一、牦牛肾脏cDNA文库的构建（论文文献综述）
傅芳[1]（2021）在《牦牛肝脏转录组学分析及IGFBP3、IGFBP4基因的功能探究》文中指出牦牛是我国青藏高原高山牧区特有的畜牧种质资源,它们为生活在高海拔的农牧民提供了基本的乳肉品资源,也是当地畜牧业发展的重要保障。肝脏是哺乳动物体内最大的消化腺及代谢器官,在各种营养/有害物质代谢、蛋白质合成和消化液合成等过程中发挥重要功能。IGFBP3与IGFBP4作为构成动物GH/IGF生长轴的重要成员,能促进正常细胞增殖、分化、代谢等多种生理过程,同时能抑制癌细胞增殖和生存,诱导癌细胞凋亡。本研究通过转录组测序,筛选出牦牛肝脏生长发育关键基因BgIGFBP3、BgIGFBP4,并对其进行克隆、表达和纯化,利用体内外试验探究BgIGFBP3、BgIGFBP4蛋白对牦牛肝细胞的增殖、小鼠的生长作用,并研究其对人肝癌细胞系HepG2细胞凋亡的影响。结果如下:三个生长阶段牦牛肝脏组织形态差异明显:1日龄肝组织排列疏松、紊乱,随年龄增加肝索逐渐排列整齐、肝细胞形状逐渐规则。LD组、LM组和LY组中分别有325个、85个和84个表达水平高于其他两组的显着差异表达基因（P<0.05）。在其富集的GO条目和KEGG通路中,分别包含102个、104个和134个显着差异GO条目和19个、13个和19个显着差异KEGG通路（P<0.05）。其中GO条目中占比最多的为氧化还原相关过程、发育过程和代谢过程,KEGG通路中占比最多的为PI3K-Akt信号通路、粘着斑和ECM受体相互作用。GO富集和KEGG通路分析表明BgIGFBP3、BgIGFBP4可能是影响牦牛肝脏发育过程的关键候选基因。qRT-PCR差异验证结果显示,CYP7B1、PGFS2、CYP1A1、UGT2C1-1、UGT2C1L、HSD11B1、CYP2C19、UGT2C1-2基因的表达量变化与转录组测序结果相符。获得牦牛IGFBP3、IGFBP4基因的CDS序列分别为441 bp、777 bp,分别编码146个、258个氨基酸,Gen Bank序列号分别为MT533616、MT012934。牦牛IGFBP3、IGFBP4基因与黄牛的同源性最高,分别为99.3%、99.6%。BgIGFBP3、BgIGFBP4基因在5岁龄牦牛肝脏中表达量最高,与肾脏、心脏、小肠、脾脏、肺脏相比差异极显着（P<0.01）。随着年龄的增长,BgIGFBP3、BgIGFBP4的mRNA水平与蛋白水平均在牦牛肝脏组织中均呈现上升趋势,即5岁龄>15月龄>1日龄,在5岁龄时表达量最高,与1日龄、15月龄均存在极显着差异（P<0.01）。在37℃下0.25 mmol/L IPTG诱导6 h表达出大小约17.82 kDa的BgIGFBP3蛋白（16.82 kDa目的蛋白+1 kDa标签蛋白）,在37℃下0.5 mmol/L IPTG诱导12 h表达出大小约28.86 kDa的BgIGFBP4蛋白（27.86 kDa目的蛋白+1 kDa标签蛋白）,并纯化鉴定得到该目的蛋白。BgIGFBP3、BgIGFBP4蛋白促进牦牛肝细胞增殖、促进小鼠生长,并抑制HepG2细胞的增殖、促进其凋亡。（1）成功分离培养出牦牛原代肝细胞后,用终浓度分别为1μg/mL BgIGFBP3、2μg/mL BgIGFBP4蛋白可促进肝细胞增殖及集落形成。与对照组相比,试验组肝细胞分别用BgIGFBP3蛋白、BgIGFBP4蛋白处理均能使牦牛肝细胞GH、VEGF含量显着升高（P<0.05）,PI3K-Akt信号通路中细胞增殖相关基因ERBB2、IRS1、PIK3R1、AKT1、RAF1、MAP2K2、MAPK3的转录水平显着升高（P<0.05）。（2）与对照组相比,试验组小鼠平均日增重显着增加、料重比显着减少,肝脏、小肠脏器指数均显着增加（P<0.05）。试验组小鼠分别灌喂BgIGFBP3、BgIGFBP4蛋白小肠绒毛高度、绒隐比分别极显着、显着高于对照组（P<0.01,P<0.05）,背最长肌肌纤维面积极显着降低（P<0.01）、肌纤维密度极显着升高（P<0.01）。与对照组相比,试验组小鼠分别灌喂BgIGFBP3蛋白、BgIGFBP4蛋白均能使血清GH、ISN、VEGF含量显着升高（P<0.05）,PI3K-Akt信号通路中细胞增殖相关基因ERBB2、IRS1、PIK3R1、AKT1、RAF1、MAP2K2、MAPK3转录水平显着升高（P<0.05）。（3）分别添加不同浓度BgIGFBP3、BgIGFBP4蛋白处理HepG2细胞可抑制其活性及迁移愈合率,并在100μg/mL BgIGFBP3、20μg/mL BgIGFBP4蛋白时达到最佳效果。透射电镜图像显示,分别添加100μg/mL BgIGFBP3蛋白、20μg/mL BgIGFBP4蛋白后,可诱导HepG2细胞凋亡从而抑制其增殖。与对照组相比,试验组HepG2细胞凋亡相关因子mTOR、VEGF、PI3K、BCL2转录水平显着降低（P<0.05）,BAK、HIF1A、Casp3、Casp8、Casp9转录水平显着升高（P<0.05）,且呈浓度依赖性。以上结果为深入研究BgIGFBP3、BgIGFBP4在牦牛肝脏生长发育过程中的作用提供了一定的基础数据,可为深入理解牦牛肝脏生长发育过程提供参考与借鉴。
毕晓丹[2]（2020）在《雌雄驯鹿茸顶端间充质组织基因转录及表达差异分析》文中研究说明驯鹿（Rangifer tarandus）广泛分布于环北极圈地带的寒带动物,在我国,驯鹿仅分布在大兴安岭西北部,由鄂温克猎民所驯养。鹿茸是哺乳动物中唯一能够完全而循环再生的器官,并且无癌变迹象的快速生长发育,可以作为人类医学领域开展创伤修复、器官再生和肿瘤等研究的独特动物模型。鹿茸通常是雄性鹿科动物的特征,而驯鹿则是雌、雄都能生茸的鹿科动物。驯鹿的雌、雄鹿茸之间,以及其与其它雄性鹿科动物鹿茸之间有诸多明显的表观差异,比如分支大小、数量、粗细、复杂程度及再生脱落时间等。因此,从分子调控机理上探究、阐明这些表观差异的内在分子机制,已经是科学界极富挑战力的焦点科学问题,也是有别于仅以其它鹿科动物雄性为研究对象的、更具新颖性的独特研究领域。本研究针对人们对雌、雄驯鹿均生茸的内在分子机制了解十分匮乏的有关科学问题选题,以成年健康雌雄驯鹿茸生长旺期的顶端间充质组织为试验材料,从转录组学角度利用Illumina高通量测序平台,对雌、雄性驯鹿茸进行RNA-Seq,同时用De novo组装的方法获得驯鹿茸Unigene库,并将Unigenes序列与Nr、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam、KEGG等数据库比对进行基因的功能和结构注释,在分子水平上揭示雌雄性驯鹿茸顶端间充质组织基因转录及表达差异的内在调控机制。研究结果表明:1.通过对雌、雄性驯鹿茸顶端间充质组织的cDNA文库进行转录组测序,获得转录组原始数据,并存储于NCBI SRY数据库中,登录号:SRR9051566和SRR9051567。经过数据过滤处理,获得了高质量的洁净序列数据18.86 GB,各样品Q30碱基百分比均不小于88.73%。利用Trinity软件进行序列的从头组装,获得了驯鹿茸间充质组织的转录本和Unigenes,转录本和Unigenes数量分别为124,139和94,575条;N50长度分别为1,768 nt和1,193nt;平均长度分别911.36 nt和704.69nt。2.通过比对生物数据库,共注释到30,980个基因;序列注释结果显示与牛属普通牛的匹配序列百分比最高,为（Bos taurus）18.63%,其它属种注释如下:水牛12.83%、牦牛8.55%、藏羚羊8.13%、山羊6.47%、美洲野牛6.14%、绵羊6.08%、野猪2.23%、野骆驼1.52%、抹香鲸1.36%、其它28.06%。GO功能分类结果显示,14,618个基因归属于60个功能组,转录水平调节对鹿茸快速生长起重要的调控作用。COG和KOG功能分类结果显示驯鹿茸生长发育过程中大量基因参与到蛋白质合成、信号传递、转录等细胞活动中,说明生长因子、转录因子等功能蛋白与鹿茸的快速生长发育密切相关。在292个KEGG通路中共注释到15,167个基因,其中2条癌症通路,4条信号转导通路,3条蛋白质合成活动相关通路注释到较多的基因,显示出驯鹿茸间充质组织的类癌样生长,以及活跃的蛋白质合成过程。3.通过功能注释共筛选出与生长发育过程密切相关的22个生长因子、22个生长因体受体,77个转录因子,其中包括7个转录因子家族。生长因子和受体的大量发现说明生长因子通过和受体的相互作用传递细胞生长信号,参与驯鹿茸间充质组织生长发育过程。转录因子家族成员的大量发现表明转录因子对驯鹿茸间充质组织的生长具有广泛的调节作用。Fox、SOX、E2F转录因子家族成员之间的结构分析显示了家族内成员的共同祖先起源,各转录因子家族对驯鹿茸间充质组织生长发育的调控作用与其结构有关。驯鹿茸间充质组织中含有大量的SSR（7,480个）位点和SNP（雌、雄性分别82,226和84,435个）位点。4.通过计算基因的表达量,筛选出30个在驯鹿茸间充质组织内高表达的基因,包括8个编码信号转导机制相关蛋白的基因CDKN1B、CDKN1C、PTN、GJA1、TGFB1、IHH、MDK、ENG,其中包含4个肿瘤抑制因子;5个转录因子基因ATF4、AP-1、RUNX2、DLX5、SOX-9;17个细胞外基质蛋白基因,包括TNN、COL5A1、LGALS1、COL2A1、COL6A1、COL6A3、COL5A2、IBSP、OPN、COL9A2、COL18A1、COL15A1、WISP1、COL27A1、COL3A1、COL13A、COL4A1,这些基因与驯鹿茸间充质组织细胞的增殖、分化、细胞周期控制等活动相关。30个高表达基因的蛋白质相互作用分析结果显示信号转导机制相关蛋白与转录因子共表达,说明转录因子可能通过响应信号转导机制相关蛋白传递的细胞生长信号调控相关基因的表达,参与驯鹿茸间充质组织的生长发育过程。5.通过差异表达基因分析,共筛选出649个差异表达的基因。GO功能富集分析显示差异基因富集在细胞外空间、核糖体结构组成以及翻译等功能。KEGG通路富集分析显示差异基因富集在2条癌症通路,7条信号通路,以及细胞粘附通路等。在筛选出的32个差异表达的基因中,与软骨形成相关的基因显着下调,与细胞粘附相关的基因显着上调,说明雌、雄性驯鹿茸间充质组织的软骨形成进程和细胞粘附状态存在差异。蛋白质互作网络分析显示BMP4等10个基因对雌、雄驯鹿茸软骨化进程差异起重要的作用。RT-qPCR基因表达水平定量验证结果与转录组基因表达量计算结果基本一致。本研究对雌、雄性驯鹿茸顶端间充质组织基因转录及表达差异进行的分析所取得的研究结果,对在分子水平了解驯鹿茸生长过程中的基因结构、功能、信号传递以及雌雄性驯鹿茸生长过程的调控差异具有积极的科学意义。
董倩倩[3]（2020）在《基于脑转录组测序的青海田鼠和棕色田鼠低氧适应研究》文中认为氧是需氧生物所必需的物质。动物为适应不同的低氧环境进化出了多样的氧感知与应答机制。高原低氧（Highaltitudehypoxia）和地下低氧（Subterranean hypoxia）是陆地具有代表性的两种低氧类型。为比较两种低氧环境对动物适应与进化的影响,本论文选择田鼠亚科（Arvicolinae）的3个物种,棕色田鼠（Lasiopodomysmandarinus）、布氏田鼠（L.brandtii）和青海田鼠（Neodonfuscus）进行比较研究:棕色田鼠属于地下鼠,布氏田鼠为低海拔地面鼠,青海田鼠则是高海拔地面鼠。利用比较转录组学方法分析Unigene的基因结构,揭示棕色田鼠和青海田鼠的适应性进化机制;采用有参转录组基因差异表达分析方法,在常压低氧舱内模拟急性低氧和慢性低氧处理条件,研究棕色田鼠和布氏田鼠脑组织低氧适应机制;采用有参转录组趋势表达分析方法,在低压低氧舱内模拟4个海拔低氧处理条件,研究青海田鼠和布氏田鼠脑组织低氧适应机制。本论文从转录组进化和基因差异表达两个层面系统揭示地下鼠及高原鼠的低氧适应与进化机制,为陆栖哺乳动物低氧适应与进化理论提供新证据,并为其低氧调控的分子机制提供新的见解。主要研究结果分述如下:1.脑转录组测序、Unigene的组装和注释三种田鼠的15个脑组织样品共获得210 Gbp高质量转录组数据,3种田鼠Unigene N50长度均大于2300bp,BUSCO评估转录本组装效果较好;青海田鼠、棕色田鼠和布氏田鼠的Unigenes分别得到27572、27663和28314个注释结果。2.三种田鼠脑转录组进化分析以青海田鼠、棕色田鼠和布氏田鼠为研究对象,人和小鼠为外缘物种,利用软件Ortho MCL对蛋白序列进行同源基因的序列比对及过滤,共筛选到7039个单拷贝直系同源基因。5个物种进化速率（dN/dS）差异极显着（秩和检验,P<0.0001）,且物种间两两比较差异均达到极显着水平（秩和检验,P<0.0001）,青海田鼠进化速率最快（0.3022）,棕色田鼠次之（0.2862）,布氏田鼠第三（0.2713）,小鼠（0.1933）和人（0.1702）依次为第四、第五。共鉴定到棕色田鼠正选择基因196个,主要富集在过氧化物酶体（ko04146）、DNA损伤修复过程（GO:0006281）等;鉴定到青海田鼠正选择基因284个,不仅包含过氧化物酶体、DNA损伤修复过程等与棕色田鼠相同的条目,还有嘌呤代谢（ko00230）、细胞凋亡过程（GO:0006915）以及氧化还原过程（GO:0055114）等条目。3.棕色田鼠和布氏田鼠急性低氧脑转录组差异表达分析1)有参转录组分析结果表明,5%急性低氧处理条件下,①共得到棕色田鼠差异表达基因（DEGs）460个,其中上调DEGs的功能主要与发育（GO:0032502）和对压力的反应（GO:0006950）等有关,下调的则主要是基因表达调节和代谢过程（GO:0051252、GO:0010468、GO:0019222）;KEGG 显着富集通路（ko04510、ko04151、ko04015、ko04310）主要与抑制细胞凋亡,促进细胞增殖和血管生成有关;②共得到布氏田鼠DEGs 1120个,其中上调DEGs的功能多与免疫过程（GO:0002376、GO:0006955）、对刺激的反应（GO:0009605、GO:0050896）、运动（GO:0040011）等有关,下调DEGs的功能则主要与细胞表面受体信号通路的调节（GO:0007166）有关。2)GSEA富集分析结果表明,①棕色田鼠主要上调了细胞增殖,血管生成以及细胞对外界刺激的反应等功能,下调了氧化磷酸化,蛋白质的分泌以及细胞周期等耗氧的过程;②布氏田鼠上调的基因集与棕色田鼠上调基因集的效应较一致,不同的是布氏田鼠下调了 DNA修复通路相关的基因。4.棕色田鼠和布氏田鼠慢性低氧脑转录组差异表达分析1)有参转录组分析结果表明,10%慢性低氧处理条件下,①共得到棕色田鼠DEGs 439个,主要参与激活HIF、黏着斑、P13K-Akt和Rap1信号通路;②共得到布氏田鼠DEGs 215个,上调的主要是神经递质兴奋的调节能力（GO:0005509）等功能以及与免疫（ko04610、ko04512、ko04060）相关的通路,下调的基因主要参与对低氧刺激的反应（GO:0051716）以及体内各种类型膜的信号转导（GO:0023052、GO:0007165）。2)GSEA富集分析结果显示,①棕色田鼠上调的基因集与KEGG富集结果较为一致,都有黏着斑信号通路和自然杀伤细胞介导的细胞毒性通路,下调的基因集有许多神经性疾病类的基因集,如帕金森症,亨廷顿氏病,阿兹海默症,以及RNA降解过程。②布氏田鼠上调的基因集主要参与调节糖酵解,促进血管生成等功能,下调的基因集除与棕色田鼠下调的神经性疾病通路较一致之外,还涉及癌症通路。5.青海田鼠和布氏田鼠高海拔低氧脑转录组分析设置100 m,3000 m,5000 m和7000 m等4个模拟海拔处理组,以|log2（fold change）丨>2,P-adj<0.05为条件筛选DEGs,2种田鼠DEGs数均随海拔升高而增加;经趋势分析,在青海田鼠所有显着性趋势块中,选择显着性最大的两个,即线性上调组和线性下调组,与布氏田鼠进行比较分析。两种田鼠的线性上调组都涉及血管生成（GO:0001525）功能,青海田鼠还富集到细胞周期（GO:0007049）、蛋白质的转运（GO:0015031、GO:0006810）以及细胞对 DNA损伤刺激的反应（GO:0006974）等,布氏田鼠富集到对缺氧（GO:0001666）和寒冷的反应（GO:0009409）、糖酵解过程（GO:0061621）以及代谢相关的通路（ko00010、ko01200）;线性下调组中,青海田鼠在免疫反应等方面有功能富集,而布氏田鼠未在低氧方面显着富集到相关的通路或功能。主要结论如下:1)青海田鼠,棕色田鼠和布氏田鼠的进化速率（dN/dS）较快,是比较转录组学进化分析较好的生物模型。棕色田鼠和青海田鼠均对各自低氧环境产生了适应性进化,棕色田鼠正选择基因在氧化应激、代谢以及DNA损伤修复等方面显着富集,青海田鼠正选择基因不仅与棕色田鼠有相似的功能富集,而且还在嘌呤代谢、细胞凋亡以及氧化还原等功能显着富集。这可能是因为地下低氧环境相对简单,洞道内温度、湿度相对稳定,而与高原低氧相关的低温、强紫外线等环境因子更为复杂、严酷。结果表明,地下鼠和高原鼠都在氧化应激、代谢以及DNA损伤修复等方面对低氧环境产生了适应性进化。2)棕色田鼠对环境低氧表现出更强的氧感知与调控能力,布氏田鼠则表现为低氧胁迫应答。急性低氧使得棕色田鼠应对压力的反应等功能相关的基因显着上调,代谢过程相关的基因显着下调;而布氏田鼠受损更重,上调了免疫反应和对刺激的反应,下调DNA修复的过程。慢性低氧处理激活了棕色田鼠HIF信号通路,下调神经类疾病相关通路;布氏田鼠上调神经递质的调节能力、免疫、信号转导以及对低氧的反应。结果表明,棕色田鼠对低氧环境的感知和调节能力较强,布氏田鼠则表现为低氧胁迫应答,且随环境低氧强度则加深而胁迫效应加重。3)青海田鼠对高原低氧有更好的适应性,下调的免疫等耗氧过程相关的基因,且上调了提高细胞周期和DNA损伤修复的反应等基因,可以快速更新细胞,维持机体的正常功能;布氏田鼠上调的基因主要参与对缺氧和寒冷的反应、糖酵解过程以及代谢相关的通路和功能。总之,我们的研究表明,持续而稳定的环境低氧压力导致青海田鼠和棕色田鼠产生相近的分子进化机制,而环境O2含量的变化则可导致物种产生多样性的生理应答机制。
石斌刚[4]（2020）在《天祝白牦牛肌肉生长和肌内脂肪沉积相关基因筛选与鉴定》文中进行了进一步梳理牦牛（Bos grunniens）主要分布在青藏高原及其毗邻高海拔地区,以产肉和产奶为主。牦牛肉是当地牧民重要的动物性蛋白来源,但与普通牛肉相比,肌纤维较粗、肌内脂肪（IMF）沉积少而嫩度差。遗传对畜禽肉质性状有重要的影响,为了解析牦牛肉品质形成的转录调控机制,本研究以6月龄（M6,n=3）、30月龄（M30,n=3）和54月龄（M54,n=3）天祝白牦牛为研究对象,利用转录组（RNA-Seq）、同位素标记相对绝对定量蛋白质组学（Tandem Mass Tag,TMT）和荧光定量PCR（RT-qPCR）等方法,探究牦牛肌肉和IMF发育的转录调控机制,为发掘牦牛肌肉品质功能基因及分子育种应用提供理论依据。主要研究结果如下:1.天祝白牦牛6?30月龄生长速度较30?54月龄快;随年龄增长,肌肉剪切力值、IMF含量显着增加,且肌纤维直径显着增大（P<0.05或P<0.01）。2.不同年龄天祝白牦牛背最长肌RNA-Seq分析,M6 vs M30、M30 vs M54和M6vs M54组分别鉴定到1576个、124个和1407个差异表达基因（DEGs）（P-adjust<0.05&|log2FC|>=1）;STEM（Short Time-series Expression Miner）时序性表达分析得到上调和下调DEGs分别为783个和747个,分别显着富集于393个和86个GO条目,包括多个与肌肉发育和脂质代谢相关GO条目;KEGG富集分析表明上调和下调DEGs分别富集在64个和16个信号通路中,包括PI3K-Akt、FoxO、PPAR等与肌肉发育和脂质代谢相关的信号通路;基因功能和通路分析,上调DEGs鉴定到7个肌肉发育（MSTN、IGF1、IGFBP5、IGFBP6、MYL1、MYL3、TNNT1）和4个脂肪沉积（ADIPOQ、FABP4、PLIN1、LPL）候选基因,下调DEGs鉴定到7个肌肉发育（IGF2、IGF1R、IGFBP1、IGFBP2、FOXO1、FOXO3、FBXO32）和6个脂肪沉积（ACSL4、STAT5A、ACACB、LPIN1、PPARδ、ADIPOR1）候选基因;随机选取的14个DEGs的RT-qPCR验证结果与测序结果一致。3.不同年龄天祝白牦牛背最长肌TMT分析,共鉴定获得17708条多肽和4770个阳性表达蛋白,M6 vs M30、M30 vs M54和M6 vs M54组分别获得424个、139个和475个差异蛋白（DEPs）（Fold change≥1.2或≤0.8和P<0.05标准）;其中上调和下调DEPs分别为216个和460个,且分别显着富集于153个和330个GO条目,包括发育、肌肉肥大负向调节、磷脂分解代谢、脂质储存、脂质代谢和脂肪酸代谢等多个与肌肉发育和脂质代谢相关GO条目;KEGG富集表明上调DEPs显着富集在补体途径、金黄色葡萄球菌感染和甲状腺激素合成等12个信号通路中,下调差异蛋白显着富集在氧化磷酸化和帕金森病等18个信号通路,包括心肌收缩、ECM受体相互作用及脂肪酸代谢、脂肪酸降解、脂肪酸延长等与生长发育和脂肪酸代谢相关通路;蛋白功能和通路分析鉴定了11个生长发育（MYL3、MYLK2、MyBP-C、MyBP-H、MYL9、MYH10、MYH13、TPM1、CFL1、CSRP1、CSRP3）和14个脂肪酸代谢和脂肪沉积（HADHA、HADHB、HADH、ACADM、ACADVL、ACADSB、ACAD8、FASN、CD36、FABP3、HSPB1、HSPB6、HSPB7、HSPB8）相关DEPs;蛋白互作网络分析发现,MYL3、MYL9、MYH10、MYLK2、TPM1及CD36、HADH、HADHA、HADHB、ACADM、ACADVL、FABP3等分别处于肌肉发育和脂肪沉积相关蛋白网络重要节点位置,可能是调控牦牛肌肉生长和IMF沉积的重要蛋白。本研究在阐明天祝白牦牛生长发育及肌肉品质变化规律的基础上,通过转录组和蛋白组分析,获得PI3K-Akt、心肌收缩、FoxO及PPAR等多个与肌肉发育和脂肪沉积相关的信号通路;鉴定了MSTN、IGF1、MYL1、IGFBP1、FOXO1、MYL3、MYL9、MYH10等25个与牦牛肌肉发育相关基因和蛋白,ADIPOQ、FABP4、PLIN1、LPL、HADHA、ACADM、FASN、CD36、FABP3、HSPB1等24个与IMF沉积相关的基因和蛋白。研究结果为阐明天祝白牦牛肌肉发育和IMF沉积的分子机制提供了基础数据。
杨玉梅[5]（2020）在《牦牛与西藏黄牛肺脏组织的DNA甲基化及表观修饰酶基因表达分析》文中研究表明牦牛主要分布于青藏高原地区,能在高寒、低氧、强紫外线等极端环境条件下生存,在当地畜牧业发展中占有十分重要的地位。低氧适应性受多基因、多通路级联调控,是一个复杂的调控过程。其中基因组DNA甲基化可以通过调节相关基因与转录因子结合以及改变染色质结构来调节基因的表达。本研究选取类乌齐牦牛和西藏黄牛为研究对象,绘制牦牛肺脏组织的全基因组甲基化图谱,分析牦牛与西藏黄牛间的DNA甲基化差异;探究牦牛和西藏黄牛各组织中表观修饰酶相关基因的表达差异。结果如下:1.对类乌齐牦牛和西藏黄牛进行全基因组DNA甲基化测序,共得到原始数据517.44 Gb。从全基因组角度绘制了牦牛的甲基化图谱,显示CG序列甲基化水平最高,远高于CHH和CHG类型,甲基化模式以CG类型为主,且外显子为甲基化水平最髙的功能元件。2.共筛选出127 726个差异性甲基化区域（DMR）,与西藏黄牛相比,类乌齐牦牛的DMR相关基因多为低甲基化模式。对启动子DMR相关基因进行GO功能富集,发现DMR相关基因主要富集在金属离子结合、ATP结合、Ca离子结合、转录DNA模板和蛋白水解等14条GO条目中;对显着差异DMR相关基因进行KEGG通路富集分析发现,DMR相关基因富集于T细胞受体信号通路、谷氨酸能突触、HIF信号通路、AMPK信号通路等与免疫应答、神经调节、能量代谢和信号转导相关的159条通路。3.在类乌齐牦牛和西藏黄牛中,HDAC1和DNMT3B基因在肺脏、心脏、肝脏和肾脏中表达量较高;KDM3A和DNMT1基因肺脏和心脏的表达量较高,而DNMT3A在心脏中的表达量较高;DNMT1、DNMT3A和DNMT3B在小脑、下丘脑和大脑组织中的表达量最低,可能与保护脑部因低氧而受损伤有关。以上研究结果为进一步研究牦牛低氧适应的表观调控机制提供了理论依据,是今后研究低氧适应性的重要方向和目标之一。
谢凤莲[6]（2019）在《不同季节牦牛机体棕色脂肪组织相关基因表达差异及其脂肪酸组成成分的比较》文中指出棕色脂肪组织（brown adipose tissue,BAT）利用脂肪酸作为代谢底物,通过β氧化和解偶联蛋白1（uncoupling protein 1,UCP1）的去耦作用在线粒体中产生热量,燃烧脂肪。目前,关于BAT研究主要集中于人和小型哺乳动物,而在较大的动物身上鲜有报道。长期在高原环境下生活的牦牛拥有耐寒的独特体质,使牦牛成为探究动物机体对寒冷环境适应性机制最佳的研究对象。因此,本试验针对不同季节牦牛机体棕色脂肪组织相关基因差异表达和其脂肪酸成分是否有关联,随机选取冷季（一月）和暖季（十月）的放牧成年牦牛脊椎、肩胛、皮下、肾脏周围、腹部五个脂肪组织作为试验材料,开展免疫组化、Western blotting、Real-time PCR、RNA-Seq技术以及测定脂肪酸成分一系列的研究,从分子角度揭示牦牛机体棕色脂肪,并为牦牛在寒冷环境下生存的机理提供基础数据。研究结果如下:（1）UCP1蛋白表达和基因相对表达量:利用免疫组化和Western blotting检测得到UCP1蛋白在不同季节牦牛五个脂肪组织中均有表达,且在皮下脂肪、肩胛、肾脏脂肪组织中表达较高,差异显着（P<0.05）,冷季牦牛各个脂肪组织中UCP1蛋白表达量显着高于暖季（P<0.05）。通过Real-time PCR检测到UCP1基因在不同季节牦牛各个脂肪组织均有表达,在皮下脂肪、肩胛、肾脏脂肪组织中表达较高,与其蛋白表达趋势基本一致。因此,寒冷环境会胁迫牦牛UCP1蛋白和基因相对表达量高于暖季。（2）RNA-Seq技术分析差异基因:筛选得到不同季节牦牛脊椎脂肪组织中上调基因有2305个,下调基因有2364个,两组之间共有差异基因有13236个。较暖季,冷季牦牛脊椎组织中UCP1、COX1、CEBPA、FABP4、PPARG等基因显着上调,PRDM16、ATP2A2、BMP7、FADS1等基因显着下调。育肥牦牛样品中上调基因有1158个,下调基因共有731个,共有差异基因有13696个。较放牧,育肥牦牛脊椎组织中SPP1、UCP2、CEBPA等基因显着上调,UCP1、BMP7、ELOVL6、FASN等基因显着下调。因此,冷季牦牛脊椎脂肪组织中高表达的基因较暖季多,寒冷气候会影响牦牛脊椎脂肪组织基因的表达。育肥牦牛和放牧牦牛基因表达模式相近,仅有少数基因发生变化,比起育肥,寒冷环境更会影响牦牛机体内基因的表达。（3）GO富集分析:在不同季节牦牛脊椎脂肪组织差异基因GO富集条目是943个,主要富集在细胞组成,极显着富集在线粒体内膜、核糖体、线粒体。育肥牦牛脊椎脂肪组织差异基因富集1104个GO分类,主要显着富集在磷蛋白磷酸酶活性、水解酶活性,作用于酯键、蛋白酪氨酸磷酸酶活性等分子功能,细胞组成中富集最少。因此,寒冷季节会影响牦牛机体脂肪细胞的组成,但是育肥主要通过分子功能来调节牦牛机体的细胞活性。（4）KEGG富集分析:不同季品牦牛样品差异基因共参与304条通路,主要参与粘附斑激酶、氧化磷酸化、PI3K-Akt信号通路、ECM-受体相互作用、脂肪酸降解等23条通路。育肥样品共参与294条通路,主要参与溶酶体、吞噬体、类风湿性关节炎等27条通路。其中UCP1基因参与3条通路,分别为:Huntington’s disease、PPAR信号通路、Apelin信号通路。不同季节牦牛样品UCP1基因主要参与富集74个基因的Huntington’s disease代谢通路,而育肥牦牛样品中参与显着富集项是PPAR信号通路,共富集到19个基因。因此,寒冷环境和育肥会影响牦牛机体内部代谢途径的变化。（5）牦牛脂肪组织脂肪酸成分分析:不同季节牦牛各个脂肪组织中的脂肪酸主要以饱和脂肪酸为主,脂肪酸含量有明显差异。相比暖季,冷季随着牦牛各个脂肪组织中UCP1基因相对表达量的变化,其脂肪酸PUFA、C16:0、MUFA、C18:0、C18:1n9含量也会变化。牦牛不同脂肪组织中检测到BCFA,除肩胛外,其余组织中冷季BCFA含量低于暖季,且UCP1基因相对表达量越高的组织BCFA含量越低。因此,说明牦牛在寒冷季节,随着牦牛脂肪组织中其脂肪酸C16:0、BCFA、C18:0、C18:1n9等脂肪酸含量的变化,会影响UCP1基因相对表达量的变化,具体影响机制需要进一步研究。
程晋[7]（2019）在《GPR54基因变异对牛早熟性的作用及分子机制研究》文中研究指明早熟性是牛品种评价和利用的一个十分重要的特性,涉及到牛的性成熟和经济性状成熟,已被作为青春期年龄、体重、生产性能等经济性状的重要考评指标。在牛育种中,早熟性常被用来选择亲本和评价育种方案的重要依据。牛青春期启动过程像其品种资源一样复杂多变,其青春期启动的基因调控复杂,遗传基础不明,一直是肉牛遗传育种领域需要破解的难题。近年来研究发现GPR54基因是调控青春期启动的关键候选基因。目前我们对肉牛GPR54基因的表达调节机制及基因的功能并不清楚,对GPR54基因变异对早熟性的作用及其机制也知之甚少。研究GPR54基因在初情期不同的牛种群中的变异、表达差异、转录调控机制以及对牛早熟性的影响,对探明肉牛早熟性的分子机制和牛品种培育的遗传操控具有重要的科学价值。本文通过对安徽省6个黄牛品种（皖南黄牛WN、大别山牛BS、皖北牛WB、皖东牛WD、西门塔尔牛ST和荷斯坦牛HT）、1个水牛品种（江淮水牛JH）和1个牛杂交育种群体（皖北牛×西门塔尔牛WS）进行GPR54基因5’近端调控区（PRR）多态性检测,分析PRR多态性的分布规律,测定和分析牛初情期与PRR多态性之间的关联性;使用JASPAR CORE和PROTTER技术预测PRR多态性的作用机制,并用报告基因技术研究GPR54基因表达水平、PRR多态性和转录因子之间的关系;运用RNAseq技术在全基因组水平研究PRR多态性对关联基因转录水平和信号通路的影响;应用全球开放数据库信息,在全基因组水平上进行GPR54互作网络分析和相关基因与早熟性的关联性研究。完成的主要研究工作和成果总结如下:1)GPR54基因多态性与牛早熟性之间的关联性密切。在8个牛群体中进行GPR54基因多态性检测,发现不同初情期牛GPR54基因5’近端调控区存在-794A/C、663T/C和601C/T三个多态位点,联合形成ATC、CCT和CTC单倍型,单倍型与牛初情期日龄和GPR54 m RNA的相对丰度显着相关（P<0.01）,其中WB、WN和BS以ATC为优势单倍型,WD、ST、HT和WS以CCT为优势单倍型,而JH以CTC为优势单倍型。2)预测结果表明,GPR54基因通过改变蛋白质结构和m RNA转录水平影响牛早熟性。与黄牛相比,水牛GPR54的N-末端氨基酸替换导致第二配体结合位点拉近N-末端和第三细胞外环之间的距离（由0.10?拉近到0?）,这种结构变化改变了信号传递和放大水平;另一方面,GPR54基因通过启动子多态性选择性地结合转录因子,导致GPR54转录水平的变化,影响牛的早熟性。3)通过报告基因技术研究结果显示,PRR启动子多态性影响转录因子的活性,导致不同启动子牛的GPR54表达存在差异。CCT的启动子效率最高,CTC次之,ATC较低。GPR54基因启动子存在多态性,有选择地招募特异转录因子参与启动和调节GPR54m RNA的表达水平,形成牛早熟性差异的启动子多态性调控机制。4)转录组研究显示,不同初情期牛的差异表达基因主要分布在免疫系统（6 vs 11）、感染性疾病（14 vs 15）、遗传信息处理（7 vs7）、以及环境信息处理（10 vs 23）4个路径处理上。比较不同基因型牛信号通路显示,CCCCTT型牛通过上调Ca M、BCR和Tp12/Cot基因转录水平,影响促性腺激素基因表达和分泌作用;AATTCC型牛通过下调Ca M、PLD、MKP、RGS2和MMP9基因减弱促性腺激素基因表达和分泌作用。CCCCTT型牛上调Ferritin,AATTCC牛下调Ca BP9K和DMT1,在胚胎成功植入方面存在差异。5)利用公开数据库和STRING分析GPR54互作网络,解析GPR54的蛋白伴侣及在WD和BS中的表达水平。结果显示,GPR54与Gn RH信号通路等多个信号通路上的蛋白互作,并与UTS2R以及FOXB1和NEUROG2等多个转录因子共表达;TAC3、POMC以及转录因子FOXB1、NEUROG2、ZFPM1和ZSCAN25表达水平与牛GPR54基因不同启动子基因型有关。
王海禄[8]（2019）在《雪兔毛色季节性变化皮肤转录组的分析》文中指出雪兔（Lepus timidus）是世界上皮毛颜色跟随季节变化而变化的动物之一。其季节性毛色变化是为了适应冬季冰雪环境变化的一种适应性进化,调控机制尚不清楚。本研究选取3只内蒙古阿尔山成年雪兔为研究对象,对雪兔4月、5月、7月和9月皮肤样本进行转录组测序,分析比较不同月份下影响毛色变化的差异表达基因,筛选出显着差异表达基因并进行功能注释以及信号通路分析,初步探讨季节性毛色变化过程中的涉及的调控基因。主要研究结果如下:1.利用高通量测序平台对雪兔4月中旬、5月、7月和9月下旬的皮肤样品进行转录组测序。12个样品测序共产生了 60.12的Clean Data,每个样品测序产出不少于 4.5Gb。组装拼接后共得到 195,744 条 Transcript 和 76,581 条 Unigene;N50分别是4,505bp和1,966bp;平均长度为2535.33bp和1104.02bp。通过与不同的数据库进行比对,共有23,804个Unigene得到注释信息,其中注释到COG数据库有6324条,14883条注释到GO数据库,9664条注释到KEGG数据库。2.通过7月与9月样品之间的差异表达基因富集,筛选出697个显着差异表达基因（p<0.01）,其中显着上调基因163个,显着下调基因534个;4月与7月样品之间筛选出197个显着差异表达基因,其中显着上调基因107个,显着下调基因90个;4月与9月样品之间筛选出717个显着差异表达基因,其中显着上调基因272个,显着下调基因445个；5月与7月样品之间筛选出611个显着差异表达基因,其中显着上调基因145个,显着下调基因466个;5月与9月样品之间筛选出2805个显着差异基因,其中显着上调基因1018个,显着下调基因1787个；4月与5月样品之间筛选出7个显着差异基因,其中显着上调基因5个,显着下调基因2个。3.将差异表达基因进行G0和KEGG富集分析,结果表明7月与9月样品组注释到GO数据库有4607个DEG Unigene,554条Unigene注释到147条KEGG途径；4月与7月样品组注释到样品组注释到G0数据库有496个DEG Unigene,99条Unigene注释到73条KEGG途径;4月与9月样品组注释到GO数据库有3593个DEG Unigene,538条Unigene注释到155条KEGG途径;4月与5月样品组注释到GO数据库有19个DEGUnigene,没有差异表达基因注释到KEGG途径;5月与7月样品组注释到G0数据库有2909个DEG Unigene,357条Unigene注释到108条KEGG途径;5月与9月样品组注释到G0数据库有14274个DEG Unigene,2070条Unigene注释到210条KEGG途径。4.利用表达谱对皮毛颜色相关的黑色素生成通路进行分析,结果表明,4月与7月和5月与7月样品组有MEK、Frizzled、AC和CAMK显着下调,但影响黑素色合成的TYR正常表达。4月与9月、5月与9月和7月与9月样品组都有上述通路下调,但TYR显着下调,TYR下调直接影响黑色素的合成的能力,从中共筛选出14个差异表达基因显着下调（CREB3L1、TYR、FZ1、MAP2K1、ADCY2、CREB3L2、CaMKII、ADCY5、ADCY9、CaMK2A、CaMK2D、PLCD4、PLCB4、CORIN）,4 个差异表达基因显着上调（Agouti、WNT-5a、Gsk-3 3、Lef1）。通过对雪兔各个月份的转录本分析,从中筛选出18个差异表达基因,这些基因都直接或间接参与到黑色素生成的过程中,为后续揭示季节性毛色调控机制提供数据基础。
赵国丽[9]（2019）在《基于转录组学鉴定荷斯坦青年母牛繁殖力性状相关基因及机理研究》文中认为在过去的20年里中国荷斯坦奶牛在选择强度的加大下,单产水平急剧攀升而繁殖力缓慢下降,与其他奶业发达国家繁殖力发展规律基本一致,高产奶牛在生理和代谢方面都发生了极大变化来适应高产的生产环境,一般在规模奶牛场受精率在90%左右,而产犊率在60%左右,在生产中存在30%左右的胚胎丢失或胎儿死亡,因此,早期隐性流产是影响繁殖力的重要因素,基于上述背景,本研究开展了以下方面的工作:1.荷斯坦青年母牛孕酮分泌范型建立与早期隐性流产研究随机选取100头13月龄-14月龄中国荷斯坦青年奶牛作为研究对象,配种当天计作0天,其后每隔3天尾跟采血1次,直到配种后60天,同时在30天与60天B超妊娠检查时做好每头牛的繁殖记录,每头牛做好标记,采血后立即离心取血浆进行孕酮测定,孕酮测定采用放射免疫法测定,数据分析采用SAS软件单因素方差分析,结果显示了正常妊娠组56头牛孕酮分泌范型:第 3 天为 1.255ng/mL±0.554 ng/mL,第 6 天 2.973 ng/mL±1.241 ng/mL,第9天4.237ng/mL±1.590ng/mL,第3天到第9天孕酮水平急剧升高,第21天5.957 ng/mL±2.524 ng/mL,大于2ng/mL,随后孕酮水平保持在6ng/mL,符合早期胚胎发育所需的组织营养特别是孕酮的需求变化,根据孕酮分泌范型结合母牛个体孕酮曲线急剧下降节点判定早期隐性流产组牛17头:第18天3头,第21天3头,第33天3头,第39天3头;第45天2头,第51天3头;60天受胎率为70%,早期隐性流产率17%。2.荷斯坦青年母牛早期隐性流产转录组测序与候选基因筛选选取青年荷斯坦母牛早期隐性流产组第18天、第21天、第33天、第39天和第51天各3头,相对应天数正常发育组各3头为对照,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序研究,结果显示:第18天发现32个差异表达基因,其中15个基因上调,17个基因下调;第21天发现175个差异表达基因,102个上调,74个下调;第33天发现5个差异表达基因,1个基因上调,4个下调;第39天发现10个差异表达基因,2个上调,8个下调:第51天发现2个上调基因,0个下调基因。根据生物信息学相关分析共筛选出6个早期隐性流产相关候选基因:p38、Fas、CDH2、VCAM1、MMP14、EEF1A1。3.荷斯坦青年母牛繁殖力生物信息学分析通过生物信息学研究发现:p38和Fas可能调控了黄体细胞凋亡;CDH2基因表达产物作为钙离子依赖的细胞粘附素家族一员,可能在调节胚胎神经管的形成起到重要作用,基因的下调导致早期胚胎死亡;VCAM1基因表达的糖蛋白分子,可能介导了早期胚胎与子宫内膜的粘附作用;MMP14基因表达一种锌依赖型蛋白水解酶,在早期胚胎侵润子宫内膜起到关键作用,EEF1A1是真核生物翻译延长因子三者共同作用完成早期胚胎的附植准备工作。
谷笑笑,张娇,王振华,潘康成[10]（2018）在《抑制性消减杂交技术（SSH）在动物免疫相关基因方面的研究进展》文中指出抑制性消减杂交技术（SSH）以抑制PCR方法为基础结合消减杂交,是新兴的一种用于高效分离差异基因的手段,因其具有敏感度高、假阳性率低、操作简便等优点,广泛应用于动物免疫领域。本文综述了SSH技术原理、应用概况,SSH技术在不同免疫刺激对动物免疫相关基因影响研究上的应用以及SSH技术的优缺点,并对其研究方向和技术改良等做出展望。
二、牦牛肾脏cDNA文库的构建（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、牦牛肾脏cDNA文库的构建（论文提纲范文）
（1）牦牛肝脏转录组学分析及IGFBP3、IGFBP4基因的功能探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语注释表 |
| 前言 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 IGFBP3、IGFBP4 结构 |
| 1.2 IGFBP3、IGFBP4 生物学功能 |
| 1.2.1 IGFBP3、IGFBP4 与机体生长发育 |
| 1.2.2 IGFBP3、IGFBP4 与肿瘤发生 |
| 1.2.3 IGFBP3、IGFBP4 表达调控 |
| 1.3 IGFBP3、IGFBP4 应用前景 |
| 第2章 牦牛肝脏不同生长阶段差异表达基因分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 试验试剂 |
| 2.1.3 试验仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 组织切片制作与染色 |
| 2.2.2 RNA提取、文库构建与高通量测序 |
| 2.2.3 生物信息学分析 |
| 2.2.4 qRT-PCR差异验证 |
| 2.3 试验结果 |
| 2.3.1 组织形态学观察结果 |
| 2.3.2 RNA提取与cDNA文库质量检测结果 |
| 2.3.3 测序数据分析与注释结果 |
| 2.3.4 新转录本预测与基因表达水平结果 |
| 2.3.5 差异表达基因结果 |
| 2.3.6 GO、KEGG富集结果 |
| 2.3.7 差异验证结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 不同生长阶段肝脏组织形态学分析 |
| 2.4.2 不同生长阶段肝脏转录组分析 |
| 2.4.3 不同生长阶段肝脏发育关键基因的筛选 |
| 第3章 牦牛IGFBP3 的克隆表达及功能探究 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 试验动物 |
| 3.1.2 试验试剂 |
| 3.1.3 试验仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 RNA提取及cDNA合成 |
| 3.2.2 基因扩增及生物信息学分析 |
| 3.2.3 组织表达检测 |
| 3.2.4 免疫组化检测 |
| 3.2.5 原核表达载体的构建及蛋白诱导表达 |
| 3.2.6 蛋白纯化及浓度测定及鉴定 |
| 3.2.7 原代肝细胞的分离培养 |
| 3.2.8 CCK8 检测 |
| 3.2.9 集落形成试验 |
| 3.2.10 划痕试验 |
| 3.2.11 透射电镜观察 |
| 3.2.12 生长性能指标测量 |
| 3.2.13 ELISA检测 |
| 3.2.14 qRT-PCR检测 |
| 3.2.15 统计学分析 |
| 3.3 试验结果 |
| 3.3.1 RNA提取及BgIGFBP3 基因扩增 |
| 3.3.2 BgIGFBP3 基因生物信息学分析 |
| 3.3.3 BgIGFBP3 基因组织表达谱 |
| 3.3.4 BgIGFBP3 基因在牦牛不同生长阶段肝脏中的表达 |
| 3.3.5 BgIGFBP3 蛋白在牦牛不同生长阶段肝脏的定位及表达 |
| 3.3.6 BgIGFBP3 蛋白表达、纯化及鉴定 |
| 3.3.7 牦牛原代肝细胞的分离培养 |
| 3.3.8 BgIGFBP3 蛋白对肝细胞增殖活性、集落形成能力的影响 |
| 3.3.9 BgIGFBP3 蛋白对肝细胞生长类激素指标的影响 |
| 3.3.10 BgIGFBP3 蛋白对肝细胞PI3K-Akt信号通路表达的影响 |
| 3.3.11 BgIGFBP3 蛋白对小鼠生长性能的影响 |
| 3.3.12 BgIGFBP3 蛋白对小鼠小肠、背最长肌组织形态的影响 |
| 3.3.13 BgIGFBP3 蛋白对小鼠血清生长类激素指标的影响 |
| 3.3.14 BgIGFBP3 蛋白对小鼠肝脏PI3K-Akt信号通路表达的影响 |
| 3.3.15 BgIGFBP3 蛋白对HepG2 细胞增殖活性及迁移能力的影响 |
| 3.3.16 BgIGFBP3 蛋白对HepG2 细胞超微结构的影响 |
| 3.3.17 BgIGFBP3 蛋白对HepG2 细胞凋亡相关因子表达的影响 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 BgIGFBP3 基因克隆及表达 |
| 3.4.2 BgIGFBP3 蛋白功能初探 |
| 第4章 牦牛IGFBP4 的克隆表达及功能探究 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 试验动物 |
| 4.1.2 试验试剂 |
| 4.1.3 试验仪器 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 基因扩增及生物信息学分析 |
| 4.2.2 组织表达检测 |
| 4.2.3 WB检测 |
| 4.2.4 免疫组化检测 |
| 4.2.5 原核表达载体构建与蛋白诱导表达、纯化、浓度测定及鉴定 |
| 4.2.6 CCK8 检测 |
| 4.2.7 集落形成试验 |
| 4.2.8 划痕试验 |
| 4.2.9 透射电镜观察 |
| 4.2.10 生长性能指标测量 |
| 4.2.11 ELISA检测 |
| 4.2.12 qRT-PCR检测 |
| 4.2.13 统计学分析 |
| 4.3 试验结果 |
| 4.3.1 BgIGFBP4 基因扩增 |
| 4.3.2 BgIGFBP4 基因生物信息学分析 |
| 4.3.3 BgIGFBP4 基因组织表达谱 |
| 4.3.4 BgIGFBP4 基因在牦牛不同生长阶段肝脏中的表达 |
| 4.3.5 BgIGFBP4 蛋白在牦牛不同生长阶段肝脏中的表达 |
| 4.3.6 BgIGFBP4 蛋白在牦牛不同生长阶段肝脏的定位及表达 |
| 4.3.7 BgIGFBP4 蛋白表达、纯化及鉴定 |
| 4.3.8 BgIGFBP4 蛋白对肝细胞增殖活性、集落形成能力的影响 |
| 4.3.9 BgIGFBP4 蛋白对肝细胞生长类激素指标的影响 |
| 4.3.10 BgIGFBP4 蛋白对肝细胞PI3K-Akt信号通路表达的影响 |
| 4.3.11 BgIGFBP4 蛋白对小鼠生长性能的影响 |
| 4.3.12 BgIGFBP4 蛋白对小鼠小肠、背最长肌组织形态的影响 |
| 4.3.13 BgIGFBP4 蛋白对小鼠血清生长类激素指标的影响 |
| 4.3.14 BgIGFBP4 蛋白对小鼠肝脏PI3K-Akt信号通路表达的影响 |
| 4.3.15 BgIGFBP4 蛋白对HepG2 细胞增殖活性及迁移能力的影响 |
| 4.3.16 BgIGFBP4 蛋白对HepG2 细胞超微结构的影响 |
| 4.3.17 BgIGFBP4 蛋白对HepG2 细胞凋亡相关因子表达的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 BgIGFBP4 基因克隆及表达 |
| 4.4.2 BgIGFBP4 蛋白功能初探 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 研究生期间学术成果 |
| 致谢 |
（2）雌雄驯鹿茸顶端间充质组织基因转录及表达差异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 鹿茸的概况 |
| 1.1.1 鹿茸的组织结构 |
| 1.1.2 鹿茸的化学成分 |
| 1.1.3 鹿茸生长发育的规律 |
| 1.1.4 鹿茸生长发育的影响因素 |
| 1.2 驯鹿及驯鹿茸 |
| 1.2.1 驯鹿 |
| 1.2.2 驯鹿茸 |
| 1.3 转录组学研究技术 |
| 1.3.1 RNA-Seq技术 |
| 1.3.2 RNA-Seq技术在非模式生物中的应用 |
| 1.3.3 RNA-Seq技术在鹿茸研究中的应用 |
| 1.4 生物信息学技术对基因的注释 |
| 1.4.1 生物信息学概述 |
| 1.4.2 常用生物数据库 |
| 1.4.3 生物信息学技术对基因的注释策略 |
| 1.5 实时荧光定量PCR技术 |
| 1.5.1 实时荧光PCR原理 |
| 1.5.2 实时荧光PCR的定量原理 |
| 1.5.3 实时荧光PCR的相对定量2~(-ΔΔCt)法 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 2 驯鹿茸间充质组织转录组测序及序列组装 |
| 2.1 试验材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 RNA提取 |
| 2.1.3 cDNA测序文库构建 |
| 2.1.4 文库上机测序 |
| 2.1.5 测序原始数据的分析与检测 |
| 2.1.6 测序数据的组装 |
| 2.1.7 文库测序结果质量控制 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 驯鹿茸样品采集结果 |
| 2.2.2 RNA浓度及质量检测 |
| 2.2.3 测序数据质量控制 |
| 2.2.4 测序数据量统计 |
| 2.2.5 测序数据的De novo组装 |
| 2.2.6 测序数据与组装结果的比对 |
| 2.2.7 转录组测序文库质量评估 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 样品采集 |
| 2.3.2 转录组测序与组装 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 驯鹿茸间充质组织基因的功能注释与分析 |
| 3.1 试验方法 |
| 3.1.1 基因功能注释 |
| 3.1.2 基因结构注释 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 蛋白质信息库的注释 |
| 3.2.2 GO功能分类 |
| 3.2.3 COG和KOG功能分类 |
| 3.2.4 KEGG通路分析 |
| 3.2.5 驯鹿茸生长相关的功能基因筛选 |
| 3.2.6 基因结构分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 Unigenes的功能注释 |
| 3.3.2 数据库的功能分类 |
| 3.3.3 生长发育功能相关基因的筛选 |
| 3.3.4 基因的结构注释 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 驯鹿茸间充质组织基因表达量分析及定量验证 |
| 4.1 试验材料与方法 |
| 4.1.1 主要试剂 |
| 4.1.2 主要仪器 |
| 4.1.3 主要方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 高表达基因的筛选 |
| 4.2.2 高表达基因的功能预测 |
| 4.2.3 差异表达基因筛选 |
| 4.2.4 差异表达基因的功能注释 |
| 4.2.5 差异表达基因GO功能富集分析 |
| 4.2.6 差异表达基因KEGG通路富集分析 |
| 4.2.7 驯鹿茸生长相关差异表达基因筛选 |
| 4.2.8 差异表达基因的相互作用 |
| 4.2.9 基因表达的RT-qPCR的定量验证 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 高表达基因的筛选 |
| 4.3.2 差异表达基因的筛选 |
| 4.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 附件 |
（3）基于脑转录组测序的青海田鼠和棕色田鼠低氧适应研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 概述 |
| 1.1 高原低氧与地下洞道低氧适应 |
| 1.2 缺氧对脑组织的影响 |
| 1.3 测序技术的发展及应用 |
| 1.4 研究对象的相关研究进展 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 1.6 研究内容 |
| 2 脑转录组测序、Unigene的组装和注释 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 RNA的提取与质控 |
| 2.3.2 RNA测序与数据过滤 |
| 2.3.3 测序数据质控 |
| 2.3.4 Unigene的组装 |
| 2.3.5 Unigene组装质量评估 |
| 2.3.6 Unigene注释 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 转录组测序与Unigenes的组装和注释 |
| 2.4.2 三种田鼠Unigenes的注释结果分析 |
| 3 三种田鼠脑转录组进化分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 研究对象 |
| 3.2.2 无参转录本ORF和蛋白序列的预测及注释 |
| 3.2.3 单拷贝直系同源基因的鉴定方法 |
| 3.2.4 序列饱和度的检测方法 |
| 3.2.5 进化树的构建方法 |
| 3.2.6 进化速率的分析方法 |
| 3.2.7 正选择基因的鉴定及富集分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 无参转录本蛋白序列预测和注释 |
| 3.3.2 单拷贝直系同源基因鉴定 |
| 3.3.3 序列饱和度检测 |
| 3.3.4 进化树构建 |
| 3.3.5 进化速率分析 |
| 3.3.6 正选择基因及富集分析 |
| 3.4 讨论 |
| 4 棕色田鼠和布氏田鼠脑低氧转录组比较分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 两种田鼠与各自参考基因组的比对结果 |
| 4.3.2 急性低氧两种田鼠转录组差异表达分析 |
| 4.3.3 慢性低氧两种田鼠转录组差异表达分析 |
| 4.3.4 差异表达基因RT-qPCR验证 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 急性/慢性低氧与常氧相比的差异表达基因分析 |
| 4.4.2 棕色田鼠低氧感知与调控 |
| 4.4.3 GSEA富集分析 |
| 5 青海田鼠和布氏田鼠高海拔低氧脑转录组分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 实验方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 青海田鼠和布氏田鼠与各自参考基因组的比对结果 |
| 5.3.2 模拟高海拔低氧对两种田鼠脑转录组的影响 |
| 5.3.3 差异表达基因趋势分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 青海田鼠和布氏田鼠与各自参考基因组的比对结果分析 |
| 5.4.2 两种田鼠模拟海拔低氧差异表达基因趋势总结分析 |
| 6 全文总结 |
| 1 主要结论 |
| 2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 文献综述 脑组织对缺氧响应的分子机制 |
| 参考文献 |
| 个人简历、在校期间发表的学术论文和研究成果 |
| 致谢 |
（4）天祝白牦牛肌肉生长和肌内脂肪沉积相关基因筛选与鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 骨骼肌生长发育研究进展 |
| 1.1.1 骨骼肌的结构和类型 |
| 1.1.2 肌纤维形成与发育的生物学过程 |
| 1.1.3 骨骼肌生长发育的功能基因及其调控机理 |
| 1.2 肌内脂肪研究进展 |
| 1.2.1 脂肪细胞分化与脂肪生成 |
| 1.2.2 影响脂肪生成的功能基因及其调控机理 |
| 1.3 转录组测序(RNA-Seq)技术及其应用 |
| 1.3.1 转录组学概述 |
| 1.3.2 普通牛肌肉发育和IMF沉积转录组研究进展 |
| 1.4 蛋白质组测序技术及其应用 |
| 1.4.1 蛋白质组学概述 |
| 1.4.2 普通牛肌肉发育和IMF沉积蛋白质组研究进展 |
| 1.5 牦牛肌肉和IMF发育遗传研究 |
| 1.5.1 牦牛肌肉发育分子遗传研究 |
| 1.5.2 牦牛IMF沉积分子遗传研究 |
| 1.5.3 牦牛肌肉发育和IMF沉积的转录组和蛋白组学研究 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 第二章 不同年龄牦牛肉品质及肌纤维发育研究 |
| 2.1 试验材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 主要试剂及来源 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 牦牛屠宰性能测定 |
| 2.2.2 牦牛肉品质测定 |
| 2.2.3 背最长肌石蜡切片及H.E.(Hematoxylin-eosin staining)染色 |
| 2.2.4 数据分析 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 不同年龄牦牛背最长肌转录组分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验动物 |
| 3.2.2 主要仪器设备 |
| 3.2.3 主要试剂 |
| 3.2.4 背最长肌组织总RNA提取 |
| 3.2.5 RNA质检和定量 |
| 3.2.6 cDNA文库构建与测序 |
| 3.2.7 测序数据统计与分析 |
| 3.2.7.1 原始数据预处理和序列比对 |
| 3.2.7.2 转录本组装 |
| 3.2.7.3 表达量分析 |
| 3.2.7.4 差异表达基因(Differentially expressed genes, DEGs)筛选 |
| 3.2.7.5 DEGs功能富集 |
| 3.2.7.6 DEGs时间序列表达模式聚类 |
| 3.2.8 差异表达基因RT-q RCR验证 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 牦牛背最长肌9个样品总RNA的质量检测 |
| 3.3.2 测序数据统计 |
| 3.3.3 基因表达水平分析 |
| 3.3.4 不同年龄牦牛背最长肌DEGs筛选 |
| 3.3.5 DEGs的表达模式聚类分析 |
| 3.3.6 不同表达模式基因GO富集分析 |
| 3.3.7 不同表达模式基因的KEGG通路富集分析 |
| 3.3.8 差异表达基因RT-q PCR验证 |
| 3.3.9 肌肉发育和脂肪沉积相关转录因子预测 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 不同年龄牦牛背最长肌DEGs表达趋势不同 |
| 3.4.2 肌肉发育和脂肪沉积相关基因的鉴定及功能分析 |
| 3.4.2.1 上调DEGs对牦牛肌肉发育和IMF沉积的影响 |
| 3.4.2.2 下调DEGs对牦牛肌肉发育和IMF沉积的影响 |
| 3.4.3 关键信号通路对牦牛肌肉发育和IMF沉积的调控作用 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 不同年龄牦牛背最长肌蛋白组分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验动物 |
| 4.2.2 主要仪器设备 |
| 4.2.3 主要试剂及来源 |
| 4.2.4 肌肉组织蛋白质提取 |
| 4.2.5 蛋白质量检测 |
| 4.2.5.1 BCA试剂盒定量 |
| 4.2.5.2 SDS-PAGE电泳 |
| 4.2.6 还原烷基化和酶解 |
| 4.2.7 TMT标记 |
| 4.2.8 高p H RPLC一维分离 |
| 4.2.9 液相串联质谱 |
| 4.2.10 数据库选择与搜索 |
| 4.2.11 数据统计和生物信息学分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 牦牛背最长肌提取蛋白质的定量及SDS-PAGE电泳检测 |
| 4.3.2 蛋白质鉴定基本信息 |
| 4.3.3 蛋白质分子量分布 |
| 4.3.4 肽段序列长度分布 |
| 4.3.5 肽段数量分布 |
| 4.3.6 不同年龄牦牛背最长肌差异蛋白(DEPs)分析 |
| 4.3.6.1 DEPs筛选 |
| 4.3.6.2 DEPs聚类分析 |
| 4.3.7 DEPs功能分析 |
| 4.3.7.1 DEPs GO功能注释 |
| 4.3.7.2 DEPs GO功能富集分析 |
| 4.3.7.3 DEPs KEGG Pathway富集分析 |
| 4.3.7.4 肌肉生长和脂肪沉积相关蛋白互作网络 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 不同年龄牦牛蛋白表达模式存在差异 |
| 4.4.2 生长发育相关蛋白鉴定与功能分析 |
| 4.4.3 脂肪沉积相关蛋白鉴定与功能分析 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 需要继续研究的内容 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文情况 |
| 导师简介(一) |
| 导师简介(二) |
| 导师简介(三) |
| 导师简介(四) |
（5）牦牛与西藏黄牛肺脏组织的DNA甲基化及表观修饰酶基因表达分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 类乌齐牦牛简介 |
| 1.2 西藏黄牛简介 |
| 1.3 高原动物的低氧适应性 |
| 1.3.1 高原动物低氧适应的研究进展 |
| 1.3.2 低氧适应的分子调控机制 |
| 1.3.3 高原动物表观遗传学及其他组学研究进展 |
| 1.4 DNA甲基化 |
| 1.4.1 DNA甲基化概述 |
| 1.4.2 DNA甲基化的检测方法 |
| 1.4.3 DNA甲基化对高原低氧适应的影响 |
| 1.5 表观修饰相关酶概述 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 第2章 牦牛与西藏黄牛肺脏组织DNA甲基化的比较分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 主要仪器及试剂耗材 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 DNA样品检测 |
| 2.2.3 文库构建和高通量测序 |
| 2.3 甲基化测序数据分析 |
| 2.3.1 数据质控与比对 |
| 2.3.2 差异性甲基化区域(DMR)分析 |
| 2.3.3 差异性甲基化区域(DMR)相关基因GO富集分析 |
| 2.3.4 差异性甲基化区域(DMR)相关基因KEGG富集分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 DNA质量 |
| 2.4.2 测序数据分析及Reads与参考基因组比对情况统计 |
| 2.4.3 C碱基有效测序深度的累积分布 |
| 2.4.4 甲基化测序数据趋势 |
| 2.4.5 差异性甲基化区域(DMR)分析 |
| 2.4.6 差异性甲基化区域(DMR)聚类分析 |
| 2.4.7 GO富集分析 |
| 2.4.8 KEGG富集分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 全基因组DNA甲基化模式 |
| 2.5.2 类乌齐牦牛和西藏黄牛的DMRs |
| 2.6 小结 |
| 第3章 牦牛与西藏黄牛表观修饰酶基因的表达分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 试验动物 |
| 3.1.2 主要仪器及试剂 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 总RNA提取及反转录c DNA |
| 3.2.2 引物设计 |
| 3.2.3 实时荧光定量PCR反应 |
| 3.2.4 数据分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 HDAC1基因的表达量 |
| 3.3.2 KDM3A基因的表达量 |
| 3.3.3 DNMT1基因的表达量 |
| 3.3.4 DNMT3Α基因的表达量 |
| 3.3.5 DNMT3B基因的表达量 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（6）不同季节牦牛机体棕色脂肪组织相关基因表达差异及其脂肪酸组成成分的比较（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 综述 |
| 1.1 牦牛简介 |
| 1.1.1 不同季节放牧牦牛生长特点 |
| 1.1.2 低温环境下牦牛机体生存机制 |
| 1.1.3 牦牛机体脂肪酸研究进展 |
| 1.2 棕色脂肪组织 |
| 1.2.1 寒冷刺激下BAT的产热机制 |
| 1.2.2 棕色脂肪组织的分布 |
| 1.2.3 UCP1 基因研究进展 |
| 1.3 转录组学 |
| 1.3.1 RNA-Seq技术 |
| 1.3.2 RNA-Seq技术原理 |
| 1.3.3 RNA-Seq应用 |
| 1.4 研究意义 |
| 第二章 不同季节牦牛棕色脂肪组织UCP1 蛋白表达分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 试验材料、仪器 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 试验试剂 |
| 2.2.3 试验仪器 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 HE染色 |
| 2.3.2 免疫组化 |
| 2.3.3 Western blotting |
| 2.4 结果和分析 |
| 2.4.1 HE染色结果 |
| 2.4.2 免疫组化结果 |
| 2.4.3 牦牛棕色脂肪组织相关蛋白表达 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第三章 不同季节牦牛棕色脂肪组织中UCP1 基因相对表达量分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 试验材料、仪器 |
| 3.2.1 试验材料采集 |
| 3.2.2 试验试剂 |
| 3.2.3 试验仪器 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 牦牛脂肪组织Total RNA提取 |
| 3.3.2 Total RNA的浓度和纯度检测 |
| 3.3.3 Real-time PCR |
| 3.3.4 数据处理 |
| 3.4 结果分析 |
| 3.4.1 RNA电泳及完整性检测 |
| 3.4.2 PCR扩增电泳图 |
| 3.4.3 不同季节牦牛脂肪组织UCP1 基因荧光定量 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 本章小结 |
| 第四章 牦牛脊椎脂肪组织RNA-Seq分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 试验材料、仪器 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 试验试剂 |
| 4.2.3 试验仪器 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 牦牛脂肪组织Total RNA提取 |
| 4.3.2 Total RNA的 RIN值测定 |
| 4.3.3 文库构建与质检、上机测序 |
| 4.3.4 信息分析流程 |
| 4.3.5 Real-time PCR试验验证转录组学 |
| 4.4 RNA-Seq数据质检结果 |
| 4.4.1 RNA电泳及完整性检测 |
| 4.4.2 数据质控 |
| 4.4.2.1 测序数据的过滤错误率的分布 |
| 4.4.2.2 错误率的分布 |
| 4.4.3 数据质量汇总 |
| 4.4.4 比对率统计 |
| 4.4.5 比对区域分布 |
| 4.4.6 基因定量分析 |
| 4.4.7 样品间相关性 |
| 4.5 差异基因表达结果 |
| 4.5.1 不同季节牦牛脊椎脂肪组织差异基因表达分析 |
| 4.5.2 育肥牦牛脊椎脂肪组织差异基因表达分析 |
| 4.5.3 差异基因聚类分析 |
| 4.5.4 Real-time PCR验证差异基因表达 |
| 4.5.4.1 Real-time PCR验证不同季节样品差异基因表达 |
| 4.5.4.2 Real-time PCR验证育肥样品差异基因表达 |
| 4.6 富集结果 |
| 4.6.1 不同季节牦牛脊椎脂肪组织基因富集分析 |
| 4.6.2 育肥牦牛脊椎脂肪组织基因富集分析 |
| 4.7 讨论 |
| 4.8 本章小结 |
| 第五章 不同季节牦牛脂肪组织脂肪酸成分的比较 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 试验材料、仪器 |
| 5.2.1 试验材料采集 |
| 5.2.2 试验试剂 |
| 5.2.3 试验仪器 |
| 5.3 试验方法 |
| 5.3.1 牦牛脂肪组织甲脂化 |
| 5.3.2 气相色谱质谱 |
| 5.3.3 数据分析 |
| 5.4 结果分析 |
| 5.4.1 不同季节牦牛脂肪组织脂肪酸含量测定 |
| 5.4.2 不同季节牦牛脂肪组织脂肪酸含量和UCP1 基因相对表达量关系 |
| 5.5 讨论 |
| 5.6 本章小结 |
| 结论 |
| 1 不同季节牦牛棕色脂肪组织中UCP1 蛋白表达 |
| 2 不同季节牦牛棕色脂肪组织中UCP1 基因相对表达量 |
| 3 RNA-Seq分析牦牛脊椎脂肪组织 |
| 4 不同季节牦牛脂肪组织脂肪酸含量的比较 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（7）GPR54基因变异对牛早熟性的作用及分子机制研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号注释表 |
| 文献综述 |
| 1 牛初情期 |
| 2 GPR54基因的结构及其作用 |
| 3 GPR54基因多态性在动物遗传育种中的应用 |
| 4 RNAseq技术及其应用 |
| 5 本研究目的及意义 |
| 第一章 GPR54基因多态性与牛早熟性之关联性研究 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 试验牛及群体 |
| 1.2.2 基因组DNA和 RNA提取 |
| 1.2.3 多态性检测 |
| 1.2.4 牛初情期的测定 |
| 1.2.5 白细胞GPR54基因qPCR |
| 1.2.6 分析方法 |
| 1.3 结果与分析 |
| 1.3.1 不同类型牛血液白细胞GPR54表达水平 |
| 1.3.2 不同类型牛GPR54基因启动子区多态性 |
| 1.3.3 GPR54多态性与牛初情日龄的关联性 |
| 1.4 讨论 |
| 1.4.1 GPR54基因表达差异与早熟性有关 |
| 1.4.2 牛的早熟性与GPR54基因的多样性有关 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 牛GPR54及近端调控区转录因子结合位点的结构与特性研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 序列来源 |
| 2.2.2 分析方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 牛GPR54蛋白的结构变异和特性 |
| 2.3.2 GPR54-973的结构变化与转录因子的关联 |
| 2.3.3 不同类型牛GPR54-973的DNA反向重复结构 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 GPR54蛋白结构变异对早熟性的影响 |
| 2.4.2 GPR54近端调控区变异对早熟性的影响 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 牛GPR54启动子多态性对转录因子转录活性的影响 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 DNA样本的提取 |
| 3.2.2 牛血液白细胞收集培养、总RNA提取及检测 |
| 3.2.3 牛血液白细胞GPR54基因表达量测定 |
| 3.2.4 启动子双荧光素酶报告基因检测 |
| 3.2.5 数据分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 GPR54-820多态性 |
| 3.3.2 重组载体的鉴定 |
| 3.3.3 ATC+TF的效应 |
| 3.3.4 CCT+TF的效应 |
| 3.3.5 ATC与CCT的效果比较 |
| 3.3.6 白细胞GPR54的表达 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 不同初情期牛差异基因富集与信号通路比较研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 供试牛及样本 |
| 4.2.2 RNA提取与cDNA文库构建 |
| 4.2.3 高通量测序和变体识别 |
| 4.2.4 差异基因表达分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 基因定量分析 |
| 4.3.2 不同基因型个体基因组差异基因表达的一致性 |
| 4.3.3 不同基因型牛转录组差异基因富集与GO分析 |
| 4.3.4 不同基因型牛GnRH信号通路 |
| 4.3.5 不同基因型牛的Ca/Fe吸收信号通路差异 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 不同基因型个体基因的表达量及其相关性 |
| 4.4.2 一些与生长发育相关的DEGs |
| 4.4.3 一些与免疫相关的DEGs |
| 4.4.4 与信号通路的关系 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 GPR54互作网络相关基因在不同牛群中的关联表达 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 样本采集 |
| 5.2.2 RNA提取与cDNA文库构建 |
| 5.2.3 高通量测序和变体识别 |
| 5.2.4 公共数据资源的利用 |
| 5.2.5 基因关联表达分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 GPR54的功能性蛋白伴侣 |
| 5.3.2 GPR54互作网络相关基因表达水平的相关性 |
| 5.3.3 关联基因的差异表达 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
（8）雪兔毛色季节性变化皮肤转录组的分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 雪兔 |
| 1.2 动物毛色变化研究进展 |
| 1.3 毛色分子调控的研究背景 |
| 1.4 转录组测序 |
| 1.4.1 转录组与转录组学 |
| 1.4.2 转录组测序原理 |
| 1.4.3 转录组测序技术优势 |
| 1.5 本研究目的及意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样品采集与处理 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 总RNA提取 |
| 2.2.2 cDNA文库的制备 |
| 2.2.3 生物信息学分析 |
| 2.2.3.1 转录组测序生物信息分析流程图 |
| 2.2.3.2 转录组原始测序数据及其质量控制 |
| 2.2.3.3 转录组测序数据组装 |
| 2.2.3.4 Unigene基因功能注释与表达量分析 |
| 2.2.3.5 差异表达基因筛选 |
| 2.2.3.6 差异表达基因GO和KEGG富集分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 RNA结果与分析 |
| 3.2 转录组测序数据质量检测分析 |
| 3.3 转录组数据文库质量评估 |
| 3.4 转录组测序数据组装统计 |
| 3.5 Unigene的功能注释 |
| 3.6 转录本表达水平分析 |
| 3.7 差异表达基因的筛选 |
| 3.8 差异表达基因聚类分析 |
| 3.9 差异表达基因的功能注释 |
| 3.10 差异表达基因GO功能富集分析 |
| 3.10.1 7月和9月样本间差异基因的GO注释与分析 |
| 3.10.2 4月和9月样本间差异基因的GO注释与分析 |
| 3.10.3 5月和7月样本间差异基因的GO注释与分析 |
| 3.10.4 5月和9月样本间差异基因的GO注释与分析 |
| 3.10.5 4月和7月样本间差异基因的GO注释与分析 |
| 3.10.6 4月和5月样本间差异基因的GO注释与分析 |
| 3.11 差异表达基因的COG分类 |
| 3.11.1 7月和9月样本组的差异基因COG分类 |
| 3.11.2 4月和7月样本组的差异基因COG分类 |
| 3.11.3 4月和9月样本组的差异基因COG分类 |
| 3.11.4 4月和5月样本组的差异基因COG分类 |
| 3.11.5 5月和7月样本组的差异基因COG分类 |
| 3.11.6 5月和9月样本的差异基因COG分类 |
| 3.12 差异表达基因KEGG注释和富集分析 |
| 3.12.1 5月和9月样本组的差异基因KEGG注释和富集分析 |
| 3.12.2 4月和7月样本组的差异基因KEGG注释和富集分析 |
| 3.12.3 5月和7月样本组的差异基因KEGG注释和富集分析 |
| 3.12.4 5月和9月样本组的差异基因KEGG注释和富集分析 |
| 3.12.5 4月样本和9月样本组的差异基因KEGG注释和富集分析 |
| 3.13 雪兔毛色变化相关基因分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 转录组结果分析 |
| 4.2 关键调控基因的筛选 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（9）基于转录组学鉴定荷斯坦青年母牛繁殖力性状相关基因及机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 荷斯坦牛繁殖力研究进展 |
| 1.1.1影响荷斯坦牛繁殖力的相关因素 |
| 1.1.2 影响荷斯坦牛繁殖力的遗传因素 |
| 1.2 荷斯坦牛早期隐性流产机理 |
| 1.2.1 荷斯坦牛早期胚胎发育过程 |
| 1.2.2 影响早期隐性流产的因素 |
| 1.3 荷斯坦牛繁殖力性状分子育种研究进展 |
| 1.4 差异基因研究方法 |
| 1.4.1 mRNA差别显示技术 |
| 1.4.2 抑制性消减杂交技术 |
| 1.4.3 代表性差异分析 |
| 1.4.4 基因表达系列分析 |
| 1.4.5 转录组测序技术 |
| 1.5 本研究的内容、目的意义 |
| 第二章 荷斯坦青年母牛孕酮分泌范型建立 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 主要仪器设备及试剂 |
| 2.1.3 试验方法 |
| 2.1.4 荷斯坦青年母牛孕酮分泌范型建立 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 正常妊娠组孕酮分泌范型 |
| 2.2.2 其它典型孕酮分泌范型 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 荷斯坦青年母牛作为试验对象的稳定性 |
| 2.3.2 孕酮作为早期怀孕诊断指征的理论基础 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 荷斯坦青年母牛繁殖力分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 早期隐性流产0-23天判定 |
| 3.2.2 早期隐性流产30-60天判定 |
| 3.2.3 荷斯坦青年母牛繁殖力公牛因素分析 |
| 3.2.4 荷斯坦青年母牛繁殖力分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 公牛因素与母牛繁殖力 |
| 3.3.2 早期黄体发育与母牛繁殖力 |
| 3.3.3 母-胎界面对奶牛繁殖力的影响 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 早期隐性流产转录组研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验动物与分组 |
| 4.1.2 白膜层细胞的固定 |
| 4.1.3 主要仪器设备及试剂 |
| 4.1.4 总RNA提取、纯化与检测 |
| 4.1.5 cDNA文库建设与测序 |
| 4.1.6 生物信息学分析 |
| 4.1.7 差异基因荧光定量PCR验证 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 总RNA的提取与检测 |
| 4.2.2 生物信息学分析结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 外周血进行转录组学研究的可行性 |
| 4.3.2 黄体退化分子调控 |
| 4.3.3 荷斯坦牛神经胚阶段 |
| 4.3.4 荷斯坦牛早期胚胎的附植 |
| 4.3.5 早期隐性流产作为繁殖性状指标的可行性 |
| 4.4 小结 |
| 笫五章 结论 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 下一步工作 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录一 测序错误率分布图 |
| 个人简历 |
四、牦牛肾脏cDNA文库的构建（论文参考文献）
- [1]牦牛肝脏转录组学分析及IGFBP3、IGFBP4基因的功能探究[D]. 傅芳. 西南民族大学, 2021
- [2]雌雄驯鹿茸顶端间充质组织基因转录及表达差异分析[D]. 毕晓丹. 东北林业大学, 2020(09)
- [3]基于脑转录组测序的青海田鼠和棕色田鼠低氧适应研究[D]. 董倩倩. 郑州大学, 2020(08)
- [4]天祝白牦牛肌肉生长和肌内脂肪沉积相关基因筛选与鉴定[D]. 石斌刚. 甘肃农业大学, 2020
- [5]牦牛与西藏黄牛肺脏组织的DNA甲基化及表观修饰酶基因表达分析[D]. 杨玉梅. 西南民族大学, 2020(03)
- [6]不同季节牦牛机体棕色脂肪组织相关基因表达差异及其脂肪酸组成成分的比较[D]. 谢凤莲. 青海大学, 2019(04)
- [7]GPR54基因变异对牛早熟性的作用及分子机制研究[D]. 程晋. 安徽农业大学, 2019
- [8]雪兔毛色季节性变化皮肤转录组的分析[D]. 王海禄. 内蒙古农业大学, 2019(01)
- [9]基于转录组学鉴定荷斯坦青年母牛繁殖力性状相关基因及机理研究[D]. 赵国丽. 宁夏大学, 2019(02)
- [10]抑制性消减杂交技术（SSH）在动物免疫相关基因方面的研究进展[A]. 谷笑笑,张娇,王振华,潘康成. 中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第五届第十三次全国学术研讨会论文集, 2018