学成分和表型特征的结果,提出J15T为Rhizobium属的新成员,并命名为Rhizobium phaseona,该菌株J15T具有pH生长范围广（pH 5-11）和可利用的碳源多等优点。综上所述,本研究在基因组水平上确定了不同地区菜豆根瘤菌的系统发育地位,阐明了菜豆3个属内根瘤菌的共生相关基因的同源性和不同获得方式。在根瘤菌属内,菜豆根瘤菌在遗传水平上具有多样性,而共生相关基因高度保守,发生大量的基因水平转移事件;中华根瘤菌属属和慢生根瘤菌属的菜豆根瘤菌具有更广的共生兼容性,能与其他宿主植物共生;分析了根瘤菌属优势属菌株的生物地理模式的潜在遗传背景。这些研究结果为不同种属的豆科植物根瘤菌的共生策略提供了新的见解,根瘤菌的生物地理模式和根瘤菌的多相分类鉴定对不同菜豆生态产区的根瘤菌接种剂的选择和实际应用具有指导意义。
段如雁[6]（2019）在《花榈木根瘤菌多样性及优良菌株筛选》文中认为花榈木（Ormosia henryi Prain）为蝶形花科Papilionaceae红豆属Ormosia的珍贵用材、园林绿化树种,具有较高的经济价值。花榈木能与根瘤菌共生形成根瘤,但与哪些根瘤菌共生?其特性是什么?是否具有表型多样性和遗传多样性?人工接种根瘤菌后有哪些接种效应?尚不清楚。这些问题的解决对研究花榈木-根瘤菌共生固氮体系,丰富我国根瘤菌基因资源,选育高效菌株进行人工接种以提高花榈木苗木质量具有十分重要的意义。针对这些问题,研究小组在花榈木分布区广泛采集花榈木根瘤,进行野生分布特征和生境调查,分析花榈木-根瘤菌多样性与环境的耦合关系;运用传统培养方法和高通量测序技术,探索根瘤细菌的组成和分布;对花榈木根瘤菌进行分离纯化和回接验证,通过生理生化测定和分子生物学手段分析根瘤菌表型多样性和遗传多样性,以明确花榈木根瘤菌的系统发育地位,并进行人工接种根瘤菌和接种苗抗旱试验,筛选优良促生和抗旱菌株。通过4年多的研究,得出如下主要结论:（1）花榈木根瘤主要集中分布在0-30cm的土层内,10-20cm土层根瘤数量、重量最大,根瘤主要着生在花榈木侧根上,其形状有球形、椭圆形、长条形、棒状分叉、姜状和珊瑚状等,根瘤小的仅1-2mm,大的可达20mm以上。根瘤的颜色有浅黄色、黄褐色、浅褐色、深褐色等,属于无限根瘤类型。花榈木根瘤菌菌落生长时间为2-7d,直径达1.5-6mm,乳脂色或半透明,边缘整齐,表面凸起,产生粘液,具光泽,不吸收刚果红,革兰氏染色为阴性,根瘤菌呈杆状、棒槌状,部分呈X、T形,平均大小为3.12±0.70μm×0.69±0.08μm。（2）生态环境对根瘤菌与花榈木共生关系的影响较大,海拔对根瘤重具有极显着的作用,海拔越低,根瘤越重;土壤pH对花榈木根瘤大小的影响最大,在pH为3.76-6.89的范围内,根瘤短径随pH的增加而增大;根瘤重与碱解氮含量最相关,土壤碱解氮含量越高,单个根瘤越重。在花榈木根瘤内细菌的物种分布上,土壤因子比地理因子的影响大,一定范围内,花榈木根瘤内细菌的多样性随土壤速效钾含量的增加而增加。（3）花榈木根瘤内细菌具有丰富的多样性,可以注释到6门、11纲、20目、34科,61属。包括结瘤共生菌和非结瘤共生菌,分别为Proteobacteria（变形菌门）、Firmicutes（厚壁菌门）、Actinobacteria（放线菌门）、Bacteroidetes（拟杆菌门）、Spirochaetes（螺旋体门）、Melainabacteria,其中Proteobacteria（变形菌门）包含了大部分结瘤共生菌,和Firmicutes（厚壁菌门）一起构成花榈木根瘤细菌的优势门。（4）花榈木根瘤菌的表型多样性丰富,大部分菌株对碳水化合物利用能力比较广泛,少数菌株对碳源利用能力较差,所有供试菌株均可利用L-天冬氨酸、L-半胱氨酸、L-酪氨酸、L-白氨酸、L-谷氨酸作为唯一氮源。对头孢霉素的抗性最弱,对溶解酶素的抗性最强。供试菌株普遍具有较强的耐酸能力,而耐碱能力较差,大部分花榈木根瘤菌菌株能在4-40℃温度中生长,少部分菌株能在60℃中生存,总体对温度的适应性范围较广。多数花榈木菌株在无NaCl、1%NaCl、2%NaCl生长较好,随着NaCl浓度的增加,花榈木根瘤菌生长越来越差。68.4%的菌株BTB中产酸,31.6%的菌株BTB中产碱。所有供试菌株不产生氧化酶,98.2%的菌株能产生过氧化氢酶,96.5%的菌株不能在肉汤中生长。57株供试菌株在82%相似性水平可以分为5个表观群。（5）花榈木根瘤菌16S rRNA扩增产物分别用四种限制性内切酶（Hae III、Hinf I、MspI和RsaI）酶切后,分别得到22、21、21、15种限制性内切酶酶切图谱类型和50种组合类型,表现出了较高的遗传多样性。供试菌株16S r RNA PCR-RFLP、BOX-PCR指纹图谱分别在75%、70%的相似性水平上分为6大类,这些遗传图谱类型分布没有明显的地域性特点。16S rRNA PCR-RFLP、BOX-PCR指纹图谱及16S rRNA基因的全序列三个聚类树状图揭示的发育关系具有较好的一致性,57株可结瘤菌株分别位于Rhizobium（根瘤菌属）、Azorhizobiu（固氮根瘤菌属）、Mesorhizobium（中慢生根瘤菌属）、Bradyrhizobium（慢生根瘤菌属）、Sinorhizobium（中华根瘤菌属）、Burkholderia（伯克氏菌属）6个属中。（6）接种根瘤菌能显着提高花榈木幼苗叶片的光合速率、蒸腾速率、叶绿素荧光参数,促进花榈木幼苗的地上地下部分生长及总生物量积累。不同菌株的促生效果存在显着差异,通过促生效应综合评价,排名前五的菌株依次为45号、46号、32号、51号、47号,可初步作为优良促生菌株。（7）接种根瘤菌能显着提高花榈木幼苗的抗旱性,花榈木接种不同的菌株对中度干旱胁迫的生理响应差异显着。接种根瘤菌能够降低干旱胁迫对花榈木叶片质膜相对透性的影响,提高植株体内脯氨酸及可溶性糖等可渗透调节物质含量以及提高活性氧和自由基清除酶SOD的活性,从而减小对细胞造成的脱水伤害,并能有效减少膜脂过氧化产物MDA的积累,提高花榈木幼苗的耐旱能力。接种后花榈木幼苗光合速率、水分利用效率、PSⅡ反应中心内的光能转化效率和PSⅡ的潜在活性提高,对干旱胁迫的调节适应能力增强。抗旱综合评价结果显示,34号、35号、32号、43号、28号、37号菌株有利于提高花榈木幼苗的抗旱性,可初步作为优良的抗旱菌株。综合促生效果和抗旱性指标,得到38号、35号、42号、47号、32号菌株为既促生和抗旱综合效果最佳的前五名菌株。
马俊潇[7]（2018）在《大豆慢生根瘤菌基因组规模蛋白质互作网络构建与分析》文中研究说明根瘤菌-豆科植物体系作为经典的共生固氮模型,几十年来一直被广泛研究。根瘤菌与宿主植物之间通信和协调的分子机制正变得更加清晰。大豆慢生根瘤菌（Bradyrhizobium diazoefficiens USDA110）是慢生根瘤菌属的模式种。其全基因组测序于2002年完成,相关的高通量转录组、蛋白组、代谢组研究也已开展。因此相关的互作组研究也具有重要意义。本研究利用计算方法构建了B.diazoefficiens USDA110基因组规模的蛋白质互作网络（PPI网络）,并结合转录组、蛋白质组数据系统地研究了共生体系相关的复杂的蛋白质互作。本研究利用同源映射和基于结构域互作的方法预测了B.diazoefficiens USDA110的蛋白互作,构建了基因组规模的PPI网络（60839对互作,涉及5638个蛋白质）。从蛋白质结构特征、亚细胞共定位、功能相关性和相关基因的转录模式等角度对网络做了质量评估,验证了网络的可靠性。通过B.diazoefficiens USDA110与其他几种根瘤菌的PPI网络的对比,确定了36个保守的蛋白质互作功能模块,并推测生长过程需要更多的蛋白质修饰可能是B.diazoefficiens USDA110生长速度较慢的原因。通过整合转录组和蛋白质组数据得到了反映自生（31541对PPIs,涉及3650个蛋白质）和共生固氮（10473对PPIs,涉及1777个蛋白质）两种典型生理状态的PPI网络。基于反映共生固氮状态的PPI网络,确定了共生固氮核心子网络（441对PPIs,涉及195个蛋白质）。我们识别了在共生固氮体系中有重要作用的9个新的功能模块和11个关键蛋白,并对其进行了注释。我们推测NwsA蛋白可能对固氮相关的由FixLJFixK2-FixK1和RegSR-NifA介导的两个级联通路之间的交互作用有重要的协调功能。本研究构建的B.diazoefficiens USDA110基因组规模PPI网络可以为根瘤菌-豆科植物共生固氮体系的机理的进一步研究提供有价值的参考。
杨升辉[8]（2018）在《地理环境、大豆品种和培养条件影响大豆根瘤菌生态分布与结瘤固氮功能研究》文中进行了进一步梳理根瘤菌是参与氮素循环和农业生产的共生固氮微生物。接种根瘤菌可以发挥共生固氮作用,促进豆科作物生长,增加作物产量,减少氮肥施用,降低农业生产成本,促进农业可持续发展。本文选择中国大豆种植生态区的6个试验点,分别位于五大连池、通辽、肥城、临沂、济宁和三亚市,首先开展大豆根瘤菌生物地理分布研究,筛选出各试验点的高效根瘤菌,并优化高效菌株的发酵条件,探索菌剂的货架期。依据土壤理化性质对根瘤菌结构群落组成的关系,选择优良菌株,研制根瘤菌剂复配微量元素配方,进而在上述6个试验开展田间接种试验。对大豆根瘤菌分离,温室试验得到483株根瘤菌,分属于44种BOX基因型,通过rpoB基因序列比较鉴定为 6 个已知种群Sinorhizobium fredii、Brabbium elkanii、Bradyrhizobium japonicum^ Bradyrhizobium huanghuaihaiense^ Bradyrhizobium yuanmingense和Bradyrhizobium diazoefficiens及两个未知种群Bradyrhizobium sp.I和Bradyrhizobium sp.II。田间试验得到921株根瘤菌,分属于75种BOX基因型,通过rpoB基因序列比较鉴定为7个种群Sinorhizobium fredii、Sinorhizobium sp.^ Bradyrhizobium elkanii、Bradyrhizobium japonicum、Bradyrhizobium huanghuaihaiense、Bradyrhizobium daqingense 和 Bradyrhizobium diazoefficiens。各试验点的优势菌群为Bradyrhizobiumelkanii或Sinorhizobium frdii。在济宁试验点分离的一个新种群（Sinorhizobium sp.）,经多相分类和全基因组比较分析,将其鉴定为一个新种,命名为Sinorhizobium shofinae,模式菌株为 CCBAU 251167T。探索土壤理化性质、大豆品种、地理因素和气候因子对大豆根瘤菌群落结构分布的影响。结果表明,B.elkani 分布在酸性土壤中,S.fredii存在于碱性土壤中。土壤中有效铁含量是影响两种根瘤菌物种分布的主要因素,而大豆品种（徐豆18、黑河43和南圣270）对根瘤菌的群落结构分布影响不明显。地理纬度和当地平均6月份降水量是影响根瘤菌分布的主要地理因素和气候因子。基于Bray-Curtis距离分析得到大豆根圈土壤微生物（16rDNA水平）的群落结构分布与土壤有机质、有效铁、有效硼、水溶性钙离子含量、电解质、pH、地理纬度和年均有效降雨量均呈极显着正相关;与地理经度、地理高度、大豆品种和大豆生育期（播前、盛花期和成熟期）的相关性均未达到显着水平。基于UniFrac距离对大豆根圈土壤微生物（OTU水平）的群落结构分布进行分析,结果表明,大豆根圈土壤微生物群落结构分布与地理因素、气候因素和土壤理化性质因素均呈显着正相关,而与大豆品种及其生育期相关性不密切。采用响应曲面法对B.elkanii L18-31和S.fredii J18-3发酵条件进行优化,发酵得到B.elkanii L18-31最大活菌数达到了 8.5×109CFU/mL,S.fredii J18-3最大活菌数达到了 5.1×109CFU/mL。在20～25℃温度存放90天后,20%海藻糖处理下的根瘤菌有效活菌数最高,其中,B.elkanii L18-31和S.fredii J18-3 分别为 3.4×109CFU/mL 和 6.0×108CFU/mL。选用22株高效根瘤菌,田间接种根瘤菌试验表明,根瘤数量和根瘤鲜重均明显高于未接种处理。接种根瘤菌的大豆产量比对照增产4.96%～31.67%,大豆蛋白含量增加0.16%～7.80%。综上,本试验通过研究大豆根瘤菌生物地理分布,筛选高效大豆根瘤菌,优化其发酵条件,探索菌剂的货架期,接种田间试验,为今后大豆根瘤菌的推广应用提供理论和技术指导。
刘尧[9]（2017）在《大豆根系分泌物诱导后Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤相关基因表达差异分析》文中提出根瘤菌选择性结瘤的分子机理是长期关注的热点,也是制约根瘤菌发挥固氮应用潜能的关键所在。多年的研究使我们初步掌握了根瘤菌选择性结瘤的基本过程及其影响因子,并获得了多个与根瘤菌共生、固氮和选择性结瘤相关的基因。但是对根瘤菌株基因之间的相互联系、菌株基因的遗传、调控和表达差异以及基因与宿主的相互作用等方面缺乏全面系统的了解。本研究以与大豆品种中黄13存在结瘤能力显着差异的Bradyrhizobium diazoefficiens的两株菌为材料,采用比较转录组学方法进行了大豆根系分泌物处理下的基因表达差异分析,以进一步揭示根瘤菌的选择性结瘤机理及其主要影响因子。本研究取得主要结果如下:1.本研究设计并改进了一种高效促进大豆结瘤的大豆根系分泌物的制备方法。根瘤菌诱导试验的难点之一就是如何获得有效的大豆根际分泌诱导物,这是保证后续研究结果准确、可靠的关键因素。经过反复试验设计、改进并最终获得了一种高效促进大豆结瘤的大豆根系分泌物的制备方法,提高了分泌物的收集提取效率。应用上述所建立的技术方法成功收集了中黄13的根系分泌物,经其诱导后菌株的转录组分析结果证明,所建立根系分泌物制备可行高效。2.完成了大豆根系分泌物诱导下,两差异菌株B.diazoefficiens 4534和B.diazoefficien.4222的转录组测序（Control-4534 vs.SREs-4534;Control-4222 vs.SREs-4222）。将组装得到的单值基因进行了注释,结果显示菌株4534和菌株4222分别有8072个和8233个基因可以注释到NR、KEGG、Swiss-Prot、GO和COG数据库。上述基因主要涉及生物过程中的生物调节、细胞过程、细胞定位、代谢过程,细胞组分中的细胞、细胞膜、结合蛋白和催化活性以及大分子复合物等。3.在根系分泌物的诱导下菌株4534有457个显着差异表达基因,其中上调基因253个,下调基因204个。而菌株4222只有293个显着差异表达基因,其中上调基因108个,下调基因185个;两菌株差异表达基因的GO功能富集分类和KEGG富集分析结果显示,在根系分泌物的诱导下,菌株4534中与鞭毛合成、信号刺激和趋性相关的基因表达差异显着,菌株4222中只有与鞭毛合成相关的基因表达差异显着。4.与菌株4222相比,菌株4534产生更多种类和数量上的差异表达基因。通过代谢途径分析大量与双组分调节系统（nodW,phyR）,细菌趋性（cheA）,ABC转运蛋白（unigene02212）,IAA代谢（nthA）和代谢适能（putA）相关等代谢途径相关的差异表达基因得到确定。这些基因可使B.diazoefficieB.4534具有更高的选择性结瘤能力的原因;大豆根系分泌物的作用不仅局限于对大豆根瘤菌结瘤基因表达的诱导,还与新陈代谢和环境适应相关的蛋白/酶的表达正相关。对差异表达基因进行实时荧光定量PCR检测,发现根系分泌物诱导下10个基因明显上调表达,与转录组分析一致。
刘清源[10]（2017）在《中国东北及安徽省紫花苜蓿根瘤菌遗传多样性研究》文中进行了进一步梳理随着畜牧业的快速发展,我国东北、东部地区开始大面积种植紫花苜蓿。本文对黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、安徽五省13个县市采集分离到的114株紫花苜蓿根瘤菌进行多样性研究,并分析其与土壤因子的相关性,以揭示这些地区苜蓿根瘤菌的种群结构及主要影响因子,为筛选高效的苜蓿根瘤菌菌剂以及根瘤菌进化机制的研究奠定科学基础。苜蓿种子内生根瘤菌最佳灭活方法的研究结果显示:70℃高温处理6天的苜蓿种子在无菌基质上种植后,其根部不结瘤或结少量无效根瘤。该方法为根瘤菌土壤捕捉实验、根瘤菌回接试验提供技术保障。IGS rRNA基因PCR-RFLP分析表明,114株苜蓿根瘤菌分属于12种IGS型,具有较高的IGS型多样性。进行不同IGS型代表菌株16S rRNA基因序列比对分析,结果显示在66%水平上,可以将安徽特有的IGS型（IGS2,3,4）与其它IGS型分开,说明东北地区与东部安徽地区IGS类群存在分化现象。本研究中112株根瘤菌属于Sinorhizobiummeliloti,为优势种,其余2株菌株属于Rhizobium属,分别为R.alkalisoli和R.galclium,该种根瘤菌首次在中国苜蓿根瘤中获得。系、统发育分析显示根瘤菌R.alkalisoli和R.gallicum与S.meliloti和S.medicae亲缘关系较远。根瘤菌IGS型与土壤因子相关性分析表明,土壤pH值、有机质含量、总氮、有效氮、电导率及Na+含量是影响东北及安徽地区苜蓿根瘤菌IGS型的主要因素。在东北特有的基因型中,IGS 10与有效钾含量、土壤有机质、总氮、Na+含量呈正相关,与pH值呈负相关;IGS1,9与土壤电导率、有效氮含量呈正相关。安徽特有的IGS型与土壤pH值呈正相关,与土壤有机质、总氮、Na+含量呈负相关。
二、欧盟完成草木樨根瘤菌基因组测序（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、欧盟完成草木樨根瘤菌基因组测序（论文提纲范文）
（1）黄土高原土壤固碳微生物及其固定CO2的机理（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 黄土高原有机碳固定的进展 |
| 1.2.1 植被恢复中土壤有机碳的固定 |
| 1.2.2 土壤微生物群落对有机碳固定的影响 |
| 1.3 土壤固碳微生物的碳固定过程 |
| 1.3.1 固定二氧化碳的微生物类群 |
| 1.3.2 二氧化碳转化为有机碳的微生物途径 |
| 1.4 土壤固碳微生物同化碳对土壤有机碳的贡献 |
| 1.4.1 固碳微生物同化CO_2的潜力 |
| 1.4.2 固碳微生物同化碳过程中的影响因素 |
| 1.5 尚待解决的科学问题 |
| 1.6 研究目的及主要内容 |
| 1.6.1 研究目的及意义 |
| 1.6.2 研究内容 |
| 1.6.3 技术路线 |
| 第二章 不同植被区土壤微生物同化CO_2的潜力 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 研究区概况及样品采集 |
| 2.1.2 土壤理化性质测定 |
| 2.1.3 室内~(13)CO_2标记培养试验 |
| 2.1.4 数据处理及分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同植被区土壤性质变化特征 |
| 2.2.2 土壤微生物同化碳量、固碳速率及其对有机碳的贡献率 |
| 2.2.3 土壤微生物同化碳量与环境因子的关系 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 微生物同化CO_2的潜力 |
| 2.3.2 CO_2碳固定过程对有机碳的贡献 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 不同植被区土壤固碳微生物群落结构特征 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 研究区概况及样品采集 |
| 3.1.2 土壤DNA的提取及文库构建 |
| 3.1.3 宏基因组测序、组装、注释 |
| 3.1.4 可培养固碳微生物的供试材料 |
| 3.1.5 数据处理及分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 不同植被区土壤微生物群落组成 |
| 3.2.2 不同植被区土壤固碳微生物群落的组成 |
| 3.2.3 土壤固碳微生物群落与环境因子的关系 |
| 3.2.4 可培养固碳菌株的分离筛选及菌株鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 土壤固碳微生物类群及其影响因素 |
| 3.3.2 可培养固碳菌群 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 不同植被区土壤固碳微生物的代谢途径 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 研究区概况及样品采集 |
| 4.1.2 土壤DNA的提取、PCR扩增 |
| 4.1.3 宏基因组测序、组装、注释 |
| 4.1.4 数据处理及分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 不同植被区土壤固碳微生物的固碳途径 |
| 4.2.3 不同植被区土壤中参与固碳途径的编码酶基因变化 |
| 4.2.4 土壤固碳微生物代谢途径与环境因子的关系 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 土壤固碳微生物的碳固定过程 |
| 4.3.2 土壤固碳微生物代谢途径的影响因素 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 土壤固碳微生物与微生物同化碳量的关系 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 同化碳总量与固碳微生物类群的关系 |
| 5.2.2 同化碳总量与固碳途径及编码酶基因的关系 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论、创新点及展望 |
| 6.1 主要结果与结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（2）六种甘肃乡土草根际促生菌资源筛选、评价及促生机理研究（论文提纲范文）
| 项目来源 |
| 缩略词 |
| 摘要 |
| SUMMARY |
| 前言 |
| 研究背景 |
| 研究的目的与意义 |
| 拟解决的科学问题 |
| 研究内容与技术路线 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 植物根际促生菌(PGPR)概述 |
| 1.2 固氮菌 |
| 1.2.1 固氮菌种类 |
| 1.2.2 固氮机理 |
| 1.3 溶磷菌 |
| 1.3.1 常见溶磷菌种类及分布状况 |
| 1.3.2 溶磷机理 |
| 1.4 植物激素的研究 |
| 1.5 生防菌生防机理研究 |
| 1.5.1 拮抗作用 |
| 1.5.2 重寄生作用 |
| 1.5.3 竞争作用 |
| 1.5.4 诱导系统抗性 |
| 第二章 六种甘肃乡土草根际促生菌分离与纯化 |
| 2.1 研究区概况 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 样品收集 |
| 2.2.2 培养基 |
| 2.2.3 根瘤菌的分离与纯化 |
| 2.2.4 涂布液的制备 |
| 2.2.5 联合固氮菌的分离与纯化 |
| 2.2.6 溶磷菌的分离与纯化 |
| 2.2.7 分泌IAA菌株初筛 |
| 2.2.8 生防菌的分离 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 不同植物根际促生菌筛选与促生特性 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试菌株 |
| 3.1.2 培养基 |
| 3.1.3 PGPR菌株促生特性研究 |
| 3.1.4 数据处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 PGPR菌株的固氮酶活性 |
| 3.2.2 PGPR菌株的溶磷能力 |
| 3.2.3 PGPR菌株的分泌IAA |
| 3.2.4 生防菌抑菌能力 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 优良PGPR菌株鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试菌株 |
| 4.1.2 表型特征研究 |
| 4.1.3 16S rDNA分析 |
| 4.1.4 PGPR菌株保藏 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 表型特征 |
| 4.2.2 16S rDNA序列相似性与系统进化分析 |
| 4.2.3 鉴定结果 |
| 4.2.4 菌株保藏 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 红豆草根瘤菌共生与固氮有效性及其相关基因研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试菌株 |
| 5.1.2 培养基 |
| 5.1.3 植物学实验 |
| 5.1.4 共生基因的克隆 |
| 5.1.5 固氮基因的克隆 |
| 5.1.6 nodD基因克隆及其核酸序列与蛋白序列分析 |
| 5.1.7 R.yanglingense LD-1 全基因组DNA的提取及检测 |
| 5.1.8 测序文库构建 |
| 5.1.9 基因组组分分析 |
| 5.1.10 基因组圈图绘制 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 结瘤情况与生物量 |
| 5.2.2 营养指标 |
| 5.2.3 共生有效性 |
| 5.2.4 固氮有效性 |
| 5.2.5 识别专一性 |
| 5.2.6 R.yanglingense LD-1 全基因组DNA提取与测序 |
| 5.2.7 全基因组基本信息 |
| 5.2.8 tRNA和 rRNA预测信息 |
| 5.2.9 高级生物信息 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 溶磷机理研究 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 供试菌株 |
| 6.1.2 培养基 |
| 6.1.3 菌液有机酸测定 |
| 6.1.4 pqqC基因表达检测 |
| 6.1.5 统计学处理 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 溶磷菌分泌有机酸种类及含量 |
| 6.2.2 pqqC基因表达检测 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 第七章 芽孢杆菌生防机理研究 |
| 7.1 .材料与方法 |
| 7.1.1 供试菌株 |
| 7.1.2 培养基 |
| 7.1.3 生防基因的克隆 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 芽孢杆菌DNA提取 |
| 7.2.2 脂肽基因的克隆 |
| 7.3 讨论 |
| 7.4 小结 |
| 第八章 结论与展望 |
| 8.1 主要结论 |
| 8.2 创新点 |
| 8.3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文和研究成果等 |
| 导师简介 |
（3）箭筈豌豆毛状根转化体系的建立及其验证（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 第二章 文献综述 |
| 2.1 箭筈豌豆的研究进展 |
| 2.1.1 豆科牧草的应用价值简介 |
| 2.1.2 箭筈豌豆的应用价值研究 |
| 2.1.3 箭筈豌豆的生物学研究 |
| 2.2 发根农杆菌的研究概况 |
| 2.2.1 发根农杆菌简介 |
| 2.2.2 发根农杆菌的应用 |
| 2.2.3 毛状根技术的研究概况 |
| 2.3 本研究的目的意义和技术路线 |
| 2.3.1 本研究的目的和意义 |
| 2.3.2 技术路线 |
| 第三章 切根侵染法诱导箭筈豌豆毛状根 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 常用溶液及培养基 |
| 3.1.3 常用实验方法 |
| 3.1.4 切根侵染法诱导兰箭3号毛状根 |
| 3.1.5 毛状根的阳性检测 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 兰箭3号毛状根的产生及阳性检测结果 |
| 3.2.2 不同菌株对兰箭3号毛状根诱导率的影响 |
| 3.2.3 切根侵染法在3个亚种上的应用 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 刺穿侵染法诱导箭筈豌豆毛状根 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 刺穿侵染法诱导兰箭3号毛状根 |
| 4.1.3 GUS染色 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 毛状根的产生与GUS染色结果 |
| 4.2.2 不同菌株对箭筈豌豆的毛状根诱导效率的影响 |
| 4.2.3 不同箭筈豌豆品种的毛状根转化效率比较 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 划伤浸染法诱导兰箭3号毛状根 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 划伤浸染法诱导兰箭3号毛状根 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 毛状根的产生与GUS染色 |
| 5.2.2 农杆菌浓度对毛状根诱导效率的影响 |
| 5.2.3 共培养时间对毛状根诱导效率的影响 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 毛苕子等13种豆科牧草毛状根体系的建立 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 常用溶液及培养基 |
| 6.1.3 切根侵染法诱导毛苕子等13种豆科牧草的毛状根 |
| 6.1.4 毛状根阳性检测 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 毛状根的产生及阳性检测 |
| 6.2.2 毛苕子等13种牧草毛状根的阳性转化率统计 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 第七章 结论 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（4）基因水平转移在根瘤菌进化中的研究进展（论文提纲范文）
| 1 基因水平转移（HGT) |
| 2 根瘤菌中的基因水平转移方式 |
| 2.1 共生质粒 |
| 2.2 共生岛 |
| 3 根瘤菌的进化 |
| 3.1 由根瘤菌向非共生根瘤菌转移 |
| 3.2 由根瘤菌向非根瘤菌转移 |
| 4 影响根瘤菌基因水平转移的方式 |
| 5 建立共生体系时可能存在的问题 |
| 6 展望 |
（5）菜豆根瘤菌的比较基因组与系统发育研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 豆科植物与根瘤菌共生关系的建立 |
| 1.3 豆科植物与根瘤菌共生的特异性 |
| 1.3.1 根瘤菌的多样性 |
| 1.3.2 豆科植物与根瘤菌的共生特异性现象 |
| 1.3.3 共生特异性的的分子机制 |
| 1.4 细菌之间水平基因转移的机制和障碍 |
| 1.4.1 转化：DNA的释放、吸收和整合 |
| 1.4.2 接合转移 |
| 1.4.3 基因水平转移的评判方法 |
| 1.4.4 根瘤菌的基因水平转移现象 |
| 1.5 根瘤菌的现代系统学研究-基因组数据应用于原核生物系统学研究 |
| 1.6 根瘤菌的生物地理的研究进展 |
| 1.7 菜豆根瘤菌的研究进展 |
| 1.8 立题依据和研究意义 |
| 1.9 技术路线 |
| 第二章 基于基因组的菜豆根瘤菌Rhizobium属系统发育研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 试验材料 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 根瘤菌属菜豆根瘤菌的进行基因组测序的代表菌株的选择 |
| 2.3.2 根瘤菌属菜豆根瘤菌的验证 |
| 2.3.3 根瘤菌基因组的提取 |
| 2.3.4 基因组测序、组装、注释及提交到数据库 |
| 2.3.5 根瘤菌属根瘤菌基因组数据和模式菌株信息的收集 |
| 2.3.6 ANI和 dDDH值的计算 |
| 2.3.7 核心基因树的构建 |
| 2.3.8 16SrRNA基因、持家基因串联以及共生基因的系统发育分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 代表菌株的选择和测序的21株Rhizobium属菜豆根瘤菌的基因组的基本特征 |
| 2.4.2 基于基因组ANI与 dDDH值的物种划分 |
| 2.4.3 基于基因组单拷贝核心基因构建的物种树 |
| 2.4.4 16SrRNA基因的系统发育分析 |
| 2.4.5 持家基因(atpD、glnII和 recA)串联的系统发育分析 |
| 2.4.6 共生基因(nodC和 nifH)的系统发育分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 基于基因组的不同分析方法进行物种分类 |
| 2.5.2 根瘤菌属菌株的分类地位鉴定及重新分类 |
| 2.5.3 菜豆根瘤菌的共生基因的3 种基因型 |
| 2.5.4 共生变种(symbiovar)和共生基因 |
| 2.5.5 共生特性的转移 |
| 第三章 三个属内的菜豆根瘤菌的比较基因组 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 供试菌株的测序和参比菌株的收集 |
| 3.2.2 Sinorhizobium、Bradyrhizobium 菌株基因组草图和 R. acidisoli 菌株基因组完成图获得 |
| 3.2.3 测序菌株的基因组注释 |
| 3.2.4 菜豆三个属内根瘤菌的基因组比较 |
| 3.2.5 Rhizobium属菜豆根瘤菌的泛基因分析 |
| 3.2.6 植物回接和交叉结瘤试验 |
| 3.2.7 Rhizobium属菜豆根瘤菌的水平转移和垂直传递基因的检测 |
| 3.2.8 Rhizobium属菜豆根瘤菌的宿主特异性决定因素推测 |
| 3.2.9 Sinorhizobium 和 Bradyrhizobium 属菜豆根瘤菌与非菜豆根瘤菌的共生基因的比较 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 三个属的菜豆根瘤菌的基因组特征比较 |
| 3.3.2 基因功能类别和基因组大小之间的趋势 |
| 3.3.3 Rhizobium acidisoli FH23T完成图基因组的基本特征 |
| 3.3.4 Rhizobium属菜豆根瘤菌的泛基因组 |
| 3.3.5 Rhizobium属根瘤菌遗传物质的获得方式 |
| 3.3.6 Rhizobium属菜豆根瘤菌的宿主特异性决定因素 |
| 3.3.7 Sinorhizobium属和Bradyrhizobium属菜豆根瘤菌与非菜豆根瘤菌的联系 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 基于基因组水平研究根瘤菌的生物地理 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 来自不同土壤的两组菌株之间的比较基因组学 |
| 4.2.2 菌株的pH生长范围测定 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 来自酸性和碱性/中性土壤的根瘤菌的遗传比较 |
| 4.3.2 来源于不同pH土壤的菌株的pH生长范围 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 根瘤菌新种Rhizobium phaseona sp.nov.J15T的多相分类鉴定 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 试验材料 |
| 5.2.1 供试菌株和参比菌株 |
| 5.2.2 培养基 |
| 5.2.3 主要仪器设备 |
| 5.3 试验方法 |
| 5.3.1 供试菌株的遗传学特征的分类鉴定 |
| 5.3.2 基于基因组序列的供试菌株的GC含量和DNA-DNA杂交 |
| 5.3.3 核心基因树的构建 |
| 5.3.4 供试菌株菌落形态及显微结构特征观察 |
| 5.3.5 供试菌株的生理生化性质测定 |
| 5.3.6 供试菌体化学组分分析 |
| 5.3.7 交叉结瘤试验 |
| 5.4 结果与分析 |
| 5.4.1 供试菌株的遗传学分类特征结果 |
| 5.4.2 供试菌株的菌落形态及细胞形态 |
| 5.4.3 供试菌株J15T的生理生化特征 |
| 5.4.4 供试菌体化学组分分析 |
| 5.4.5 交叉结瘤试验 |
| 5.5 种的描述 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（6）花榈木根瘤菌多样性及优良菌株筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 根瘤概述 |
| 1.2.2 豆科植物—根瘤菌共生体与生态环境的关系 |
| 1.2.3 影响根瘤菌结瘤的因素 |
| 1.2.4 根瘤内细菌 |
| 1.2.5 根瘤菌的生物学、生理特性及生态作用 |
| 1.2.6 根瘤菌的多样性研究 |
| 1.2.7 根瘤菌的分类 |
| 1.2.8 根瘤菌的抗逆性及优良菌株筛选 |
| 1.2.9 苗木接种效应 |
| 1.2.10 研究展望 |
| 1.3 立题依据与研究意义 |
| 1.4 主要研究内容 |
| 1.5 需要解决的关键问题 |
| 1.6 技术路线 |
| 第二章 花榈木根瘤多样性对环境异质性的响应 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 花榈木根瘤的采集与调查 |
| 2.2.2 环境因子和采瘤母树状况调查 |
| 2.2.3 土壤取样和理化性质测定 |
| 2.2.4 数据统计方法 |
| 2.3 结果和分析 |
| 2.3.1 花榈木根瘤地理分布和生境状况 |
| 2.3.2 根瘤采集地土壤理化性质分析 |
| 2.3.3 生境对花榈木根瘤外部形态、大小、重量的影响 |
| 2.3.4 根瘤随土层深度的分布特征 |
| 2.3.5 母树状况对根瘤重、根瘤大小的影响 |
| 2.3.6 环境因子与根瘤大小、重量的相关分析 |
| 2.3.7 环境因子与根瘤大小、重量RDA分析 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 花榈木根瘤内细菌多样性及环境因子关联分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集与处理 |
| 3.2.2 基因组DNA的提取和PCR扩增 |
| 3.2.3 文库构建和上机测序 |
| 3.2.4 生物信息分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 测序数据处理 |
| 3.3.2 根瘤内细菌OTU物种注释及数目统计 |
| 3.3.3 根瘤内细菌物种分布情况 |
| 3.3.4 Alpha多样性分析 |
| 3.3.5 Beta多样性分析 |
| 3.3.6 环境因子关联分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 花榈木根瘤菌分离培养和表型多样性研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 花榈木根瘤菌采集和分离 |
| 4.2.2 花榈木根瘤菌纯化、保存、染色、镜检 |
| 4.2.3 回接试验 |
| 4.2.4 花榈木根瘤菌表型多样性的研究 |
| 4.2.5 数据统计和聚类分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 菌株的分离、纯化和回接 |
| 4.3.2 根瘤菌表型多样研究 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 花榈木根瘤菌遗传多样性研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 菌株的分离,纯化 |
| 5.2.2 16S rRNA PCR-RFLP分析 |
| 5.2.3 BOX-PCR指纹图谱分析 |
| 5.2.4 16S rRNA全序列测定 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 16S rRNA PCR-RFLP |
| 5.3.2 BOX-PCR指纹图谱分析 |
| 5.3.3 16S rRNA全序列测定结果与分析 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 高效促生菌株的筛选 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 试验材料 |
| 6.2.2 研究方法 |
| 6.2.3 指标测定方法 |
| 6.2.4 数据统计方法 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 对花榈木幼苗结瘤数和鲜瘤重的影响 |
| 6.3.2 对光合速率、蒸腾速率的影响 |
| 6.3.3 对花榈木幼苗叶绿素荧光的影响 |
| 6.3.4 对根系生长状况的影响 |
| 6.3.5 对苗高的影响 |
| 6.3.6 对地径的影响 |
| 6.3.7 对生物量的影响 |
| 6.3.8 接种不同根瘤菌效应的综合评价 |
| 6.4 讨论 |
| 第七章 优良抗旱菌株筛选 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 材料与方法 |
| 7.2.1 试验材料 |
| 7.2.2 无菌苗培育 |
| 7.2.3 花榈木接种根瘤菌 |
| 7.2.4 干旱胁迫处理 |
| 7.2.5 生理生化指标的测定 |
| 7.2.6 数据统计与分析 |
| 7.3 结果与分析 |
| 7.3.1 干旱胁迫对接种不同菌株花榈木幼苗质膜相对透性的影响 |
| 7.3.2 干旱胁迫对接种不同菌株花榈木幼苗生化指标的影响 |
| 7.3.3 干旱胁迫对接种不同菌株花榈木幼苗光合生理的影响 |
| 7.3.4 不同菌株幼苗抗旱性综合评价 |
| 7.4 讨论 |
| 第八章 主要结论与创新点 |
| 8.1 主要结论 |
| 8.1.1 花榈木根瘤及根瘤菌特性 |
| 8.1.2 环境因子对花榈木根瘤及根瘤细菌的影响 |
| 8.1.3 花榈木根瘤菌多样性及系统发育 |
| 8.1.4 苗木接种效应及优良菌株的筛选 |
| 8.2 创新点 |
| 8.2.1 系统分析了花榈木花榈木根瘤和根瘤细菌多样性即为与环境因素的相关性 |
| 8.2.2 揭示了花榈木共生根瘤菌表型多样性和遗传多样 |
| 8.2.3 筛选出促生抗旱的根瘤菌株,对花榈木根瘤菌的生产应用提供了依据 |
| 8.3 研究的不足之处及展望 |
| 致谢 |
| 主要参考文献 |
| 攻读期成果 |
| 附表1 花榈木根瘤菌表型性状 |
| 图版 |
（7）大豆慢生根瘤菌基因组规模蛋白质互作网络构建与分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 蛋白质互作网络概述 |
| 1.1.1 蛋白质互作 |
| 1.1.2 蛋白质互作网络 |
| 1.2 蛋白质互作网络研究进展 |
| 1.2.1 确定蛋白质互作的实验方法 |
| 1.2.2 确定蛋白质互作的预测方法 |
| 1.2.3 蛋白质互作相关数据库 |
| 1.3 根瘤菌的研究进展 |
| 1.3.1 根瘤菌与共生固氮 |
| 1.3.2 大豆慢生根瘤菌的研究进展 |
| 1.3.3 根瘤菌蛋白质互作网络的研究进展 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 蛋白质互作网络的构建 |
| 2.1.1 基于同源映射的蛋白互作预测 |
| 2.1.2 基于结构域互作的蛋白互作预测 |
| 2.1.3 蛋白质互作网络的可视化 |
| 2.2 蛋白质互作网络的质量评估 |
| 2.2.1 从互作蛋白质结构特征的角度评估 |
| 2.2.2 从互作蛋白质亚细胞定位的角度评估 |
| 2.2.3 从互作蛋白质功能相关性的角度评估 |
| 2.2.4 从互作蛋白质转录模式的角度评估 |
| 2.3 蛋白质互作网络的拓扑属性 |
| 2.4 几种根瘤菌的蛋白质互作网络对比 |
| 2.4.1 基于COG功能分类的互作网络对比 |
| 2.4.2 基于序列的蛋白质互作网络比对 |
| 2.5 自生与共生状态下子网络的对比 |
| 2.5.1 自生和共生状态下互作网络的筛选 |
| 2.5.2 互作蛋白质转录水平差异的计算 |
| 2.6 共生固氮相关的核心子网络的分析 |
| 2.6.1 共生固氮相关的核心子网络的筛选 |
| 2.6.2 子网络的聚类和模块纽带的筛选 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 大豆慢生根瘤菌基因组规模的蛋白质互作网络 |
| 3.2 蛋白质互作网络的质量评估 |
| 3.3 蛋白质互作网络的属性分析 |
| 3.4 几种根瘤菌的蛋白质互作网络对比分析 |
| 3.4.1 基于COG功能分类的互作网络对比 |
| 3.4.2 基于蛋白序列的蛋白质互作对比 |
| 3.5 自生和共生条件下互作网络对比分析 |
| 3.6 共生固氮相关的核心子网络的分析 |
| 3.6.1 SCSNW关键模块的分析 |
| 3.6.2 TOMs及其互作的功能推断 |
| 4 讨论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（8）地理环境、大豆品种和培养条件影响大豆根瘤菌生态分布与结瘤固氮功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 大豆的起源 |
| 1.3 大豆根瘤菌生物地理学特征 |
| 1.4 土壤微生物多样性和群落组成 |
| 1.5 高效根瘤菌的选育方法 |
| 1.6 根瘤菌剂类型及特点 |
| 1.7 影响根瘤菌剂质量的因素 |
| 1.8 根瘤菌田间应用及增产效果 |
| 1.9 立题依据及研究目的 |
| 1.10 技术路线 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验点 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 数据分析 |
| 第三章 地理环境和大豆品种影响下的大豆根瘤菌生物地理学 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 第四章 地理环境和大豆品种对大豆根圈微生物组成的影响 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 第五章 大豆快生根瘤菌新种分类地位的确定 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 供试菌株 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 根瘤菌的发酵培养与菌剂制备 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 供试菌株 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.4 小结 |
| 第七章 大豆根瘤菌剂田间应用 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 施肥方式和接菌对大豆产量、蛋白及油分含量的影响 |
| 7.3 间作种植和接种根瘤菌对大豆和玉米产量及产值的影响 |
| 7.4 小结 |
| 第八章 结论与展望 |
| 8.1 结论 |
| 8.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 个人简介 |
（9）大豆根系分泌物诱导后Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤相关基因表达差异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 根瘤菌选择性结瘤的研究意义 |
| 1.2 根瘤菌选择性结瘤的决定影响因素研究进展 |
| 1.2.1 类黄酮与NodD的特异性识别 |
| 1.2.2 结瘤信号的特异感知 |
| 1.2.3 根瘤菌表面多糖 |
| 1.2.4 根瘤菌的分泌系统 |
| 1.2.5 其他影响因素 |
| 1.3 根瘤菌结瘤诱导物质的研究 |
| 1.4 根瘤菌转录组学研究进展 |
| 1.4.1 根瘤菌类菌体基因表达的研究 |
| 1.4.2 根瘤菌共生所需基因的研究 |
| 1.4.3 根瘤菌共生信号作用的研究 |
| 1.4.4 根瘤菌抗逆性和其他响应机理的研究 |
| 1.4.5 根瘤菌进化遗传方面的研究 |
| 1.5 存在的问题 |
| 1.6 本文研究内容及目的 |
| 第二章 Bradyrhizobium diazoefficiens有效根系分泌物提取及评价 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 仪器与试剂 |
| 2.1.3 根瘤菌生长曲线的测定 |
| 2.1.4 大豆根系分泌物的收集 |
| 2.1.5 大豆根系分泌物有效性评价 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 根瘤菌生长曲线测定 |
| 2.2.2 大豆根系分泌物收集装置 |
| 2.2.3 not/基因的诱导 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 大豆根系分泌物诱导后两Bradyrhizobium diazoefficiens转录组测序及分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 菌株和大豆 |
| 3.1.2 培养基 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 大豆根系分泌物的收集 |
| 3.2.2 菌体的培养 |
| 3.2.3 根系分泌物对根瘤菌的诱导 |
| 3.2.4 总RNA的提取 |
| 3.2.5 RNA质量检测 |
| 3.2.6 转录组文库的构建和测序 |
| 3.2.7 原始测序数据质量优化 |
| 3.2.8 与测序基因组比对 |
| 3.2.9 基因组的注释与分析 |
| 3.2.10 转录组表达差异分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 样品RNA浓度和纯度检测 |
| 3.3.2 样品RNA完整性检测 |
| 3.3.3 数据的整理与统计 |
| 3.3.4 与基因组数据比对 |
| 3.3.5 Unigene功能注释及分析 |
| 3.3.6 COG功能注释 |
| 3.3.7 Unigene GO功能注释 |
| 3.3.8 KEGG功能注释 |
| 3.3.9 根系分泌物诱导下两菌株转录组的差异分析 |
| 3.3.10 差异基因表达模式聚类 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤相关的差异表达基因分析 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 菌株和大豆 |
| 4.1.2 主要仪器设备 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 RNA的提取 |
| 4.2.2 RNA反转录为cDNA |
| 4.2.3 GO功能分析 |
| 4.2.4 GO功能富集分析 |
| 4.2.5 KEGG pathway富集分析 |
| 4.2.6 转录组实时荧光定量PCR验证 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 差异表达基因GO功能注释 |
| 4.3.2 差异表达基因GO功能富集分析 |
| 4.3.3 差异表达基因KEGG代谢途径注释 |
| 4.3.4 差异表达基因KEGG代谢途径富集分析 |
| 4.3.5 两根瘤菌基因表达差异分析 |
| 4.3.6 实时荧光定量PCR验证 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 本研究的主要结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 有待进一步研究的问题 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 博士后期间的文章与荣誉 |
| 博士后期间参与的课题 |
| 个人简历 |
（10）中国东北及安徽省紫花苜蓿根瘤菌遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 豆科植物与根瘤菌 |
| 1.1.1 生物固氮 |
| 1.1.2 根瘤菌的形态与特性 |
| 1.1.3 根瘤菌与豆科植物共生体 |
| 1.2 苜蓿根瘤菌多样性研究进展 |
| 1.2.1 国外研究进展 |
| 1.2.2 国内研究进展 |
| 1.2.3 根瘤菌多样性与环境因子关系 |
| 1.3 根瘤菌的多样性研究方法 |
| 1.3.1 表型多样性分析 |
| 1.3.2 遗传多样性分析 |
| 1.4 本研究目的及意义 |
| 1.5 技术路线 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 苜蓿种子内生细菌最佳灭活方法的研究 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 中国东北及安徽省苜蓿根瘤菌采集及基因多样性研究 |
| 2.2.1 苜蓿根瘤菌采样点及苜蓿品种信息 |
| 2.2.2 实验试剂及培养基 |
| 2.2.3 样品的采集 |
| 2.2.4 根瘤菌的分离纯化、保存 |
| 2.2.5 根瘤菌的土壤捕捉 |
| 2.2.6 根瘤菌基因组总DNA的提取 |
| 2.2.7 Ribosomal IGS-RFLP |
| 2.2.8 16S rRNA PCR扩增与测序 |
| 2.3 土壤理化性质的测定 |
| 2.3.1 土壤有机质 |
| 2.3.2 土壤全氮 |
| 2.3.3 土壤有效磷 |
| 2.3.4 土壤有效钾 |
| 2.3.5 土壤Na~+含量 |
| 2.3.6 土壤有效氮 |
| 2.3.7 土壤养分分级 |
| 2.4 根瘤菌种群分布与土壤因子的相关性分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 苜蓿种内细菌最佳灭活方法的研究 |
| 3.2 中国东北及安徽地区苜蓿根瘤菌遗传多样性 |
| 3.2.1 菌株分离结果 |
| 3.2.2 IGS rRNA基因PCR-RFLP分析结果 |
| 3.2.3 16S rRNA gene序列分析结果 |
| 3.2.4 中国东北及安徽苜蓿根瘤菌种群分布与土壤因子的关系 |
| 第四章 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 不同消毒方法对苜蓿种子内生菌的影响 |
| 4.1.2 苜蓿根瘤菌的遗传多样性 |
| 4.2 结论 |
| 4.3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的学术成果目录 |
四、欧盟完成草木樨根瘤菌基因组测序（论文参考文献）
- [1]黄土高原土壤固碳微生物及其固定CO2的机理[D]. 黄倩. 西北农林科技大学, 2021(01)
- [2]六种甘肃乡土草根际促生菌资源筛选、评价及促生机理研究[D]. 兰晓君. 甘肃农业大学, 2020
- [3]箭筈豌豆毛状根转化体系的建立及其验证[D]. 梅错. 兰州大学, 2020
- [4]基因水平转移在根瘤菌进化中的研究进展[J]. 陈雪莲,江高飞,钟增涛. 生物技术通报, 2019(10)
- [5]菜豆根瘤菌的比较基因组与系统发育研究[D]. 童文君. 西北农林科技大学, 2019(08)
- [6]花榈木根瘤菌多样性及优良菌株筛选[D]. 段如雁. 贵州大学, 2019(09)
- [7]大豆慢生根瘤菌基因组规模蛋白质互作网络构建与分析[D]. 马俊潇. 华中农业大学, 2018(01)
- [8]地理环境、大豆品种和培养条件影响大豆根瘤菌生态分布与结瘤固氮功能研究[D]. 杨升辉. 中国农业大学, 2018(07)
- [9]大豆根系分泌物诱导后Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤相关基因表达差异分析[D]. 刘尧. 中国农业科学院, 2017(12)
- [10]中国东北及安徽省紫花苜蓿根瘤菌遗传多样性研究[D]. 刘清源. 南京农业大学, 2017(05)